本作的主角是科爾沃·阿塔諾，一名皇家守衛，為了處理鼠疫受女皇委託拜訪了其他國家尋求幫助。
經過了幾個月的旅程，科爾沃返回頓沃城向女皇覆命卻遭遇刺客的暗殺，刺客如同鬼魅般的身影以及詭異的魔法，讓科爾沃根本無法招架，刺客擄走了公主艾米莉也是艾歐斯王朝的下一位繼承人。女皇淌血在科爾沃的臂彎裡託付給了科爾沃最後一個任務就是救回公主艾米莉隨著眾人趕到，沒有人相信科爾沃的辯解，指控科爾沃就是殺害女皇的兇手。
科爾沃被打入寒脊監獄不見天日，與此同時皇家侍衛首領海羅姆·伯羅斯接替了女皇的位置，以攝政王的身份開始統治艾歐斯而公主則是被挾持的傀儡，沒錯這一切都是伯羅斯一手策劃的，而可憐的科爾沃提前返回覆命正好就成了背鍋俠。
科爾沃在寒脊監獄一呆就是六個月，眼看死刑的日子日益將近。今天科爾沃最後一次被拖到了拷問椅上受到攝政王的嚴刑拷打，因為明天就是科爾沃處刑的日子了。至高督軍坎貝爾對科爾沃說：這是你最後一次機會自己承認刺殺女皇的罪名簽下懺悔書然後我會進行儀式讓你死後的精神得到解脫，拷問官滾燙的烙鐵呲呲作響地烙在科爾沃的身上但是科爾沃卻並不屈服，死也不能蒙受屈辱而死，見科爾沃寧死不屈就把他又丟回他的牢房裡面了。
就在科爾沃萬念俱灰認為自己要**而死之時，一位獄卒說一位朋友給他送來了晚餐。科爾沃發現麵包下面藏了一把鑰匙和一張紙條得知有一位匿名的朋友要幫助自己越獄並且在監獄下水道的盡頭等待並接他離開監獄，此時科爾沃心中又重新燃起了求生的希望以及為自己沉冤昭雪向世人揭露攝政王伯羅斯和至高督軍坎貝爾的陰謀。
科爾沃用鑰匙打開牢籠鐵門拿上桌子上的匕首，弓腰潛行悄無聲息的累暈放倒了幾名巡邏的獄卒，拿到審問室的炸藥後，繼續小心潛行到操控室解決掉守衛把炸藥安放在監獄大門，一聲巨響大門炸開，科爾沃縱身跳入了河裡然後迅速遊向了下水道
在骯髒惡臭的下水道可以看到牛鼠肆虐的景象，這種比普通老鼠大數倍的牛鼠非常兇殘，科爾沃為躲避這些可怕的玩意兒攀爬到高處的鐵架上，此時兩名警衛打開了下水道的鐵門瞬間被蜂擁而至傾洩過來的鼠群撲到並且啃食殆盡只剩下兩具血肉模糊的骸骨倒在血泊中，科爾沃被眼前的這一幕震驚了，一直在皇宮深牆大院裡處理政務的他沒想到鼠疫氾濫嚴重到這種地步了
科爾沃繼續順著下水道走，在下水道的盡頭看到等待已久的船伕薩繆爾。薩繆爾駕船帶薩繆爾來到了狗圈酒吧——保皇派的秘密基地
在這科爾沃見到了海上將軍哈弗洛克也是保皇派的首領人物。保皇派是不承認攝政王執政統治艾歐斯的貴族階級黨派，攝政王一心想剿滅他們，所以保皇派藏匿於此密謀推翻攝政王黑暗的統治恢復正統。
哈弗洛克對科爾沃說知道他是被人所栽贓陷害了，需要科爾沃的幫忙儘早找出謀殺女王的兇手並一起推翻暴政。交談過後科沃爾見到了發明家皮耶爾，為他打造了能夠隱匿身份的面具。
隨後科沃爾就回房休息了，渾然不覺自己已經被一股神奇的力量所盯上了。科沃爾睜眼醒來推開房門發現自己步入了一個虛幻的境界
一股奇怪的引力在吸引前進，突然一個黑影在虛空中浮現出來，此人正是界外魔他對科沃爾發生的所有事瞭如指掌並選擇了科沃爾給予他魔法力量，利用這魔法科沃爾可以閃爍瞬移到達常人不能到達的地方，還有種種魔法使得科爾沃成為了超能力刺客，雖然不知道界外魔背後目的是什麼。
