《楓之舞》之後，蔡明宏和DOMO小組開始嘗試其它類型和題材的遊戲，先後開發出的《蜥蜴超人》和《阿貓阿狗》兩款遊戲也獲得了很高的評價。尤其是《阿貓阿狗》這套與正統風格截然不同的遊戲，以其創新的漫畫風味與趣味的故事情節、深刻的寓意體會吸引了不少玩家，遊戲中還加入了過場動畫，並採用優美的CD音源，也同樣獲得了玩家的歡迎。在前兩作已經擔任重任的編劇阿鮑，也得到了更加多的磨練，而兩部遊戲的成功也讓蔡明宏非常信任鮑弘修的寫作能力，往後多部軒轅劍單機作品也交由他編寫劇情。廣受玩家好評的劇情也驗證了蔡明宏的眼光。
“毛獸”是吳欣睿的外號。淡江大學日文專業畢業的他，後來受學長蘇紘璋的邀請來到了大宇幫忙翻譯日文遊戲。從《軒轅劍1》到《軒轅劍外傳楓之舞》的音樂，都出自蘇紘璋之手。吳欣睿正式參與制作的第一款遊戲，就是《阿貓阿狗》。那時候的他，覺得自己“理論上是音樂人員”，為《阿貓阿狗》做音樂的同時他還得兼任文編、統計員等，覺得非常累，連玩新遊戲的時間都沒了。
但也正是如此忙碌的工作，讓《阿貓阿狗》證明了他的音樂才能，魔頭讓毛獸肩負起了《軒轅劍》系列遊戲的音樂創作，成為“大宇雙劍”的“御用音樂製作人”。可能是因為受到《阿貓阿狗》的童話氣息的感染，吳欣睿在後來為雲和山的彼端製作音樂時，將自己的樂團命名為“貓與狗管弦樂團”。
而由於他是文字專業出身，所以在《阿貓阿狗》裡還擔任劇情刻劃工作，因此漸漸展露出編劇的才華，並加入了《軒轅劍3》的項目，和主編阿鮑合作寫出了《軒轅劍3》的故事，不少故事劇情與人物描寫，也正是在毛獸的參與下而變得栩栩如生，而他也成了當時唯一文案與配樂兼具的製作人員。
遊戲開發的過程也是經歷了許多波折的，比如大宇的大搬家、臺灣的大地震、臺北的大停電。當時還有類似於幾年之前2012的“末世”的言論，甚至於遊戲的宣傳片最後都加上了一句“1999年12月初非發行不可”，後來蔡魔頭半開玩笑式地解釋說，“這麼寫是因為傳言2000年可能世界末日，於是大家討論，如果2000年之前不出，要真發生了什麼，遊戲怕是要沒機會見天日了。“
終於，在1999年12月15日，耗時將近4年的《軒轅劍叄-雲和山的彼端》終於在這一年發售了，隨著PC機DOS時代的結束，軒轅劍也首次登陸WINDOWS平臺，並以4張光碟的大容量出現，包裝和光盤的質量都十分精美。而且，出乎意料地，軒轅劍這款第一次在WINDOWS下展現的遊戲竟然如此精彩絕倫！
據《軒轅劍3》主編劇阿鮑說，本作的故事源自於自己的一個夢，由於夢中的景象和劇情的感受非常真實，於是便將它寫成了故事。
這一帶講述的是在中國的傳說年代，人與魔之爭時，人類使用一把神兵利器―軒轅劍，屢敗魔族，創世神認為人類與魔族無法共存，於是再從渾沌中創造新天地，將魔族移居到別的世界，從此結束了傳說時代的戰爭，開始人類世界的歷史。這些傳說，隨著時間逐漸被人遺忘，中國到了文化鼎盛的時代--唐朝。唐朝太平盛世，文化從舉世聞名的絲路，傳到世界各大文明國度中，文化、文明因此頻繁的交流著。這次的故事，就從中國以外的地方開始，講述一箇中西混血的法蘭克王國騎士賽特，受命到東方尋求戰爭常勝不敗之法，主角從威尼斯出發，途徑地中海，阿拉伯地區，最後到達東方的大唐帝國。即到“雲和山的彼端”尋求“王道”的故事，
《軒轅劍叄》給人最直觀的感覺就是“恢弘與震撼”，本代作品中，DOMO小組參考了文史、地理、哲學、典籍、辭典等內容的書目共96本，別出心裁的將中國的上古神話與西方神怪傳說巧妙地結合在一起，使得《軒轅劍叄》成為一部橫跨歐亞兩洲的磅礴如史詩般的歷史鉅作。
