後保護傘時代
1998年浣熊市滅菌行動後，這座昔日活力四射的城市，從地球上被抹去，同樣被抹去的，是保護傘公司，雖然它的總部，它的分公司，以及許多轉入地下的設施，都還存在，但它已經失去了掌控力，它的輝煌沒有經過滑坡，而是直接跳下了斷崖。
美國政府沒有給保護傘絲毫的喘息機會，丟卒保車，為了甩鍋，把過河拆橋演繹的淋漓盡致，浣熊市被毀的同時，美國國會就頒佈了一項法令，無限期暫停了與保護傘美國分部的業務往來，接下來還有一系列的審判等著保護傘。
美國政府的做法徹底激怒了斯賓塞，他已經不介意兩敗俱傷的打法了，他要把大家都拉下水，一個頂級律師團隊被他招入麾下，他們在最高法院毫不掩飾地揭發，聲稱美政府炸掉浣熊市，就是為了銷燬他們與保護傘狼狽為奸地實質性證據，相關的製藥公司都被曝光，它們中的很多，其實是在毫不知情地情況下給保護傘打工的。
斯賓塞的主要戰場，轉移到了法庭，焦灼但還算有序，而法庭外的世界，早已亂作一團，沒有被消滅的病毒現在成了出籠的猛獸，不受控制地在世界各地傳播。
希納島疫情
希納島（Sheena Island）
就在浣熊市事件幾個月後的11月22日，一座歐洲私人島嶼又爆發了t病毒，這座名叫希納的小島，屬於保護傘公司，公司在這兒建了一座“暴君工廠”，用於研究和生產先進的生化武器，圍繞著工廠，又逐步建起了很多便民設施，方便工人日常生活，在加上島上的原住民，這裡形成了一座小鎮。
暴君工廠（Tyrant Plant）
工廠負責人名叫文森特·高曼，工作風格可以用四個字概括——心狠手辣。工廠中生產暴君需要一種名為β -異-非血清素的東西，為了獲得該物質，高曼從世界各地綁架青少年，對他們進行活體解剖，為了保證血清素的健康，解剖都在無麻醉的狀態下進行。（跟蘿莉島傳聞中的一條真的好像）
文森特·高曼（Vincent Goldman）
這一“產業鏈”完全是暗箱操作，連保護傘公司也不知道，11月22日疫情爆發的原因，就是高曼聽聞島上有間諜，而且已經暗中完成了對他的調查，調查結果會在下週保護傘高層到訪小島時，交給高管。高曼在22日將t病毒和一些生物武器釋放出來，想通過這場“意外”毀滅證據。
高曼不愧是保護傘的好員工，企業文化理解得很透，用一個大災難掩蓋一個小災難，正是保護傘一貫的做法，在它們眼中，這無非就是犧牲了點人命，這不，在高曼製造了希納島疫情後，保護傘派出了一支清道夫隊伍，來到小島，無論老人小孩，都格殺勿論。
清道夫小隊（The Undertaker Unit），負責清除一些生化武器，成員多為生化武器
希納島最後的命運跟浣熊市一樣，它在暴君工廠的自毀程序中，被徹底毀滅了。
洛克福特島危機
遭到轟炸的洛克福特島（Rockfort Island）
屋漏偏逢連夜雨，在同一時間段，另一座“屬於”保護傘公司的島——洛克福特島——也出事兒了。這座位於南大西洋的島，本來是阿什福德家族的財產，而他們家的第五代愛德華，就是當年跟斯賓塞一起創業的那位。