界外魔消失了，科沃爾也回到了臥室。哈弗洛克交代給科沃爾的第一個任務就是前往解決至高督軍坎貝爾並找到他的私人日記本里面有拘禁公主艾米麗的位置，第二個則是解救被抓住的保皇派前督軍馬丁，在科沃爾來到碼頭的時候一名叫卡莉斯塔的女僕讓他救下她的叔叔一名城市警衛隊隊長傑夫·科納，卡莉斯塔說聽聞坎貝爾的僕人圈說坎貝爾要毒死他叔叔，科沃爾答應之後便坐上了薩繆爾的蒸汽船前往頓沃城區。
來到了頓沃城，科爾沃看到有士兵正在不斷往橋下丟屍體，那些正是被鼠疫感染死掉的人，而橋下正是堆積著無數的屍體。
科爾沃潛行繞過巡邏士兵來到了瓶街巷幫助了一位叫拉格斯奶奶的人幫她驅趕樓下圍堵她的瓶街幫的暴徒，她讓科沃爾去加爾瓦尼醫生家裡尋找一份老鼠內臟的研究樣本放到瓶街幫的藥劑調配器裡去教訓他們。科爾沃取得樣本後前往以大嘴巴為首的瓶街幫的基地頓沃威士忌釀酒廠利用魔法能力成功潛入並汙染他們的藥劑調配器。當時科爾沃並沒有多想這個老奶奶究竟是做什麼的只是覺得她非常怪異
繼續完成自己的主要任務，繞過層層重兵把守的光之壁，解救了綁在廣場的前督軍馬丁。馬丁說坎貝爾在接見科納，現在是潛入他辦公室的好機會。這顯然是難不倒超能力刺客科爾沃，解決了坎貝爾拿到日記並且救下了要喝毒酒的科納，完成任務坐上薩繆爾的船返回了狗圈酒吧。
哈佛洛克破解了坎貝爾的日誌後得到了公主就被攝政王黨羽潘德頓兄弟拘禁在金貓一家貴族服務的洗浴中心裡，哈弗洛克說潘德頓兄弟必須解決掉因為他們掌握了重要議會投票，得知任務後科爾沃立馬動身，依然是我們的老夥計船伕薩繆爾帶著科爾沃前往頓沃城區。來到瓶街巷大嘴巴的手下對科爾沃說有事情要談。見到大嘴巴後大嘴巴說有人在酒槽裡下了瘟疫病毒他的手下有一半的人都變成了慟哭者（類似於喪屍的活死人）大嘴巴一眼看出科爾沃是前來刺殺潘德頓兄弟的，說如果幫助他調查加爾瓦尼醫生的家的話會幫助科爾沃進入守衛森嚴的金貓。
調查完加爾瓦尼醫生的辦公室收集到了大嘴巴克勞利的錄音遺言，帶回釀酒廠給大嘴巴，大嘴巴把錄音插入播放機得知是有人想要大嘴巴死然後接管釀酒廠，但是錄音沒有說完就傳來了克勞利死亡的慘叫。任務完成大嘴巴自然要兌現諾言給了科沃爾隊長寶座房間的鑰匙，通過隊長寶座房間科沃爾可以輕鬆進入金貓，行雲流水間潘德頓兄弟邊成為了科沃爾刀下魂帶走拘禁的公主順利坐上薩繆爾的船返回了
眾人見科沃爾把公主艾米麗帶回來都非常興奮，對科爾沃的所作所為表示非常肯定。休息一天之後哈佛洛克說根據坎貝爾的日誌皇家醫生兼畫家索科洛夫曾經為攝政王的情婦畫過像，需要把索科洛夫活捉回來才能知道攝政王的情婦是誰，而這名情婦是攝政王最大的支持者。
黃昏時薩繆爾把我帶到考溫特大橋，據情報瞭解到索科洛夫大部分時間都在考溫特大橋，繞過士兵的把守之後最終科爾沃順利把索科洛夫帶回，在科爾沃的逼問下索科洛夫說出了攝政王情婦的情報是一名波義爾的女士而她正舉辦一場化妝舞會，這場舞會就是個混入其中刺殺攝政王的好機會。
休息一夜過後，薩繆爾帶科爾沃帶到了頓沃城的別墅區，這裡有眾多高腳騎士在巡邏，可以看出這舞會都是一些貴族階級上流人士。潛入舞會內部刺殺了波義爾女士。
