《枫之舞》之后，蔡明宏和DOMO小组开始尝试其它类型和题材的游戏，先后开发出的《蜥蜴超人》和《阿猫阿狗》两款游戏也获得了很高的评价。尤其是《阿猫阿狗》这套与正统风格截然不同的游戏，以其创新的漫画风味与趣味的故事情节、深刻的寓意体会吸引了不少玩家，游戏中还加入了过场动画，并采用优美的CD音源，也同样获得了玩家的欢迎。在前两作已经担任重任的编剧阿鲍，也得到了更加多的磨练，而两部游戏的成功也让蔡明宏非常信任鲍弘修的写作能力，往后多部轩辕剑单机作品也交由他编写剧情。广受玩家好评的剧情也验证了蔡明宏的眼光。
“毛兽”是吴欣睿的外号。淡江大学日文专业毕业的他，后来受学长苏紘璋的邀请来到了大宇帮忙翻译日文游戏。从《轩辕剑1》到《轩辕剑外传枫之舞》的音乐，都出自苏紘璋之手。吴欣睿正式参与制作的第一款游戏，就是《阿猫阿狗》。那时候的他，觉得自己“理论上是音乐人员”，为《阿猫阿狗》做音乐的同时他还得兼任文编、统计员等，觉得非常累，连玩新游戏的时间都没了。
但也正是如此忙碌的工作，让《阿猫阿狗》证明了他的音乐才能，魔头让毛兽肩负起了《轩辕剑》系列游戏的音乐创作，成为“大宇双剑”的“御用音乐制作人”。可能是因为受到《阿猫阿狗》的童话气息的感染，吴欣睿在后来为云和山的彼端制作音乐时，将自己的乐团命名为“猫与狗管弦乐团”。
而由于他是文字专业出身，所以在《阿猫阿狗》里还担任剧情刻划工作，因此渐渐展露出编剧的才华，并加入了《轩辕剑3》的项目，和主编阿鲍合作写出了《轩辕剑3》的故事，不少故事剧情与人物描写，也正是在毛兽的参与下而变得栩栩如生，而他也成了当时唯一文案与配乐兼具的制作人员。
游戏开发的过程也是经历了许多波折的，比如大宇的大搬家、台湾的大地震、台北的大停电。当时还有类似于几年之前2012的“末世”的言论，甚至于游戏的宣传片最后都加上了一句“1999年12月初非发行不可”，后来蔡魔头半开玩笑式地解释说，“这么写是因为传言2000年可能世界末日，于是大家讨论，如果2000年之前不出，要真发生了什么，游戏怕是要没机会见天日了。“
终于，在1999年12月15日，耗时将近4年的《轩辕剑叁-云和山的彼端》终于在这一年发售了，随着PC机DOS时代的结束，轩辕剑也首次登陆WINDOWS平台，并以4张光碟的大容量出现，包装和光盘的质量都十分精美。而且，出乎意料地，轩辕剑这款第一次在WINDOWS下展现的游戏竟然如此精彩绝伦！
据《轩辕剑3》主编剧阿鲍说，本作的故事源自于自己的一个梦，由于梦中的景象和剧情的感受非常真实，于是便将它写成了故事。
这一带讲述的是在中国的传说年代，人与魔之争时，人类使用一把神兵利器―轩辕剑，屡败魔族，创世神认为人类与魔族无法共存，于是再从浑沌中创造新天地，将魔族移居到别的世界，从此结束了传说时代的战争，开始人类世界的历史。这些传说，随著时间逐渐被人遗忘，中国到了文化鼎盛的时代--唐朝。唐朝太平盛世，文化从举世闻名的丝路，传到世界各大文明国度中，文化、文明因此频繁的交流著。这次的故事，就从中国以外的地方开始，讲述一个中西混血的法兰克王国骑士赛特，受命到东方寻求战争常胜不败之法，主角从威尼斯出发，途径地中海，阿拉伯地区，最后到达东方的大唐帝国。即到“云和山的彼端”寻求“王道”的故事，
《轩辕剑叁》给人最直观的感觉就是“恢弘与震撼”，本代作品中，DOMO小组参考了文史、地理、哲学、典籍、辞典等内容的书目共96本，别出心裁的将中国的上古神话与西方神怪传说巧妙地结合在一起，使得《轩辕剑叁》成为一部横跨欧亚两洲的磅礴如史诗般的历史巨作。
