后保护伞时代
1998年浣熊市灭菌行动后，这座昔日活力四射的城市，从地球上被抹去，同样被抹去的，是保护伞公司，虽然它的总部，它的分公司，以及许多转入地下的设施，都还存在，但它已经失去了掌控力，它的辉煌没有经过滑坡，而是直接跳下了断崖。
美国政府没有给保护伞丝毫的喘息机会，丢卒保车，为了甩锅，把过河拆桥演绎的淋漓尽致，浣熊市被毁的同时，美国国会就颁布了一项法令，无限期暂停了与保护伞美国分部的业务往来，接下来还有一系列的审判等着保护伞。
美国政府的做法彻底激怒了斯宾塞，他已经不介意两败俱伤的打法了，他要把大家都拉下水，一个顶级律师团队被他招入麾下，他们在最高法院毫不掩饰地揭发，声称美政府炸掉浣熊市，就是为了销毁他们与保护伞狼狈为奸地实质性证据，相关的制药公司都被曝光，它们中的很多，其实是在毫不知情地情况下给保护伞打工的。
斯宾塞的主要战场，转移到了法庭，焦灼但还算有序，而法庭外的世界，早已乱作一团，没有被消灭的病毒现在成了出笼的猛兽，不受控制地在世界各地传播。
希纳岛疫情
希纳岛（Sheena Island）
就在浣熊市事件几个月后的11月22日，一座欧洲私人岛屿又爆发了t病毒，这座名叫希纳的小岛，属于保护伞公司，公司在这儿建了一座“暴君工厂”，用于研究和生产先进的生化武器，围绕着工厂，又逐步建起了很多便民设施，方便工人日常生活，在加上岛上的原住民，这里形成了一座小镇。
暴君工厂（Tyrant Plant）
工厂负责人名叫文森特·高曼，工作风格可以用四个字概括——心狠手辣。工厂中生产暴君需要一种名为β -异-非血清素的东西，为了获得该物质，高曼从世界各地绑架青少年，对他们进行活体解剖，为了保证血清素的健康，解剖都在无麻醉的状态下进行。（跟萝莉岛传闻中的一条真的好像）
文森特·高曼（Vincent Goldman）
这一“产业链”完全是暗箱操作，连保护伞公司也不知道，11月22日疫情爆发的原因，就是高曼听闻岛上有间谍，而且已经暗中完成了对他的调查，调查结果会在下周保护伞高层到访小岛时，交给高管。高曼在22日将t病毒和一些生物武器释放出来，想通过这场“意外”毁灭证据。
高曼不愧是保护伞的好员工，企业文化理解得很透，用一个大灾难掩盖一个小灾难，正是保护伞一贯的做法，在它们眼中，这无非就是牺牲了点人命，这不，在高曼制造了希纳岛疫情后，保护伞派出了一支清道夫队伍，来到小岛，无论老人小孩，都格杀勿论。
清道夫小队（The Undertaker Unit），负责清除一些生化武器，成员多为生化武器
希纳岛最后的命运跟浣熊市一样，它在暴君工厂的自毁程序中，被彻底毁灭了。
洛克福特岛危机
遭到轰炸的洛克福特岛（Rockfort Island）
屋漏偏逢连夜雨，在同一时间段，另一座“属于”保护伞公司的岛——洛克福特岛——也出事儿了。这座位于南大西洋的岛，本来是阿什福德家族的财产，而他们家的第五代爱德华，就是当年跟斯宾塞一起创业的那位。
不过，保护伞在岛上大兴土木，是1993年了，当时老阿家的产业传到了阿尔弗雷德手上，前面我写到过他，这个白眼狼是实验副产品，内心扭曲，骨科且弑父，在他接手保护伞的任务后，不到一年时间就在岛上建立一座军事训练营，训练的内容主要是，让凡体肉身来跟t病毒生化武器实战，岛上还有个集中营，用来关押间谍和内鬼，这些囚犯要么被处决，要么被拉去做实验。1998年年底，这个集中营多了一名特殊的囚犯：克莱尔。
克莱尔在浣熊市事件后，继续去欧洲找哥哥，并成功潜入了保护伞在巴黎的实验室，但她也在这里被抓住，后来给送进了洛克福特岛。
当美国被搅得翻天覆地时，这座远离大众视野的小岛，也被一双眼睛盯上了，这个人正是保护伞一生之敌威斯克。他刚刚投入敌对公司的怀抱，没能带去他承诺的东西，不过新公司给了他将功补过的机会，让他去洛克福特岛窃取维罗妮卡病毒。
t-维罗妮卡病毒
一生敞亮的威总怎么可能做小偷小摸的事呢，他带着一队H.C.F士兵，闪亮登场。H.C.F全名“宿主捕获部队”，是保护伞敌对公司的一支精英武装。威斯克就带着这支队伍，从地下（由提前潜入的特工执行）和空中，对洛克福特岛一顿狂轰烂炸。这一炸，岛上的病毒和生化武器全都跑了出来，一时间，二型猎杀者、属于二型猎杀者亚型的“扫荡者”、被病毒感染后僵尸化的人类，在岛上横行，H.C.F趁乱展开了行动。
