在独立后，美国的国家主义和民族主义渗入到了社会的每个角落，诺亚韦伯斯特开始撰写他的《美国英语字典》，从语言文字的角度论证美国的独立性，众多文学家和剧作家也开始撰写与美国独立战争/美国精神相关的作品，著名的华盛顿斧劈樱桃树就诞生于这个时期。 受此影响，这一时期新建学院的所在地大多以古代欧洲文化中心命名，例如牛津和雅典，普林斯顿的董事会更是提出要把新泽西建立成美国的雅典。
然而新生的美国并没有实现山巅之城的理想，松散的邦联面对濒临崩溃的财政状况和多地爆发的叛乱，根本无力帮助同样千疮百孔的高等教育实现复苏。然而美国政府对本国的高等教育又提出了更高的需求，这一方面是因为信奉共和制度的国父们深受孟德斯鸠影响，坚信只有发达的高等教育才能培养出高素质的国民，为民主政体打下社会基础。另一方面则是由于当时很多有财力的美国人会将孩子送到欧洲大陆读书，这无疑是啪啪打美国大学的脸，与当时狂热的爱国主义相违背，也不利于培养建设美利坚的合格接班人。托马斯·杰斐逊在担任驻法大使的时候就指出，这些留学欧洲的青年们会被欧洲的奢侈与浪费腐蚀，爱上君主制和贵族制，还会丢失对祖国的忠诚。
更重要的是，美国的大学在独立战争期间简直就是反贼窝子，是社会动乱的策源地，虽然上一批反贼已经成为了国父，但谁又知道一帮壮小伙子在一起不会培养出新的反贼呢？于是，让大学输诚效忠成为了新时代高等教育的首要工作。1778年，宾夕法尼亚州议会规定，任何学院的校长董事和教授导师都必须宣誓自己对政府的忠诚，否则无法担任该职务。新成立的迪金森学院也把爱国主义写进了学校章程。而针对留学造成的人才流失和思想混乱，乔治亚州则规定任何在十六岁以下出国留学超过三年的人在回来后的前三年将被视为外国人，失去一切公职资格。
战争期间，许多校园都沦为战场或被“租用”为营地。战后，联邦政府并没有积极履行赔偿的义务。国王学院和费城学院的赔偿金彻底烂尾，哈佛大学苦等两年才收到赔付，而受到战火摧残最严重的普林斯顿在1779年收到了政府赔付的7000多英镑，然而由于建国后飞涨的物价，这笔钱只相当于战前200英镑，根本无法修复被美国人自己轰塌的拿骚大楼。
在罗德岛州，曾被军队临时征用的罗德岛大学依法向联邦政府提出赔偿，结果政府拖欠了将近二十年才打款。为了适应新政权，罗德岛销毁了带有英国国王和王后半身像的公章，但捉襟见肘的财政状况使得学校在建国十几年后也只有不到二十名学生。眼见政府指望不上，罗德岛大学的曼宁校长向曾经的校友和董事会成员积极筹款，最终学院创始人之一的布朗家族三兄弟和其后代在十几年间先后向学校捐赠了上千册图书，并在1804年一次性捐助了5000美元，为了纪念布朗家族的慷慨解囊，学校正式更名为布朗大学。在政府自顾不暇的时候，这样的私人捐赠和民间筹款成为了绝大多数学校的生存之道，也影响了未来半个世纪美国高等教育的发展模式。
政府并不是完全无所作为，只不过支持的力度完全取决于本地政府的财力。在商业之都纽约，国王大学经历长达八年的停课停学，1784年，纽约州议会以法案的形式将国王学院更名为哥伦比亚学院，又持续投入大笔经费支持学院购入图书和科学仪器，还建起了在当时首屈一指的教学大楼。从普林斯顿转学来的德威特克林顿成为学校更名后的首位学生，日后更是成为了纽约州州长。同样在州政府的支持下，耶鲁大学收到了上万元的资助，教学秩序迅速恢复，成为战后学生人数最多的学校。马萨诸塞州政府也承包了哈佛大学的全部公司支出，还资助哈佛医学院的成立。
但有钱的州毕竟只是少数，在大多数政府自顾不暇之时，美国大学最初的推动势力：宗教团体却迎来了新的发展机遇，在一个个教会的支持下，上百所教会学校在新开拓的疆域上拔地而起，开始和政府支持的州立大学在整个18世纪分庭抗礼。大学到底归属于谁也成为新的一百年里争论不休的主题。