不過，保護傘在島上大興土木，是1993年了，當時老阿家的產業傳到了阿爾弗雷德手上，前面我寫到過他，這個白眼狼是實驗副產品，內心扭曲，骨科且弒父，在他接手保護傘的任務後，不到一年時間就在島上建立一座軍事訓練營，訓練的內容主要是，讓凡體肉身來跟t病毒生化武器實戰，島上還有個集中營，用來關押間諜和內鬼，這些囚犯要麼被處決，要麼被拉去做實驗。1998年年底，這個集中營多了一名特殊的囚犯：克萊爾。
克萊爾在浣熊市事件後，繼續去歐洲找哥哥，併成功潛入了保護傘在巴黎的實驗室，但她也在這裡被抓住，後來給送進了洛克福特島。
當美國被攪得翻天覆地時，這座遠離大眾視野的小島，也被一雙眼睛盯上了，這個人正是保護傘一生之敵威斯克。他剛剛投入敵對公司的懷抱，沒能帶去他承諾的東西，不過新公司給了他將功補過的機會，讓他去洛克福特島竊取維羅妮卡病毒。
t-維羅妮卡病毒
一生敞亮的威總怎麼可能做小偷小摸的事呢，他帶著一隊H.C.F士兵，閃亮登場。H.C.F全名“宿主捕獲部隊”，是保護傘敵對公司的一支精英武裝。威斯克就帶著這支隊伍，從地下（由提前潛入的特工執行）和空中，對洛克福特島一頓狂轟爛炸。這一炸，島上的病毒和生化武器全都跑了出來，一時間，二型獵殺者、屬於二型獵殺者亞型的“掃蕩者”、被病毒感染後殭屍化的人類，在島上橫行，H.C.F趁亂展開了行動。
身穿H.C.F制服的威總
起初把克萊爾抓到島上的拉瓦爾，本來也不是太壞的人，加上在襲擊中受了重傷，內心的人性戰勝了對組織的服從性，他把克萊爾放了出來。
成功從集中營監獄逃出來的，還有一個年輕男孩，史蒂夫·伯恩賽德，他的父親曾是保護傘員工，因販賣公司機密被抓，他也一同被俘，入獄前，他還目睹了母親被殺。父親後來在島上感染了t病毒，史蒂夫最終不得不親手殺死了他。這個突然承受了太多的少年，對保護傘充滿仇恨。
史蒂夫·伯恩賽德（Steve Burnside）
兩人逃出監獄後，在島上相遇相識，並攜手互助，所以，儘管島上怪物和變態老哥阿爾弗雷德，一直對兩人窮追猛打，他倆還是成功找到了一架運輸機，更妙的是，史蒂夫還會開飛機，他們飛到了比較近的南極。
但這裡完全就是洛克福特島的翻版，這裡也有保護傘的基地，也由阿什福德家族管理，甚至也有剛剛感染病毒的殭屍，原來，在28日凌晨，羅克福德島上倖存的保護傘傷者，撤離後，都跑到了這裡。兩人乘飛機逃往南極的動向，也被阿爾弗雷德看在眼裡，他觸發了洛克福特島的自毀後，也追了過來。
幸運的是，克萊爾和史蒂夫的後盾克里斯也趕到了，之前，克萊爾通過計算機聯繫到了里昂，後來，克里斯通過里昂，得知了妹妹的位置，他先是趕到了羅克福德島，妹妹沒找到，卻遇到了老冤家威斯克，這才知道妹妹又輾轉到了南極。
不幸的是，第三方勢力也緊隨其後，威斯克的人沒能在洛克福特島找到維羅妮卡病毒後，竟發現了阿爾弗雷德的雙胞胎妹妹，曾經的天才克隆少女阿萊克希亞，她曾因注射了維羅妮卡病毒，被冷凍了（通過這種方式，可以給宿主的身體足夠的時間，去慢慢適應病毒以求得與病毒的共生狀態），外界一度以為她已經死亡，但現在，她就在南極，而且已經被阿爾弗雷德喚醒。她成了威斯克取得病毒樣本的希望，而且是個遠超預期的希望。於是，威斯克也殺向了南極。
