本作的主角是科尔沃·阿塔诺，一名皇家守卫，为了处理鼠疫受女皇委托拜访了其他国家寻求帮助。
经过了几个月的旅程，科尔沃返回顿沃城向女皇复命却遭遇刺客的暗杀，刺客如同鬼魅般的身影以及诡异的魔法，让科尔沃根本无法招架，刺客掳走了公主艾米莉也是艾欧斯王朝的下一位继承人。女皇淌血在科尔沃的臂弯里托付给了科尔沃最后一个任务就是救回公主艾米莉随着众人赶到，没有人相信科尔沃的辩解，指控科尔沃就是杀害女皇的凶手。
科尔沃被打入寒脊监狱不见天日，与此同时皇家侍卫首领海罗姆·伯罗斯接替了女皇的位置，以摄政王的身份开始统治艾欧斯而公主则是被挟持的傀儡，没错这一切都是伯罗斯一手策划的，而可怜的科尔沃提前返回复命正好就成了背锅侠。
科尔沃在寒脊监狱一呆就是六个月，眼看死刑的日子日益将近。今天科尔沃最后一次被拖到了拷问椅上受到摄政王的严刑拷打，因为明天就是科尔沃处刑的日子了。至高督军坎贝尔对科尔沃说：这是你最后一次机会自己承认刺杀女皇的罪名签下忏悔书然后我会进行仪式让你死后的精神得到解脱，拷问官滚烫的烙铁呲呲作响地烙在科尔沃的身上但是科尔沃却并不屈服，死也不能蒙受屈辱而死，见科尔沃宁死不屈就把他又丢回他的牢房里面了。
就在科尔沃万念俱灰认为自己要**而死之时，一位狱卒说一位朋友给他送来了晚餐。科尔沃发现面包下面藏了一把钥匙和一张纸条得知有一位匿名的朋友要帮助自己越狱并且在监狱下水道的尽头等待并接他离开监狱，此时科尔沃心中又重新燃起了求生的希望以及为自己沉冤昭雪向世人揭露摄政王伯罗斯和至高督军坎贝尔的阴谋。
科尔沃用钥匙打开牢笼铁门拿上桌子上的匕首，弓腰潜行悄无声息的累晕放倒了几名巡逻的狱卒，拿到审问室的炸药后，继续小心潜行到操控室解决掉守卫把炸药安放在监狱大门，一声巨响大门炸开，科尔沃纵身跳入了河里然后迅速游向了下水道
在肮脏恶臭的下水道可以看到牛鼠肆虐的景象，这种比普通老鼠大数倍的牛鼠非常凶残，科尔沃为躲避这些可怕的玩意儿攀爬到高处的铁架上，此时两名警卫打开了下水道的铁门瞬间被蜂拥而至倾泄过来的鼠群扑到并且啃食殆尽只剩下两具血肉模糊的骸骨倒在血泊中，科尔沃被眼前的这一幕震惊了，一直在皇宫深墙大院里处理政务的他没想到鼠疫泛滥严重到这种地步了
科尔沃继续顺着下水道走，在下水道的尽头看到等待已久的船夫萨缪尔。萨缪尔驾船带萨缪尔来到了狗圈酒吧——保皇派的秘密基地
在这科尔沃见到了海上将军哈弗洛克也是保皇派的首领人物。保皇派是不承认摄政王执政统治艾欧斯的贵族阶级党派，摄政王一心想剿灭他们，所以保皇派藏匿于此密谋推翻摄政王黑暗的统治恢复正统。
哈弗洛克对科尔沃说知道他是被人所栽赃陷害了，需要科尔沃的帮忙尽早找出谋杀女王的凶手并一起推翻暴政。交谈过后科沃尔见到了发明家皮耶尔，为他打造了能够隐匿身份的面具。
随后科沃尔就回房休息了，浑然不觉自己已经被一股神奇的力量所盯上了。科沃尔睁眼醒来推开房门发现自己步入了一个虚幻的境界
一股奇怪的引力在吸引前进，突然一个黑影在虚空中浮现出来，此人正是界外魔他对科沃尔发生的所有事了如指掌并选择了科沃尔给予他魔法力量，利用这魔法科沃尔可以闪烁瞬移到达常人不能到达的地方，还有种种魔法使得科尔沃成为了超能力刺客，虽然不知道界外魔背后目的是什么。
