本文用來記錄《ジュエリー・ハーツ・アカデミア》中的背景設定以及關鍵事件，強烈建議在遊玩後瀏覽，避免被劇透。本文基於機翻漢化完成，可能有我理解不對的地方，歡迎在評論區討論。
故事發生在諾瓦大陸，涉及到的國家有最北方的小國利維亞、北部大國特洛伊、南部大國弗裡吉亞以及西側的邁爾·加夫聯邦。在諾瓦大陸的歷史中，人類的組成為亞人、吸血鬼和原初人類。在本作中，男主索瑪·傑斯與妹妹露比為原初人類，梅婭和維奧為亞人，哈特貝爾、貝爾卡和馬庫斯為吸血鬼。天馬班是諾瓦大陸第一個三種族融合團體。
人類與寶石起源
在人類進化的過程中，出現了獸人種族，隨後出現了吸血鬼種族。由於吸血鬼懼光的特性以及1比9的極高出生率，遭到人類的歧視與驅趕。醜陋女帝帕拉斯帶著吸血鬼們躲避著人類，建立了夜之帝國塞雷納德，鄰國則是在女王尤瑞艾莉統治下的人類帝國。美麗的女王十分鄙視帕拉斯，無情的謾罵侮辱激起了她的嫉妒，於是最初的意志——藍寶石誕生了。帕拉斯利用藍寶石將尤瑞艾莉變成了醜陋的蛇形怪物，並遭到了人類的驅逐，進入到亞特拉斯森林生活。對吸血鬼的仇恨日漸增強，渴望著吸血鬼滅絕的尤瑞艾莉誕生了能將所示之人石化的意志——隕石。在吸血鬼被接二連三石化的同時，阿斯圖里奧斯出現了。他有著鑽石的意志，能夠抵抗陽光的危害。帕拉斯請求他前去消滅尤瑞艾莉，阿斯圖里奧斯在同意的同時殺掉了帕拉斯，奪取了她的遺志，並於尤瑞艾莉在森林中同歸於盡，石化的他化作了“賢者之石”，給予大陸上所有吸血鬼免疫陽光的庇護。
幾百年後，“七年戰爭”開始了。特洛伊對北方的利維亞發起了侵略，男主索瑪與妹妹露比的家人被吸血鬼吸乾，仇恨與憎惡使兩人分別獲得了藍紅寶石的意志，索瑪逃到了特洛伊的貧民窟並躲避著前來吸血的吸血鬼。利維亞倖存的人們組成了兩個組織：黃昏聯盟，美杜莎。索瑪遇到組織“黃昏聯盟”執行官“master”，成為特工的一員。妹妹露比後來加入組織“美杜莎”。
天馬班行動
時間來到遊戲開始時，索瑪·傑斯奉master之命以學生身份入學寶石學院，調查賢者之石的所在地並幫助組織進行奪取。被劃入天馬班的他需要在學期內集齊三枚徽章來進入鑽石班。為了得到徽章，六名學生勉為其難地合作贏得了接力賽冠軍。
幾天後，大面積石化現象出現在大陸北方，特洛伊國的全面石化終止了七年戰爭。天馬班響應號召加入軍隊，計劃在邊境處迎戰“美杜莎”，卻被敵方突襲了學院。天馬班班主任夏洛特在戰鬥中被美杜莎首領基米爾石化並殺害。本場戰鬥以學院大面積報廢、半數學生失去意志退學、索瑪為了救下阿莉安娜而發動了魔眼、維奧的意志破碎、班主任夏洛特陣亡結束。
為了調查美杜莎基地位置，並幫助軍隊推進北方的戰線，天馬班多次前往兩國交界處——古戰場進行調查。在一次戰鬥中，梅婭叛變加入了美杜莎組織，並將天馬班其餘五人擊落懸崖，困於一處洞穴中。
得救後的眾人不願放棄梅婭，在瞭解到她處於鍊金術士日澤爾曼的控制下後，大家再次前往古戰場，並襲擊了美杜莎位於拉瓦爾市地基地，成功擊殺了日澤爾曼。本次戰鬥中梅婭的意志出現了“轉彩”現象，性格隨之變化的她變成了班級團寵，開始很自然地跟大夥撒嬌。此外，阿莉安娜和馬庫斯寫的親筆信傳達到了美杜莎手中，希望雙方進行談判。
談判最終以失敗告終，基米爾對於弗裡吉亞國王沒有親自到場而選擇替身的行為十分憤怒，降下隕石將王都石化，馬庫斯的王室成員全部遇難。
為了調查基米爾所說的“真正的歷史”，天馬班成員決定前往利維亞尋找記錄歷史翡翠石板。經過半個月的旅程，阿莉安娜三人平安歸來。學院的眾人知道了前文所提到的歷史，理解了為什麼“賢者之石保持著世界的平衡”以及美杜莎迫切希望摧毀它的意義，索瑪·傑斯也在此時向大家透露了自己是人類的秘密。
在得知世上還存在人類後，學院的眾人認為建立起種族共存制度才是解決問題的關鍵。王子馬庫斯與王女諾亞開始周遊各國進行遊說，與其他領導人談判協商，最終各國一致同意派代表參加會議。
與此同時，營地俘虜的暴亂激起了露比的憤怒，她來勸說索瑪並希望能夠殺死班級其他成員。在一番激烈的戰鬥後，索瑪承諾會一直保護露比，希望她能夠給身為吸血鬼的大家一次機會。露比加入了天馬班團隊中。
忙於王都的建設，馬庫斯無法陪同妹妹諾亞參加會議，他臨行前拜託維奧擔任諾亞的貼身護衛，自己在會議前一天晚上離開了學院。在會議結束時，諾亞遭到槍擊並死亡。懊悔的維奧與聞訊趕來的馬庫斯產生了激烈的衝突，兩人在天台展開了你死我活的戰鬥。最終馬庫斯意識到殺死維奧並不能挽回妹妹的死，他收起了手中的劍。
最後一戰
在與美杜莎的決戰前夕，各國已經達成協議，同意了獸人、吸血鬼與人類共存，天馬班全員前往利維亞與首領基米爾戰鬥。戰鬥勝利後，蟄伏了幾百年等待機會的女王尤瑞艾莉出現了，她想要殺死地表所有的生物來杜絕衝突的發生。經過大家的努力甚至時空的回溯，天馬班成功擊殺女王，抹除了世界危機。
首先感謝能讀到這裡的你，這是我第一次寫流程記錄類文章，有許多印象深刻的事件實在難以取捨，文章不可避免地存在不足，歡迎在評論區指教。遊戲中還有許多感人的細節，因篇幅所限我沒有一一列出，也歡迎大家在評論區CY，等漢化公佈時我會發文通知的。
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