回看遊戲共有六個章節，分別對應孫悟空死後留下的六個根器：黑風山、黃風嶺、小西天、盤絲洞、火焰山和花果山。遊戲的每個章節都充滿了黑暗和反轉的內容，如果不做隱藏支線並仔細閱讀遊戲內的各種文本的話，很容易被各種事件的表象矇蔽，最終走上重戴緊箍的結局。
例如在第二章中，靈吉菩薩是第一個黑化的人物。在黃風嶺的災難都源於黃風大王，他尋得了孫悟空死後化作的六根之一，自己的法力卻無法煉化此等寶物，因此偷襲斬斷了靈吉菩薩的頭顱，企圖藉助菩薩的軀體來煉化大聖遺物中的法力為自己所用。但最後天命人成功擊殺了黃風大王，收回大聖遺物，並幫靈吉菩薩恢復正身。然而事件結束後，黃風嶺依然是殘垣一片，靈吉菩薩並沒有降下福祉解救蒼生。
另一個例子是小西天的亢金龍。在《西遊記》正傳中我們遭遇黃眉怪的地方，到了《黑神話悟空》除了同樣要面對黃眉之外，本關還多了一位風姿綽約的亢金星君。亢金龍原本在天庭當差，因昴日星官神秘失蹤，她才請旨下界去調查。然而她真正想做的是偷偷收集孫悟空死後留下的六根來複活大聖。但她的圖謀很早就被黃眉識破了。黃眉怪誆騙亢金龍說大聖的六根之一就在人種袋中，於是亢金龍奮不顧身鑽了進去。然而令她沒想到的是，黃眉利用孫悟空六根之一的法力重新煉化了人種袋，將它變成了蠱惑人心的妖寶。等到亢金龍從人種袋被放出來時已然變得痴傻，見到黃眉就要磕頭認師傅，與一具行屍走肉已無分別。
這種黑暗劇情在遊戲中還有很多，比如第四章的BOSS晦月魔君就是一個例子。它從一團肉瘤中誕生，長得如同一具骷髏，渾身散發著惡臭的粘液。但其實它的本體是《西遊記》中曾經降伏蠍子精的昴日星官。在《黑神話悟空》的設定中，西王母能令眾仙長生不老的蟠桃、太上老君能讓人延年益壽的金丹都需要靈韻滋養或煉化，這種靈韻還不能是普通的靈韻，須是有修行、有道法的大妖的靈韻才可以。然而大妖都須經歷百年甚至千年的修為，天庭可等不了那麼久。為了能批量、大量繁殖提供靈韻的妖怪，天庭與黃花館的百眼魔君達成秘密交易，默許百眼魔君大搞生化實驗，將人、仙、妖進行雜交，給天庭提供合適的靈韻供體。然而孫悟空西天取經之時卻跟毗藍婆菩薩把百眼魔君的道場給毀掉了。對此天庭怎能坐視不理呢？從我們探訪紫雲山的經歷可以推測出紫雲山中並未得見毗藍婆菩薩。昴日星官得知母親生死未卜後前來紫雲山探查卻被百眼魔君制服並被植入了一顆疑似是被西王母賜下的仙卵。那仙卵在昴日雞的身體裡不斷生長完全吞噬了昴日星官的意志最終把昴日星官煉化成了一個神不神妖不妖的生化怪物。
最後盒友們如何看待黑神話中的故事線呢，想聽聽盒友們的看法
（最後都看到這裡了，點個贊叭）