独立前的九所学校中八所都有明显的宗教色彩，色彩无非是对非本教派和非宗教内容的宽容程度。独立战争期间的众多著名人物背后也都有宗教团体的势力支持。独立后，各教派一方面在孱弱的政府和扩张的领土面前获得的难得的发展机遇，另一方面，政治狂欢后的人们政治热情远高于宗教热忱，相信依靠自己在新家园上的辛勤劳动就能实现救赎，理想主义的传播也引起了社会对基督教的怀疑。为了抢占新扩张领土上的信仰解释权，同时与自然神教/宇宙神教/唯一神教这些离经叛道的异端抗衡，长老会/浸礼会等各个福音教派都在这个新生的国家开启了狂飙突进的“第二次大觉醒运动”。
建国前最成功的学校当属长老会创立的新泽西学院也就是普林斯顿莫属，建国后长老会也参与了四十余所大学的建立工作，尤其是在新获得的西部边疆地区，长老会将自己重视教育/培养高质量神职人员的思想贯彻到了开拓的前线，一所所学校成为了新领土的社交中心。在东部，虽然哈佛已被否认“三位一体”的唯一神教派占据，但宗教风气最保守的耶鲁又一次扛起了宗教复兴的大旗，第一次大觉醒运动的领袖爱德华兹的外孙蒂莫西·德怀特成为耶鲁校长，将耶鲁打造成第二次觉醒运动的大本营。
在全国范围内，大批福音派牧师在公开场合组织上万人的集会布道，核心观点就是世俗生活再诱惑人们也应该皈依上帝和基督，必须表现出强烈的热情，必须抵抗怀疑宗教的理性主义。和第一次大觉醒一样，众多口若悬河的牧师和群情激昂的听众都在布道过程中出现了痉挛/抽搐/昏厥的现象，新的宗教狂热整整影响了一代人，压过了理性主义的光辉。年轻女性/黑人/印第安人等此前受到边缘化的群体也参与到这场运动中，出现了黑人牧师和印第安化的基督信仰都成为宗教传播中的新现象。
第二次大觉醒运动成功的一大原因是其与美国的国家意识充分结合，神职人员似乎在新大陆开启了跨海输出的十字军东征，对抗的异端就是欧洲大陆骄奢淫逸的生活方式和质疑上帝的理性思想。深深扎根本土的福音教派随着美国的扩张在西部前线开枝散叶，并且以学院为中心开展新时期的宗教战争和军备竞赛，一方面着眼于教化被广袤西部的世俗生活深深吸引的人民，一方面对抗其他教派的势力扩张。
俄亥俄州是新时期学院狂热的基地之一。1811年，约翰·W·布朗牧师为了俄亥俄州新成立的迈阿密大学在全国奔走筹款，在白宫空手而归，在肯塔基议员那里拿回来了5本历史书，从普林斯顿校长那里讨到了5美元，在特拉华州收获颇丰，有25美元。最终一圈走下来，布朗牧师筹集到了700美元和一车书，然后不久后他就在迈阿密河中溺水身亡。布朗牧师的经历其实反映出当时宗教支持下的学院狂热与社会经济之间的严重冲突。当时就有人提出“在这片土地上，我们建立了一些不需要也无法维持的学院”，而当被问及原因时，答案则是“每个人都在这么做。
从1830年到1861年新成立的133所学院全部与各种教派有所联系，只不过受制于生源不足/教学观念落后等原因，这些宗教狂热下野蛮生长的学院大多都没能活到下个世纪。整个内战之前，倒闭的学院可能多达700余所。
回顾哈佛普林斯顿等殖民地学院，殖民地政府甚至英国王室的许可都是学校得以成立的必要条件，即使是先上车的学校也必须后补票，学校董事会也通常会给殖民地总督等政府要员留上几个席位，体现学校与政府的合作，这种半公有半私立的性质是殖民地大学的底色。然而到了十九世纪初期，宗教学院的私立属性得到了强化，政府的管理被排除在新成立的学校之外。 出现这种局面一方面是由于政府无力有效掌控广袤的新领土和跟上新学校成立的速度，但另一方面也是因为政府从独立后就在有意识地减少与教会在高等教育领域的合作，开始探索公立大学的发展道路。
迪金森大学是独立战争后成立的第一所学院，创始人本杰明·拉什倡导基督教共和主义，希望以高等教育作为宗教和政府合作的抓手，但在实际执行过程中，宾州长老会的势力在政府提供的地皮上占据了绝对的优势，政教合一的办学宗旨成了一句空话。类似的事实终于让各州政府开始重视独立的公立大学的价值，开始琢磨将高等教育置于自己的掌控之下，特兰西瓦尼亚大学/乔治亚大学/北卡罗来纳大学等留存至今的学校就是在这样的背景下诞生的。 建立自己的学院和招安已有的学院，是接下来一段时间摆在每个政府面前的课题。