在《消逝的光芒2》的末世世界，主角从线人获GRE钥匙，经下水道逃至维勒多集市，因感染与无“生体标记器”手环遭民众敌视，幸得哈肯搭救。为找失散妹妹，主角在旧维勒多两派间周旋。治安者领袖以找出暗杀指挥官凶手为条件，允诺放行中心区。调查中，水塔归属选择影响剧情，且发现是哈肯杀害指挥官并嫁祸。
之后，为进中心区，主角需帮治安者夺取电视台。供应商胡安拖欠紫外线灯，合作与否影响后续选择与结局。在电视台，控制权归属不同人，剧情走向各异。如给弗兰克，他会帮忙找维罗妮卡医生获取GRE数据库位置；给治安者杰克，会发现其诸多阴谋。
与上校交谈，得知杰克诸多恶行，他煽动舆论让上校背锅，还假扮叛军挑起事端。玩家在此面临相信上校或杰克的选择，无论怎样，都得知导弹与X13有关。
来到X13，若之前无线电未给弗兰克，哈肯会与华尔兹勾结，后为救拉万死去；若给了弗兰克，则有不同剧情发展。在这里，主角知晓米娅是华尔兹女儿，华尔兹为救她重启X13，却触发导弹“保护协议”。
最终BOSS战后，米娅阻止主角与华尔兹争斗，GRE钥匙损毁，拉万欲炸导弹。此时玩家面临救拉万或放弃的选择，结合此前无线电归属等选择，衍生不同结局，城市或毁灭或得救，主角也将因感染离开，有人陪伴或独自踏上旅途。