"失去人性，失去很多。失去獸性，失去一切"
這是維德在所剩無幾的宇宙道德與孕育著希望的曲率引擎間出給程心的選擇題。對於稚嫩的像嬰兒、脆弱的像魚兒的太陽系人類來說，無疑是道太過沉重的選擇題。而對於核戰廢土上苟延殘喘的倖存者，又何嘗不是呢?
選擇了人性 ，對於程心來說，這是她的幸運，也是她的不幸。但好在對於阿爾喬姆來說，做個好人就足夠了。
不同於前兩作穿行於黑暗且危機四伏的地下鐵與更加危險與死寂的地上廢墟間，本作的舞臺轉向了更為廣闊的國土:伏爾加河大橋，亞曼託，裡海，針葉林，新西伯利亞，貝爾加湖，海參崴…
48小時本體加兩個dlc通關，簡單說下劇情。
開頭承接《地鐵:最後的曙光》的好結局，由於黑怪的幫助，阿爾喬姆於D6保衛戰中倖存。紅線與第四帝國銷聲匿跡，地鐵大權來到了遊騎兵軍團手中，阿爾喬姆懷疑地面上仍有倖存者，在於妻子安娜的地面偵查下真的發現了其他人。這些是莫斯科前政府人員，他們啟動了覆蓋全城市的信號屏蔽，斷絕了外界聯繫以防後續核打擊。阿爾喬姆與安娜發現真相後乘上了鐵路工程師葉爾馬克的火車，踏上了離開莫斯科的鐵路，並在路上捎上了遊騎兵軍團。指揮官米勒最為前海軍陸戰隊上校自然不贊同這種背叛"政府"的選擇，然而在女兒安娜的軟磨硬泡下也只能作罷。
伏爾加河大橋，有反對電力的邪教，也有崇拜變異沙皇魚的邪教，球狀閃電與無處不在的輻射讓人們在解決溫飽之外無法再思考些什麼。
亞曼託，本是同D6一樣的秘密軍事基地，然而由於食物規劃不周，最後淪落到冒充中央政府發佈集合廣播來誘騙倖存者前來當做食物的食人族。
裡海，"男爵"以保存文明之名肆意奴隸當地人，不惜開時代的倒車。
針葉林，一群還沒來得及長大的學生們在死去老師的周圍艱難的探索著新的叢林法則。
死城，它之前的名字是新西伯利亞，在遊騎兵抵達的一年前，這裡仍有ockom發揮政府的作用，由於極度危險的輻射量，所有人都得靠著一種稱作"綠東西"的抗輻射藥來維持生命，然而核戰後早已沒有能生產這的地方了，徹底耗盡只是時間問題，想要求生只能奮力一搏離開這裡。但是人性是經不起考驗的，沒人願意拿自己活命的東西來支持這個計劃，時間一拖再拖，沒人願意把生的機會讓別人，到最後變成沒有人有生的機會，新西伯利亞地鐵中發生大規模暴動，軍隊奉命鎮壓，絕望ockom領導層只能逃跑卻被後方的RPG斷送了生路。只有赫列勃尼科夫上校(оском快速反應小組指揮官)和他的兒子基里爾活了下來。為了離開這個是非之地，赫列勃尼科夫上校深入地堡去取標記著輻射量的地圖，拼盡最後一絲力氣緊握著地圖倒在了回去的路上。直到幾個月後被基里爾告知的米勒上校找到了遺體(以上為《兩個上校》dlc內容)米勒最後為救阿爾喬姆用出了自己的"綠東西"輻射過量死在了歸途中。在生與義之間，冥冥中，兩個上校做出了相同的抉擇。
符拉迪沃斯託克，更多的被叫做海參崴，是遊騎兵軍團中唯一一個美國人山姆的故事開始的地方(《山姆的故事》dlc內容)，為了回到自己的故鄉聖地亞哥而借道於此。當然，他也沒有逃過艱難的抉擇，是選擇回到故鄉放任湯姆以核武器威懾全球，還是炸掉潛艇永遠無法回家。夢想與職責的交鋒，同樣令人困擾。
職責與良知，真相與謊言，莫斯科與新西伯利亞的歷史歷歷在目，製作組借赫列勃尼科夫上校之口說出:謊言帶來的生命，與真相帶來的死亡，我們無法替他人做選擇。
不同於前兩作，採用了半開放劇情，具有一定的自由度，雖然不完善但還是極大豐富了遊戲體驗。在建模光影畫質上也有了質的飛躍，帶來的直接後果是超過70G的內存與無數的bug，我可憐的電腦以不到十的幀率艱難的顯示著，讓我幾乎無時無刻都處於3D眩暈中。以至於我看到變異蜘蛛蠕蟲蝙蝠老鼠蠍子都無感了。在武器系統方面增加了工作臺，可以收集物資自己造裝備，裝備與配件也更豐富。
最後的最後，引用遊騎兵的口號"Если не мы,То кто?"做結尾吧。
