個人觀點，博君一笑。
如果打亂電影的敘事時間線，我們可以結合日本的近代史，重現按時間順序梳理以下電影中可能反映的日本近代歷史。
影片中，維新時代前從外界落在後院的神秘的黑色怪石，可以理解為日本遭遇的美國黑船事件。黑船事件給當時的日本帶來了前所未有的震撼，以及隨之而來的機遇。
熱愛學習知識的舅公——日本天皇——反應迅速，立刻想要用木製建築——日本傳統建築風格——把黑色怪石包裝起來，但是卻引發了一系列慘案，不得不做出改變。因此，影片中呈現的黑色怪石的外包裝是歐式風格的建築，與少年所居住的日式傳統庭院對比鮮明。
可見，黑色怪石——黑船事件——給日本帶來了先進的近代文明，比如蒼鷺、白鷺、鸚鵡。在天皇的重視下，於是日本率先走向了近代化。例如，男主母親年輕時曾進入黑色怪石並笑著走了出來，以及她西式的用餐習慣——用刀叉、吃麵包蘸果醬——顯示了近代化的成果。男主的父親作為天皇血脈的女婿，也是比較強大、積極的近代化力量的象徵。
但是近代化的過程是複雜的，不是一切西化都是美好的。例如，軍國主義就給日本帶來了巨大的災難，一方面是日本人民的災難——影片開場的東京大火，另一方面則是日本皇室的災難——被鸚鵡霸佔的怪石內部世界。這些並不是舅公利用黑色怪石——明治維新——的初心。
因此，舅公——男主母親的舅舅——想要作出改變，而能夠繼承他的力量的人也只能是與他同血脈的人——日本天皇萬世一系，所以舅公找到了男主和男主繼母——也是男主的親小姨——腹中尚未出生的孩子來承擔這一使命。男主需要繼承舅公的工作，腹中孩兒要成為未來和平美好世界的新生命——戰後一代。
但是男主拒絕了舅公的工作，因為僅僅是純潔的積木還不足以搭建純潔的世界，還需要純潔的搭建者，男主作為親歷了近代化美好與災難的人已不再純潔——頭部傷痕。此外，一直妄想成為搭建者的軍國主義也是有心無力，又導致了石中世界的毀滅——原子彈。最後，天皇血脈既在資格上也在能力上喪失了搭建能力，因為他的搭建帶來了巨大的災難，也引發了怪石世界本身的毀滅。所以，未來只能靠在積極的近代化力量——父親——帶領下的新生的戰後一代——也包括天皇血脈，去在現實的世界中創造了。