本文用来记录《ジュエリー・ハーツ・アカデミア》中的背景设定以及关键事件，强烈建议在游玩后浏览，避免被剧透。本文基于机翻汉化完成，可能有我理解不对的地方，欢迎在评论区讨论。
故事发生在诺瓦大陆，涉及到的国家有最北方的小国利维亚、北部大国特洛伊、南部大国弗里吉亚以及西侧的迈尔·加夫联邦。在诺瓦大陆的历史中，人类的组成为亚人、吸血鬼和原初人类。在本作中，男主索玛·杰斯与妹妹露比为原初人类，梅娅和维奥为亚人，哈特贝尔、贝尔卡和马库斯为吸血鬼。天马班是诺瓦大陆第一个三种族融合团体。
人类与宝石起源
在人类进化的过程中，出现了兽人种族，随后出现了吸血鬼种族。由于吸血鬼惧光的特性以及1比9的极高出生率，遭到人类的歧视与驱赶。丑陋女帝帕拉斯带着吸血鬼们躲避着人类，建立了夜之帝国塞雷纳德，邻国则是在女王尤瑞艾莉统治下的人类帝国。美丽的女王十分鄙视帕拉斯，无情的谩骂侮辱激起了她的嫉妒，于是最初的意志——蓝宝石诞生了。帕拉斯利用蓝宝石将尤瑞艾莉变成了丑陋的蛇形怪物，并遭到了人类的驱逐，进入到亚特拉斯森林生活。对吸血鬼的仇恨日渐增强，渴望着吸血鬼灭绝的尤瑞艾莉诞生了能将所示之人石化的意志——陨石。在吸血鬼被接二连三石化的同时，阿斯图里奥斯出现了。他有着钻石的意志，能够抵抗阳光的危害。帕拉斯请求他前去消灭尤瑞艾莉，阿斯图里奥斯在同意的同时杀掉了帕拉斯，夺取了她的遗志，并于尤瑞艾莉在森林中同归于尽，石化的他化作了“贤者之石”，给予大陆上所有吸血鬼免疫阳光的庇护。
几百年后，“七年战争”开始了。特洛伊对北方的利维亚发起了侵略，男主索玛与妹妹露比的家人被吸血鬼吸干，仇恨与憎恶使两人分别获得了蓝红宝石的意志，索玛逃到了特洛伊的贫民窟并躲避着前来吸血的吸血鬼。利维亚幸存的人们组成了两个组织：黄昏联盟，美杜莎。索玛遇到组织“黄昏联盟”执行官“master”，成为特工的一员。妹妹露比后来加入组织“美杜莎”。
天马班行动
时间来到游戏开始时，索玛·杰斯奉master之命以学生身份入学宝石学院，调查贤者之石的所在地并帮助组织进行夺取。被划入天马班的他需要在学期内集齐三枚徽章来进入钻石班。为了得到徽章，六名学生勉为其难地合作赢得了接力赛冠军。
几天后，大面积石化现象出现在大陆北方，特洛伊国的全面石化终止了七年战争。天马班响应号召加入军队，计划在边境处迎战“美杜莎”，却被敌方突袭了学院。天马班班主任夏洛特在战斗中被美杜莎首领基米尔石化并杀害。本场战斗以学院大面积报废、半数学生失去意志退学、索玛为了救下阿莉安娜而发动了魔眼、维奥的意志破碎、班主任夏洛特阵亡结束。
为了调查美杜莎基地位置，并帮助军队推进北方的战线，天马班多次前往两国交界处——古战场进行调查。在一次战斗中，梅娅叛变加入了美杜莎组织，并将天马班其余五人击落悬崖，困于一处洞穴中。
得救后的众人不愿放弃梅娅，在了解到她处于炼金术士日泽尔曼的控制下后，大家再次前往古战场，并袭击了美杜莎位于拉瓦尔市地基地，成功击杀了日泽尔曼。本次战斗中梅娅的意志出现了“转彩”现象，性格随之变化的她变成了班级团宠，开始很自然地跟大伙撒娇。此外，阿莉安娜和马库斯写的亲笔信传达到了美杜莎手中，希望双方进行谈判。
谈判最终以失败告终，基米尔对于弗里吉亚国王没有亲自到场而选择替身的行为十分愤怒，降下陨石将王都石化，马库斯的王室成员全部遇难。
为了调查基米尔所说的“真正的历史”，天马班成员决定前往利维亚寻找记录历史翡翠石板。经过半个月的旅程，阿莉安娜三人平安归来。学院的众人知道了前文所提到的历史，理解了为什么“贤者之石保持着世界的平衡”以及美杜莎迫切希望摧毁它的意义，索玛·杰斯也在此时向大家透露了自己是人类的秘密。
在得知世上还存在人类后，学院的众人认为建立起种族共存制度才是解决问题的关键。王子马库斯与王女诺亚开始周游各国进行游说，与其他领导人谈判协商，最终各国一致同意派代表参加会议。
与此同时，营地俘虏的暴乱激起了露比的愤怒，她来劝说索玛并希望能够杀死班级其他成员。在一番激烈的战斗后，索玛承诺会一直保护露比，希望她能够给身为吸血鬼的大家一次机会。露比加入了天马班团队中。
忙于王都的建设，马库斯无法陪同妹妹诺亚参加会议，他临行前拜托维奥担任诺亚的贴身护卫，自己在会议前一天晚上离开了学院。在会议结束时，诺亚遭到枪击并死亡。懊悔的维奥与闻讯赶来的马库斯产生了激烈的冲突，两人在天台展开了你死我活的战斗。最终马库斯意识到杀死维奥并不能挽回妹妹的死，他收起了手中的剑。
最后一战
在与美杜莎的决战前夕，各国已经达成协议，同意了兽人、吸血鬼与人类共存，天马班全员前往利维亚与首领基米尔战斗。战斗胜利后，蛰伏了几百年等待机会的女王尤瑞艾莉出现了，她想要杀死地表所有的生物来杜绝冲突的发生。经过大家的努力甚至时空的回溯，天马班成功击杀女王，抹除了世界危机。
首先感谢能读到这里的你，这是我第一次写流程记录类文章，有许多印象深刻的事件实在难以取舍，文章不可避免地存在不足，欢迎在评论区指教。游戏中还有许多感人的细节，因篇幅所限我没有一一列出，也欢迎大家在评论区CY，等汉化公布时我会发文通知的。
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