身穿H.C.F制服的威总
起初把克莱尔抓到岛上的拉瓦尔，本来也不是太坏的人，加上在袭击中受了重伤，内心的人性战胜了对组织的服从性，他把克莱尔放了出来。
成功从集中营监狱逃出来的，还有一个年轻男孩，史蒂夫·伯恩赛德，他的父亲曾是保护伞员工，因贩卖公司机密被抓，他也一同被俘，入狱前，他还目睹了母亲被杀。父亲后来在岛上感染了t病毒，史蒂夫最终不得不亲手杀死了他。这个突然承受了太多的少年，对保护伞充满仇恨。
史蒂夫·伯恩赛德（Steve Burnside）
两人逃出监狱后，在岛上相遇相识，并携手互助，所以，尽管岛上怪物和变态老哥阿尔弗雷德，一直对两人穷追猛打，他俩还是成功找到了一架运输机，更妙的是，史蒂夫还会开飞机，他们飞到了比较近的南极。
但这里完全就是洛克福特岛的翻版，这里也有保护伞的基地，也由阿什福德家族管理，甚至也有刚刚感染病毒的僵尸，原来，在28日凌晨，罗克福德岛上幸存的保护伞伤者，撤离后，都跑到了这里。两人乘飞机逃往南极的动向，也被阿尔弗雷德看在眼里，他触发了洛克福特岛的自毁后，也追了过来。
幸运的是，克莱尔和史蒂夫的后盾克里斯也赶到了，之前，克莱尔通过计算机联系到了里昂，后来，克里斯通过里昂，得知了妹妹的位置，他先是赶到了罗克福德岛，妹妹没找到，却遇到了老冤家威斯克，这才知道妹妹又辗转到了南极。
不幸的是，第三方势力也紧随其后，威斯克的人没能在洛克福特岛找到维罗妮卡病毒后，竟发现了阿尔弗雷德的双胞胎妹妹，曾经的天才克隆少女阿莱克希亚，她曾因注射了维罗妮卡病毒，被冷冻了（通过这种方式，可以给宿主的身体足够的时间，去慢慢适应病毒以求得与病毒的共生状态），外界一度以为她已经死亡，但现在，她就在南极，而且已经被阿尔弗雷德唤醒。她成了威斯克取得病毒样本的希望，而且是个远超预期的希望。于是，威斯克也杀向了南极。
阿莱克希亚第一形态
不光是阿莱克希亚，这座南极基地已经变成了维罗妮卡病毒生物的乐园，这也导致克莱尔和史蒂夫的再次逃跑变得十分不顺利，在战斗中，克莱尔一度受伤昏迷，醒来后，发现哥哥已经来到了身边，但刚刚认识的“弟弟”史蒂夫却不见了踪影，克莱尔有了不详的预感。
兄妹重逢
现实比她的预感还要糟糕：在克莱尔昏迷期间，史蒂夫被抓去注射了维罗妮卡病毒，再次见面时，他已经变成了一头巨大的怪物，即便如此，史蒂夫还在顽强地用自我意识，与病毒抗争，他用仅存地理智唤出了“克莱尔”地名字，最终也没有伤害这个让他情窦初开的女孩。
变异后的史蒂夫
史蒂夫的生命永远定格在了17岁，他那些未曾对克莱尔说出口的话，也永远埋葬在了嘴边，面对变异的史蒂夫，克莱尔泪如雨下，却也无能为力，两人成就了《生化危机》里的又一对意难平。
另一边，威斯克找到了阿莱克希亚，一见面便开门见山要求对方提供维罗妮卡病毒的样本给他，很快他就知道是自己造次了，变形后的阿莱克希亚不再是个弱女子模样，她可以揍得威总满地找牙。这一幕也被克里斯目击到，他决定趁此机会带着妹妹逃离，半路却发现阿莱克希亚盯上了自己，原来是威斯克眼见打不过，提前跑路了。
阿莱克希亚第二形态
克里斯一番苦战，取得了暂时的胜利，给自己赢得了片刻时间，去启动（《生化危机》祖传）自毁装置，随后，再次遭遇阿莱克希亚，不过，这时他和克莱尔已经了解到，当年阿莱克希亚的父亲为了克制她的野心，悄悄在基地布置了直线发射器，兄妹俩想办法给这种武器冲上了电，克莱尔让妹妹先去撤离直升机那里等着，他自己则留下来牵制住阿莱克希亚，直到武器充好电。这武器不愧是为阿莱克西娅量身定做的，只用一发便解决了问题。
阿莱克希亚第三形态
杀死阿莱克希亚后，克里斯却发现威斯克劫持了妹妹，在威总心中，克里斯果然是“最重要的”，因为在杀掉克里斯和夺取维罗妮卡病毒之间，他觉得前者更有趣，当然了，他这样表达只是为了说骚话，这种底气，来自于他拿走了史蒂夫的尸体，尸体里也有维罗妮卡病毒。
