第九章-根源
本以为所有王的暴动处理后世界会变得平静一些，没想到天空染成了红色。
马加木将问题的原因怪罪于我们的出现，为了平息众人的怨恨，我们只好离开村庄去查询问题的根源。来到黑曜原野，通过望罗的介绍我们认识了吾思，要去防止这件事发生的人就是我们的！吾思告诉我们要去三个湖泊找到三圣菇，让他们授予我们东西去云雾遗迹获得红色锁链或许就可以连接世界。
之后刚石珠贝出现愿意助我们一臂之力，我们选择了珠贝，那么我们就去往三个湖泊吧！
先去黑曜原野的心齐湖，守护宝可梦为LV58的黏美龙，可以捕捉，之后艾姆利多出现，回答问题后可以取得艾姆利多之翅
之后再去纯白冻土睿智湖，守护宝可梦为索罗亚克可以捕捉，之后由克希出现，要回答问题，是关于宝可梦眼镜的问题，答案为60131，取得由克希之爪。
最后去红莲湿地的立志湖，守护宝可梦为大针豚，之后亚克诺姆出现，要丢球砸他，他会让我们砸不到它，所以不要灰心打不到，它只是在考验我们的意志力。
