个人观点，博君一笑。
如果打乱电影的叙事时间线，我们可以结合日本的近代史，重现按时间顺序梳理以下电影中可能反映的日本近代历史。
影片中，维新时代前从外界落在后院的神秘的黑色怪石，可以理解为日本遭遇的美国黑船事件。黑船事件给当时的日本带来了前所未有的震撼，以及随之而来的机遇。
热爱学习知识的舅公——日本天皇——反应迅速，立刻想要用木制建筑——日本传统建筑风格——把黑色怪石包装起来，但是却引发了一系列惨案，不得不做出改变。因此，影片中呈现的黑色怪石的外包装是欧式风格的建筑，与少年所居住的日式传统庭院对比鲜明。
可见，黑色怪石——黑船事件——给日本带来了先进的近代文明，比如苍鹭、白鹭、鹦鹉。在天皇的重视下，于是日本率先走向了近代化。例如，男主母亲年轻时曾进入黑色怪石并笑着走了出来，以及她西式的用餐习惯——用刀叉、吃面包蘸果酱——显示了近代化的成果。男主的父亲作为天皇血脉的女婿，也是比较强大、积极的近代化力量的象征。
但是近代化的过程是复杂的，不是一切西化都是美好的。例如，军国主义就给日本带来了巨大的灾难，一方面是日本人民的灾难——影片开场的东京大火，另一方面则是日本皇室的灾难——被鹦鹉霸占的怪石内部世界。这些并不是舅公利用黑色怪石——明治维新——的初心。
因此，舅公——男主母亲的舅舅——想要作出改变，而能够继承他的力量的人也只能是与他同血脉的人——日本天皇万世一系，所以舅公找到了男主和男主继母——也是男主的亲小姨——腹中尚未出生的孩子来承担这一使命。男主需要继承舅公的工作，腹中孩儿要成为未来和平美好世界的新生命——战后一代。
但是男主拒绝了舅公的工作，因为仅仅是纯洁的积木还不足以搭建纯洁的世界，还需要纯洁的搭建者，男主作为亲历了近代化美好与灾难的人已不再纯洁——头部伤痕。此外，一直妄想成为搭建者的军国主义也是有心无力，又导致了石中世界的毁灭——原子弹。最后，天皇血脉既在资格上也在能力上丧失了搭建能力，因为他的搭建带来了巨大的灾难，也引发了怪石世界本身的毁灭。所以，未来只能靠在积极的近代化力量——父亲——带领下的新生的战后一代——也包括天皇血脉，去在现实的世界中创造了。