界外魔消失了，科沃尔也回到了卧室。哈弗洛克交代给科沃尔的第一个任务就是前往解决至高督军坎贝尔并找到他的私人日记本里面有拘禁公主艾米丽的位置，第二个则是解救被抓住的保皇派前督军马丁，在科沃尔来到码头的时候一名叫卡莉斯塔的女仆让他救下她的叔叔一名城市警卫队队长杰夫·科纳，卡莉斯塔说听闻坎贝尔的仆人圈说坎贝尔要毒死他叔叔，科沃尔答应之后便坐上了萨缪尔的蒸汽船前往顿沃城区。
来到了顿沃城，科尔沃看到有士兵正在不断往桥下丢尸体，那些正是被鼠疫感染死掉的人，而桥下正是堆积着无数的尸体。
科尔沃潜行绕过巡逻士兵来到了瓶街巷帮助了一位叫拉格斯奶奶的人帮她驱赶楼下围堵她的瓶街帮的暴徒，她让科沃尔去加尔瓦尼医生家里寻找一份老鼠内脏的研究样本放到瓶街帮的药剂调配器里去教训他们。科尔沃取得样本后前往以大嘴巴为首的瓶街帮的基地顿沃威士忌酿酒厂利用魔法能力成功潜入并污染他们的药剂调配器。当时科尔沃并没有多想这个老奶奶究竟是做什么的只是觉得她非常怪异
继续完成自己的主要任务，绕过层层重兵把守的光之壁，解救了绑在广场的前督军马丁。马丁说坎贝尔在接见科纳，现在是潜入他办公室的好机会。这显然是难不倒超能力刺客科尔沃，解决了坎贝尔拿到日记并且救下了要喝毒酒的科纳，完成任务坐上萨缪尔的船返回了狗圈酒吧。
哈佛洛克破解了坎贝尔的日志后得到了公主就被摄政王党羽潘德顿兄弟拘禁在金猫一家贵族服务的洗浴中心里，哈弗洛克说潘德顿兄弟必须解决掉因为他们掌握了重要议会投票，得知任务后科尔沃立马动身，依然是我们的老伙计船夫萨缪尔带着科尔沃前往顿沃城区。来到瓶街巷大嘴巴的手下对科尔沃说有事情要谈。见到大嘴巴后大嘴巴说有人在酒槽里下了瘟疫病毒他的手下有一半的人都变成了恸哭者（类似于丧尸的活死人）大嘴巴一眼看出科尔沃是前来刺杀潘德顿兄弟的，说如果帮助他调查加尔瓦尼医生的家的话会帮助科尔沃进入守卫森严的金猫。
调查完加尔瓦尼医生的办公室收集到了大嘴巴克劳利的录音遗言，带回酿酒厂给大嘴巴，大嘴巴把录音插入播放机得知是有人想要大嘴巴死然后接管酿酒厂，但是录音没有说完就传来了克劳利死亡的惨叫。任务完成大嘴巴自然要兑现诺言给了科沃尔队长宝座房间的钥匙，通过队长宝座房间科沃尔可以轻松进入金猫，行云流水间潘德顿兄弟边成为了科沃尔刀下魂带走拘禁的公主顺利坐上萨缪尔的船返回了
众人见科沃尔把公主艾米丽带回来都非常兴奋，对科尔沃的所作所为表示非常肯定。休息一天之后哈佛洛克说根据坎贝尔的日志皇家医生兼画家索科洛夫曾经为摄政王的情妇画过像，需要把索科洛夫活捉回来才能知道摄政王的情妇是谁，而这名情妇是摄政王最大的支持者。
黄昏时萨缪尔把我带到考温特大桥，据情报了解到索科洛夫大部分时间都在考温特大桥，绕过士兵的把守之后最终科尔沃顺利把索科洛夫带回，在科尔沃的逼问下索科洛夫说出了摄政王情妇的情报是一名波义尔的女士而她正举办一场化妆舞会，这场舞会就是个混入其中刺杀摄政王的好机会。
休息一夜过后，萨缪尔带科尔沃带到了顿沃城的别墅区，这里有众多高脚骑士在巡逻，可以看出这舞会都是一些贵族阶级上流人士。潜入舞会内部刺杀了波义尔女士。