关于这场对决，威总完全占了上风，瘦弱的克里斯被他按在地上摩擦，据说就是因为这件事，让克里斯变成了健身狂人，但克里斯也没有输，自毁程序引起的爆炸，炸伤了威斯克，并引起大火将两人隔开，完成了一场世纪劝架，两人各自逃离。
威斯克做大做强
保护伞公司四处起火，管理结构土崩瓦解，各种“发明”也是被偷的偷，毁的毁，因为各种不便，它们的生产成本也急剧上升。
威斯克却变成了病毒集大成者，并以保护伞的生化武器为基础，全新打造了几款改良版，颇具实力后，他开始直接从老东家手里抢客户了，这第一个大客户，是南美洲的大军阀哈维尔·伊达尔戈，靠毒贩的勾当发家。
哈维尔·伊达尔戈（Javier Hidalgo）
他成为保护伞的客户，最早可以追溯到1991年，购买的产品是t病毒，当时的动机倒是不坏，为了给妻子希尔达治病，不过后来他又用t病毒制造了僵尸武器。
一开始，病毒起了作用，但后来，希尔达变异了。2001年，他们的女儿曼努埃拉也没能逃过这一疾病，这次，哈维尔选择了威斯克手上的维罗妮卡病毒。他不是为了图便宜，毕竟他对钱不感兴趣，他这么做是因为妻子的变异，让他不再信任保护伞了。
威斯克也很“坦诚”，他指出了维罗妮卡病毒也存在风险，但是，如果在感染后的前15年，通过某些人为干预，抑制病毒的扩散，在那之后，它就能和宿主相对和谐地共生了。这一点在阿莱克希亚身上得到过验证，她使用的人为干预方法是人体冷冻，但这一技术威斯克没有掌握，最后，用在曼努埃拉身上的方法是：器官移植。
这可害惨了哈维尔统治范围下的人民，有超过50名年纪相仿的少女，被哈维尔的下属抓来，作为活体器官提供者。曼努埃拉是个心地善良的姑娘，知道真相后，她想让父亲停止暴行，知道无法劝说，她干脆离家出走，逃进了村里。
可这一举动反而让哈维尔崩溃，他开始在整个地区疯狂投放病毒。
哈维尔的各种非法活动，早就引起了当局的注意。2000年10月，巴勒斯坦在内战中，首次将始祖病毒类生化武器用于战区，这引起了国际关注，两年后，《反病毒武器协议7600号》终于通过，根据这项协议，里昂和杰克·克劳泽（Jack Krauser），被派到这里进行调查。
前往南美执行哈维尔行动的里昂和克劳泽
由于此位于热带雨林，地形复杂，两人请了一个当地向导，可途中向导被一个长着长触手的怪物杀死，而当时在场的一位白衣少女的歌声，似乎能安抚这个怪物，两人便请她当起了向导，这个少女正是曼努埃拉。
白衣服的少女就是哈维尔的女儿曼努埃拉
三人最终来到了哈维尔的别墅，与哈维尔对峙，之前杀死向导的怪物也跟到了这里，曼努埃拉用歌声暂时稳住了怪物，但因为没有接受定期的器官移植，在痛苦挣扎时无法继续歌唱，怪物再次变得狂暴，与里昂和克劳泽开始了战斗，最终，怪物被击败，弥留之际，这头怪物竟然拼尽全力，想要碰触曼努埃拉，也是这次身体接触，曼努埃拉感受到了母爱的气息，她这才明白，这头怪物就是母亲。
早已不成人形的希尔达
莱昂和克劳斯的战斗力，让哈维尔感到了严重威胁，为了除掉两人夺回女儿，他要让自己变得更强，一剂病毒下去，他变成了维罗妮卡综合体。它的攻击方式，是释放出大量可以飞行的有机体，有机体又可以释放出孢子。除了强大的破坏力之外，它的感染能力也十分吓人。
维罗妮卡综合体（V Complex）
目睹了母亲惨状的曼努埃尔，再也无法原谅那个始作俑者，哪怕他的初衷是爱。因为维罗妮卡病毒让她的血液变得易燃，她决定用自己的鲜血做武器，释放火焰烧死哈维尔。她当然不可能是强大的综合体的对手，而且大量失血很快让她生命垂危。尽管哈维尔无论变异前还是变异后，都鲜有人性和理智，但在女儿的生命即将消耗殆尽时，他选择了束手就擒，请求里昂杀了他。
这是一个关于爱的故事，却很残酷。曼努埃尔失去了爱她的双亲，被带到了美国，接受了拘禁和严格监控，也算是以一种不自由的形式，“健康地”继续活着。
到这儿，此次事件看似归于平静，却在一个人心中种下了不安的种子，这个人就是里昂的搭档克劳泽，在战斗中，他被希尔达的毒刺击中了手臂。这个心智不太强大的男人，一度担心职业生涯会因此结束，加上本次行动他目睹太多被病毒“变强大”的实例，感慨自己太过弱小时，一种对力量的扭曲渴望，在他心中慢慢滋生……