老朋友薩繆爾駕船帶科沃爾返回了狗圈酒吧。哈弗洛克和馬丁見到科沃爾對科爾沃說如今攝政王的黨羽已經盡數消滅，失去了督軍和議會的支持，也喪失了財政基礎為他提供安保科技的索科洛夫也不見了，在頓沃高塔集結了他所有的警衛大概知道會有什麼在等待著他。
而科爾沃知道自己的最後一個任務就是找攝政王復仇了回到頓沃高塔一切開始的地方。科爾沃歷經千心萬苦結束了攝政王罪惡的一生回到了狗圈酒吧
最後和保皇派的眾人在酒吧一起慶祝，大家都在歡呼天啊，他做到了，消息傳遍了整個城市。暴政被終結了！接下來就是艾米麗會登上皇位，而科爾沃則會洗清罪名！哈弗洛克呼籲眾人為科爾沃，這個改變歷史進程獻身的男人乾杯！眾人舉杯歡呼，科爾沃舉杯一飲而盡。
然而當科爾沃搖搖晃晃走上閣樓，突然雙腿一軟倒在了地上眼睛迷迷糊糊看到剛剛還在慶祝的保皇派眾人圍繞在眼前，這才意識到自己被利用了！科爾沃內心必是氣憤不已，難怪是狗圈酒吧，保皇派的人哪兒是人，這也太狗了，全都是人模狗樣的畜生！恨不得手刃了，不過中毒的科爾沃已經自生難保了
好在雖然在保皇派監視下但薩繆爾還是偷偷只放了一半的毒藥。薩繆爾把半死不活的科爾沃放在船上漂去了頓沃城的荒廢之地水淹區，被水淹區的刺客發現了打算帶去給見刺客組織的老大道德
見到道德之後，看到科爾沃手上的印記道德一眼就看出了科爾沃的能力是界外魔給的，因為他也有界外魔給的魔法，而他正是一開始刺殺女皇的刺客，道德丟棄科爾沃的裝備並且把他**了起來。
科爾沃醒來之後利用魔法附身在老鼠身上逃了出來，找回了自己的裝備，前往找道德復仇，殺害女皇的人不可饒恕必須死。
處死道德，科沃爾通過蓋特沃德隧道一路爬出，然後搭上一輛運送鼠疫屍體的火車進入赭岸之門通過隧道離開水淹區來到老巷口郊區的老沃頓下水道，下水道的出口躺著一個大嘴巴的手下他說下水道的鑰匙在大嘴巴身上而大嘴巴被拉各斯奶奶抓走了。
於是科爾沃在下水道里尋找拉各斯奶奶的下落，在隧道里傳來了奶奶的聲音她說她要把大嘴巴給煮了，科爾沃這才意識到拉各斯奶奶是個瘋巫婆，為了救下大嘴巴科爾沃繞道背後把格拉斯奶奶勒暈，當時卻並不奏效這個瘋巫婆又復活了並且操控成群牛鼠撲向科爾沃，科爾沃使用魔法時間暫停來到閣樓把這個瘋巫婆的雕像燒燬之後才消滅她並救下了大嘴巴取得鑰匙打開下水道終於回到了狗圈酒吧。
可是酒吧已近今非夕比了裡面的人遭到了保皇派的屠殺破敗不堪，仍有高腳騎士在此巡邏殺害剩下的人，科爾沃找到並解救了皮耶羅和科索洛夫修復好電塔把所有守衛都電成了灰
在酒吧里科爾沃找到了哈弗洛克下達給守衛的命令，知道了哈弗洛克已經成了新的攝政王把公主拘禁在了王雀島，科爾沃拉響了塔樓裡的信號彈薩謬爾開著他的船又回來了他知道公主艾米麗需要科沃爾
保皇派的頭目們已經到達王雀島紀念碑塔，這是哈佛洛克新攝政王設計的最終軍事工程。他們綁架艾米麗作為他們竭力掌握這個城市最後的手段，是時候面對他們了。
解決了哈佛洛克，救回公主，最後公主加冕成女王遊戲本體遊戲劇情就到此結束了。
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