阿萊克希亞第一形態
不光是阿萊克希亞，這座南極基地已經變成了維羅妮卡病毒生物的樂園，這也導致克萊爾和史蒂夫的再次逃跑變得十分不順利，在戰鬥中，克萊爾一度受傷昏迷，醒來後，發現哥哥已經來到了身邊，但剛剛認識的“弟弟”史蒂夫卻不見了蹤影，克萊爾有了不詳的預感。
兄妹重逢
現實比她的預感還要糟糕：在克萊爾昏迷期間，史蒂夫被抓去注射了維羅妮卡病毒，再次見面時，他已經變成了一頭巨大的怪物，即便如此，史蒂夫還在頑強地用自我意識，與病毒抗爭，他用僅存地理智喚出了“克萊爾”地名字，最終也沒有傷害這個讓他情竇初開的女孩。
變異後的史蒂夫
史蒂夫的生命永遠定格在了17歲，他那些未曾對克萊爾說出口的話，也永遠埋葬在了嘴邊，面對變異的史蒂夫，克萊爾淚如雨下，卻也無能為力，兩人成就了《生化危機》裡的又一對意難平。
另一邊，威斯克找到了阿萊克希亞，一見面便開門見山要求對方提供維羅妮卡病毒的樣本給他，很快他就知道是自己造次了，變形後的阿萊克希亞不再是個弱女子模樣，她可以揍得威總滿地找牙。這一幕也被克里斯目擊到，他決定趁此機會帶著妹妹逃離，半路卻發現阿萊克希亞盯上了自己，原來是威斯克眼見打不過，提前跑路了。
阿萊克希亞第二形態
克里斯一番苦戰，取得了暫時的勝利，給自己贏得了片刻時間，去啟動（《生化危機》祖傳）自毀裝置，隨後，再次遭遇阿萊克希亞，不過，這時他和克萊爾已經瞭解到，當年阿萊克希亞的父親為了剋制她的野心，悄悄在基地佈置了直線發射器，兄妹倆想辦法給這種武器衝上了電，克萊爾讓妹妹先去撤離直升機那裡等著，他自己則留下來牽制住阿萊克希亞，直到武器充好電。這武器不愧是為阿萊克西婭量身定做的，只用一發便解決了問題。
阿萊克希亞第三形態
殺死阿萊克希亞後，克里斯卻發現威斯克劫持了妹妹，在威總心中，克里斯果然是“最重要的”，因為在殺掉克里斯和奪取維羅妮卡病毒之間，他覺得前者更有趣，當然了，他這樣表達只是為了說騷話，這種底氣，來自於他拿走了史蒂夫的屍體，屍體裡也有維羅妮卡病毒。
關於這場對決，威總完全佔了上風，瘦弱的克里斯被他按在地上摩擦，據說就是因為這件事，讓克里斯變成了健身狂人，但克里斯也沒有輸，自毀程序引起的爆炸，炸傷了威斯克，並引起大火將兩人隔開，完成了一場世紀勸架，兩人各自逃離。
威斯克做大做強
保護傘公司四處起火，管理結構土崩瓦解，各種“發明”也是被偷的偷，毀的毀，因為各種不便，它們的生產成本也急劇上升。
威斯克卻變成了病毒集大成者，並以保護傘的生化武器為基礎，全新打造了幾款改良版，頗具實力後，他開始直接從老東家手裡搶客戶了，這第一個大客戶，是南美洲的大軍閥哈維爾·伊達爾戈，靠毒販的勾當發家。
哈維爾·伊達爾戈（Javier Hidalgo）
他成為保護傘的客戶，最早可以追溯到1991年，購買的產品是t病毒，當時的動機倒是不壞，為了給妻子希爾達治病，不過後來他又用t病毒製造了殭屍武器。
一開始，病毒起了作用，但後來，希爾達變異了。2001年，他們的女兒曼努埃拉也沒能逃過這一疾病，這次，哈維爾選擇了威斯克手上的維羅妮卡病毒。他不是為了圖便宜，畢竟他對錢不感興趣，他這麼做是因為妻子的變異，讓他不再信任保護傘了。