游戏总共有四百多张大小场景图，除了中国的建筑、街道，欧洲和中东的古建筑都是参考了相关文献原汁原味的呈现给玩家。游戏由于横跨欧亚，对于世界历史和中国历史都涉及很深。比如欧洲中世纪教会，十字军东征，大食与大唐的战争以及安史之乱等。近40位登场人物角色中，更是中外名人荟萃。对世界史有所了解的玩家都对《轩辕剑叁》格外钟情。游戏中还引用和改编了古代诗词歌赋100余首，表现了DOMO小组深厚的文化功底。而《轩辕剑叁》也由此成为轩辕剑系列中文化氛围最强的一部作品。
另外值得一提的是，本作女主角“妮可”的名字是通过官方通过命名活动由玩家票选的。1999年的除夕当天，在DOMO小组组长蔡魔头的“命令下”，全体组员对收集到的“轩辕剑3女主角征名”活动的相关明信片进行评选。而这十里挑一的决定权便落在了游戏编剧阿鲍身上，他最终选定一张署名“陈瑞莲”的玩家寄来的明信片，“妮可”（Nicole）的名字就这么定下来了。
《轩辕剑叁》由于采用了新引擎、新平台，制作小组的创意得到充分的体现。画面背景的表现秉承一贯唯美的水墨山水画风格，并且有了质的飞跃，DOMO的美术功底日益增强，整个游戏看起来让人心旷神怡，流连忘返。东西方各民族不同风格的配乐也成为本作一个很大的亮点，到了不同国家会响起不同的极具本土民族风格的音乐，使本款游戏的音乐部分达到了一个空前唯美的高度。
人物设定方面首次采用大头Q版造型，对于这个各玩家褒贬不一，有不少玩家比较喜欢和真人比例相仿的人物造型，但由于游戏剧情空前的恢弘，丝毫没有影响他们对待这款游戏的热情。
系统方面，支线剧情与隐藏物品数不胜数、丰富有趣；法宝系统相应增强；新出现的绝技系统、神魔异事录，这些也都在以后的轩辕剑系列中得以保留。由于涉及西方魔怪，炼妖壶的使用稍有一点改变，分为了西方祭坛和东方祭坛两种，不同祭坛炼出的东西会不一样。
美中不足的是，《轩辕剑叁》前期在欧洲、中东部分剧情丰富饱满，后期中国部分剧情则相对较少，使得剧情有些虎头蛇尾的感觉。造成这种原因，除了前后对比的差异，DOMO小组赶游戏档期也是原因之一。
《轩辕剑叁》是轩辕剑系列的巅峰之作，成为当之无愧的经典。它为DOMO小组赢得了包括台湾《电脑玩家》评选的电脑游戏金像奖最佳游戏、最佳音乐、最佳美术等多项大奖。同年，轩辕剑系列也开始在内地正式发行简体中文版。从本代作品起，大宇资讯开始关注对轩辕剑周边产品的开发：请日本知名漫画家皇名月绘制了游戏封面；2000年5月，发行《轩辕剑叁典藏画册》和黄金纪念钟，画册由台湾第三波出版，內容有大量游戏制作过程中的珍贵设定草稿及完成图，并有所有美术人员专访；2000年8月，与香港视觉出版公司合作，发行以轩叁剧情为主轴的轩辕剑漫画；首次推出官方授权的攻略本。
在作品发行的二十多年间，DOMO小组曾多次补全中国篇的剧情与人设，2000年春节期间，DOMO小组推出了一个容量7MB资料片形式的“《轩辕剑叁》新春贺礼更新版”供玩家下载，增加了中国部分支线剧情和大BOSS牛魔王。2017年整合完全版上架ios手机平台，2023年游戏上架steam，2024年上架switch，但由于当时大部分核心研发成员早已离职，玩家终究还是没能看到赛特与妮可再次到法兰克帝国之后的故事，世上并没有完美的游戏，就如同战争也没有必胜的法则，纵使《云和山的彼端》不曾拥有一个完整的结局，但它所蕴含的中华传统文化与智慧，却早已超越一款游戏所能到达的高度