遊戲總共有四百多張大小場景圖，除了中國的建築、街道，歐洲和中東的古建築都是參考了相關文獻原汁原味的呈現給玩家。遊戲由於橫跨歐亞，對於世界歷史和中國歷史都涉及很深。比如歐洲中世紀教會，十字軍東征，大食與大唐的戰爭以及安史之亂等。近40位登場人物角色中，更是中外名人薈萃。對世界史有所瞭解的玩家都對《軒轅劍叄》格外鍾情。遊戲中還引用和改編了古代詩詞歌賦100餘首，表現了DOMO小組深厚的文化功底。而《軒轅劍叄》也由此成為軒轅劍系列中文化氛圍最強的一部作品。
另外值得一提的是，本作女主角“妮可”的名字是通過官方通過命名活動由玩家票選的。1999年的除夕當天，在DOMO小組組長蔡魔頭的“命令下”，全體組員對收集到的“軒轅劍3女主角徵名”活動的相關明信片進行評選。而這十裡挑一的決定權便落在了遊戲編劇阿鮑身上，他最終選定一張署名“陳瑞蓮”的玩家寄來的明信片，“妮可”（Nicole）的名字就這麼定下來了。
《軒轅劍叄》由於採用了新引擎、新平臺，製作小組的創意得到充分的體現。畫面背景的表現秉承一貫唯美的水墨山水畫風格，並且有了質的飛躍，DOMO的美術功底日益增強，整個遊戲看起來讓人心曠神怡，流連忘返。東西方各民族不同風格的配樂也成為本作一個很大的亮點，到了不同國家會響起不同的極具本土民族風格的音樂，使本款遊戲的音樂部分達到了一個空前唯美的高度。
人物設定方面首次採用大頭Q版造型，對於這個各玩家褒貶不一，有不少玩家比較喜歡和真人比例相仿的人物造型，但由於遊戲劇情空前的恢弘，絲毫沒有影響他們對待這款遊戲的熱情。
系統方面，支線劇情與隱藏物品數不勝數、豐富有趣；法寶系統相應增強；新出現的絕技系統、神魔異事錄，這些也都在以後的軒轅劍系列中得以保留。由於涉及西方魔怪，煉妖壺的使用稍有一點改變，分為了西方祭壇和東方祭壇兩種，不同祭壇煉出的東西會不一樣。
美中不足的是，《軒轅劍叄》前期在歐洲、中東部分劇情豐富飽滿，後期中國部分劇情則相對較少，使得劇情有些虎頭蛇尾的感覺。造成這種原因，除了前後對比的差異，DOMO小組趕遊戲檔期也是原因之一。
《軒轅劍叄》是軒轅劍系列的巔峰之作，成為當之無愧的經典。它為DOMO小組贏得了包括臺灣《電腦玩家》評選的電腦遊戲金像獎最佳遊戲、最佳音樂、最佳美術等多項大獎。同年，軒轅劍系列也開始在內地正式發行簡體中文版。從本代作品起，大宇資訊開始關注對軒轅劍周邊產品的開發：請日本知名漫畫家皇名月繪製了遊戲封面；2000年5月，發行《軒轅劍叄典藏畫冊》和黃金紀念鍾，畫冊由臺灣第三波出版，內容有大量遊戲製作過程中的珍貴設定草稿及完成圖，並有所有美術人員專訪；2000年8月，與香港視覺出版公司合作，發行以軒叄劇情為主軸的軒轅劍漫畫；首次推出官方授權的攻略本。
在作品發行的二十多年間，DOMO小組曾多次補全中國篇的劇情與人設，2000年春節期間，DOMO小組推出了一個容量7MB資料片形式的“《軒轅劍叄》新春賀禮更新版”供玩家下載，增加了中國部分支線劇情和大BOSS牛魔王。2017年整合完全版上架ios手機平臺，2023年遊戲上架steam，2024年上架switch，但由於當時大部分核心研發成員早已離職，玩家終究還是沒能看到賽特與妮可再次到法蘭克帝國之後的故事，世上並沒有完美的遊戲，就如同戰爭也沒有必勝的法則，縱使《雲和山的彼端》不曾擁有一個完整的結局，但它所蘊含的中華傳統文化與智慧，卻早已超越一款遊戲所能到達的高度