威斯克也很“坦誠”，他指出了維羅妮卡病毒也存在風險，但是，如果在感染後的前15年，通過某些人為干預，抑制病毒的擴散，在那之後，它就能和宿主相對和諧地共生了。這一點在阿萊克希亞身上得到過驗證，她使用的人為干預方法是人體冷凍，但這一技術威斯克沒有掌握，最後，用在曼努埃拉身上的方法是：器官移植。
這可害慘了哈維爾統治範圍下的人民，有超過50名年紀相仿的少女，被哈維爾的下屬抓來，作為活體器官提供者。曼努埃拉是個心地善良的姑娘，知道真相後，她想讓父親停止暴行，知道無法勸說，她乾脆離家出走，逃進了村裡。
可這一舉動反而讓哈維爾崩潰，他開始在整個地區瘋狂投放病毒。
哈維爾的各種非法活動，早就引起了當局的注意。2000年10月，巴勒斯坦在內戰中，首次將始祖病毒類生化武器用於戰區，這引起了國際關注，兩年後，《反病毒武器協議7600號》終於通過，根據這項協議，里昂和傑克·克勞澤（Jack Krauser），被派到這裡進行調查。
前往南美執行哈維爾行動的里昂和克勞澤
由於此位於熱帶雨林，地形複雜，兩人請了一個當地嚮導，可途中嚮導被一個長著長觸手的怪物殺死，而當時在場的一位白衣少女的歌聲，似乎能安撫這個怪物，兩人便請她當起了嚮導，這個少女正是曼努埃拉。
白衣服的少女就是哈維爾的女兒曼努埃拉
三人最終來到了哈維爾的別墅，與哈維爾對峙，之前殺死嚮導的怪物也跟到了這裡，曼努埃拉用歌聲暫時穩住了怪物，但因為沒有接受定期的器官移植，在痛苦掙扎時無法繼續歌唱，怪物再次變得狂暴，與里昂和克勞澤開始了戰鬥，最終，怪物被擊敗，彌留之際，這頭怪物竟然拼盡全力，想要碰觸曼努埃拉，也是這次身體接觸，曼努埃拉感受到了母愛的氣息，她這才明白，這頭怪物就是母親。
早已不成人形的希爾達
萊昂和克勞斯的戰鬥力，讓哈維爾感到了嚴重威脅，為了除掉兩人奪回女兒，他要讓自己變得更強，一劑病毒下去，他變成了維羅妮卡綜合體。它的攻擊方式，是釋放出大量可以飛行的有機體，有機體又可以釋放出孢子。除了強大的破壞力之外，它的感染能力也十分嚇人。
維羅妮卡綜合體（V Complex）
目睹了母親慘狀的曼努埃爾，再也無法原諒那個始作俑者，哪怕他的初衷是愛。因為維羅妮卡病毒讓她的血液變得易燃，她決定用自己的鮮血做武器，釋放火焰燒死哈維爾。她當然不可能是強大的綜合體的對手，而且大量失血很快讓她生命垂危。儘管哈維爾無論變異前還是變異後，都鮮有人性和理智，但在女兒的生命即將消耗殆盡時，他選擇了束手就擒，請求里昂殺了他。
這是一個關於愛的故事，卻很殘酷。曼努埃爾失去了愛她的雙親，被帶到了美國，接受了拘禁和嚴格監控，也算是以一種不自由的形式，“健康地”繼續活著。
到這兒，此次事件看似歸於平靜，卻在一個人心中種下了不安的種子，這個人就是里昂的搭檔克勞澤，在戰鬥中，他被希爾達的毒刺擊中了手臂。這個心智不太強大的男人，一度擔心職業生涯會因此結束，加上本次行動他目睹太多被病毒“變強大”的實例，感慨自己太過弱小時，一種對力量的扭曲渴望，在他心中慢慢滋生……