在《消逝的光芒2》的末世世界，主角從線人獲GRE鑰匙，經下水道逃至維勒多集市，因感染與無“生體標記器”手環遭民眾敵視，幸得哈肯搭救。為找失散妹妹，主角在舊維勒多兩派間周旋。治安者領袖以找出暗殺指揮官兇手為條件，允諾放行中心區。調查中，水塔歸屬選擇影響劇情，且發現是哈肯殺害指揮官並嫁禍。
之後，為進中心區，主角需幫治安者奪取電視臺。供應商胡安拖欠紫外線燈，合作與否影響後續選擇與結局。在電視臺，控制權歸屬不同人，劇情走向各異。如給弗蘭克，他會幫忙找維羅妮卡醫生獲取GRE數據庫位置；給治安者傑克，會發現其諸多陰謀。
與上校交談，得知傑克諸多惡行，他煽動輿論讓上校背鍋，還假扮叛軍挑起事端。玩家在此面臨相信上校或傑克的選擇，無論怎樣，都得知導彈與X13有關。
來到X13，若之前無線電未給弗蘭克，哈肯會與華爾茲勾結，後為救拉萬死去；若給了弗蘭克，則有不同劇情發展。在這裡，主角知曉米婭是華爾茲女兒，華爾茲為救她重啟X13，卻觸發導彈“保護協議”。
最終BOSS戰後，米婭阻止主角與華爾茲爭鬥，GRE鑰匙損毀，拉萬欲炸導彈。此時玩家面臨救拉萬或放棄的選擇，結合此前無線電歸屬等選擇，衍生不同結局，城市或毀滅或得救，主角也將因感染離開，有人陪伴或獨自踏上旅途。