老朋友萨缪尔驾船带科沃尔返回了狗圈酒吧。哈弗洛克和马丁见到科沃尔对科尔沃说如今摄政王的党羽已经尽数消灭，失去了督军和议会的支持，也丧失了财政基础为他提供安保科技的索科洛夫也不见了，在顿沃高塔集结了他所有的警卫大概知道会有什么在等待着他。
而科尔沃知道自己的最后一个任务就是找摄政王复仇了回到顿沃高塔一切开始的地方。科尔沃历经千心万苦结束了摄政王罪恶的一生回到了狗圈酒吧
最后和保皇派的众人在酒吧一起庆祝，大家都在欢呼天啊，他做到了，消息传遍了整个城市。暴政被终结了！接下来就是艾米丽会登上皇位，而科尔沃则会洗清罪名！哈弗洛克呼吁众人为科尔沃，这个改变历史进程献身的男人干杯！众人举杯欢呼，科尔沃举杯一饮而尽。
然而当科尔沃摇摇晃晃走上阁楼，突然双腿一软倒在了地上眼睛迷迷糊糊看到刚刚还在庆祝的保皇派众人围绕在眼前，这才意识到自己被利用了！科尔沃内心必是气愤不已，难怪是狗圈酒吧，保皇派的人哪儿是人，这也太狗了，全都是人模狗样的畜生！恨不得手刃了，不过中毒的科尔沃已经自生难保了
好在虽然在保皇派监视下但萨缪尔还是偷偷只放了一半的毒药。萨缪尔把半死不活的科尔沃放在船上漂去了顿沃城的荒废之地水淹区，被水淹区的刺客发现了打算带去给见刺客组织的老大道德
见到道德之后，看到科尔沃手上的印记道德一眼就看出了科尔沃的能力是界外魔给的，因为他也有界外魔给的魔法，而他正是一开始刺杀女皇的刺客，道德丢弃科尔沃的装备并且把他**了起来。
科尔沃醒来之后利用魔法附身在老鼠身上逃了出来，找回了自己的装备，前往找道德复仇，杀害女皇的人不可饶恕必须死。
处死道德，科沃尔通过盖特沃德隧道一路爬出，然后搭上一辆运送鼠疫尸体的火车进入赭岸之门通过隧道离开水淹区来到老巷口郊区的老沃顿下水道，下水道的出口躺着一个大嘴巴的手下他说下水道的钥匙在大嘴巴身上而大嘴巴被拉各斯奶奶抓走了。
于是科尔沃在下水道里寻找拉各斯奶奶的下落，在隧道里传来了奶奶的声音她说她要把大嘴巴给煮了，科尔沃这才意识到拉各斯奶奶是个疯巫婆，为了救下大嘴巴科尔沃绕道背后把格拉斯奶奶勒晕，当时却并不奏效这个疯巫婆又复活了并且操控成群牛鼠扑向科尔沃，科尔沃使用魔法时间暂停来到阁楼把这个疯巫婆的雕像烧毁之后才消灭她并救下了大嘴巴取得钥匙打开下水道终于回到了狗圈酒吧。
可是酒吧已近今非夕比了里面的人遭到了保皇派的屠杀破败不堪，仍有高脚骑士在此巡逻杀害剩下的人，科尔沃找到并解救了皮耶罗和科索洛夫修复好电塔把所有守卫都电成了灰
在酒吧里科尔沃找到了哈弗洛克下达给守卫的命令，知道了哈弗洛克已经成了新的摄政王把公主拘禁在了王雀岛，科尔沃拉响了塔楼里的信号弹萨谬尔开着他的船又回来了他知道公主艾米丽需要科沃尔
保皇派的头目们已经到达王雀岛纪念碑塔，这是哈佛洛克新摄政王设计的最终军事工程。他们绑架艾米丽作为他们竭力掌握这个城市最后的手段，是时候面对他们了。
解决了哈佛洛克，救回公主，最后公主加冕成女王游戏本体游戏剧情就到此结束了。
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