第九章-根源
本以為所有王的暴動處理後世界會變得平靜一些，沒想到天空染成了紅色。
馬加木將問題的原因怪罪於我們的出現，為了平息眾人的怨恨，我們只好離開村莊去查詢問題的根源。來到黑曜原野，通過望羅的介紹我們認識了吾思，要去防止這件事發生的人就是我們的！吾思告訴我們要去三個湖泊找到三聖菇，讓他們授予我們東西去雲霧遺蹟獲得紅色鎖鏈或許就可以連接世界。
之後剛石珠貝出現願意助我們一臂之力，我們選擇了珠貝，那麼我們就去往三個湖泊吧！
先去黑曜原野的心齊湖，守護寶可夢為LV58的黏美龍，可以捕捉，之後艾姆利多出現，回答問題後可以取得艾姆利多之翅
之後再去純白凍土睿智湖，守護寶可夢為索羅亞克可以捕捉，之後由克希出現，要回答問題，是關於寶可夢眼鏡的問題，答案為60131，取得由克希之爪。
最後去紅蓮溼地的立志湖，守護寶可夢為大針豚，之後亞克諾姆出現，要丟球砸他，他會讓我們砸不到它，所以不要灰心打不到，它只是在考驗我們的意志力。
