正式入會
1488年，艾吉奧在威尼斯度過了他的生日，自那黑暗一天已經過去了十年，但艾吉奧仍在苦苦追尋真相。羅莎為艾吉奧帶來了好消息，那艘去往塞浦路斯的船將在第二天回到威尼斯。不過達·芬奇先喊走了艾吉奧，他對那些手稿的研究有了新突破。根據解讀出的內容，聖殿騎士應該是準備將某樣伊甸神器從塞浦路斯帶到威尼斯，然後“先知”出現，打開伊述文明留下的某個“寶庫”，這也就是為什麼羅德里戈要在意大利策劃這一切。
艾吉奧來到碼頭，卻撞見了也同樣在盯梢的馬里奧。但是艾吉奧來不及打招呼，因為貨物已經被運下了船，他要跟上去看看那東西會被帶到哪兒。跟著負責運送的士兵，艾吉奧來到了一箇中轉站，通過偽裝成士兵，他成功替換了那個送貨的密使，從而見到了羅德里戈。
艾吉奧指責羅德里戈他所追尋的“先知”根本不存在，但羅德里戈宣稱自己即為“先知”。他屏退了士兵，準備和艾吉奧單挑，卻被輕易擊敗。於是他又召回士兵準備解決艾吉奧。
馬里奧及時帶人趕到，艾吉奧在威尼斯的盟友都來了，他們打倒了羅德里戈和他的手下，可惜那個主謀逃走了。艾吉奧想要追擊卻被人攔住，定睛一看，居然是葆拉。盟友們勸告艾吉奧停手，他們是為了手稿中預言會出現的“先知”而來，現在他們覺得艾吉奧就是先知。尼科洛·迪·伯納多·代·馬基雅維利從人群中現身，他向艾吉奧揭示了一切：艾吉奧這些年中認識的人們，葆拉、“狐狸”……他們全都是刺客。馬里奧告訴艾吉奧，他們所做的這一切，都是為了引導他走上正確的道路。他的母親和妹妹也已經走出悲傷，準備擁抱新的生活。
日落時分，在威尼斯的鐘樓之上，艾吉奧正式完成了刺客兄弟會的入會儀式。
“當他人盲目遵循真理之時，記住——”
“萬物皆虛。”
“在他人受道德或法律約束之處，記住——”
“萬事皆勻。”
“我們在黑暗中奮鬥，只為侍奉光明，我們是刺客。”
艾吉奧的左手無名指打上了烙印，跟隨著朋友們從塔樓一躍而下之時，他真正成為了一名刺客。
佛利之戰
儀式結束後，眾人聚集在達·芬奇的工作室研究那件神器——伊甸蘋果。艾吉奧不小心觸發了蘋果，無數的幻象震撼了眾人。刺客們決定讓艾吉奧把神器帶去佛利進行隱藏，在那裡，他可以找到一位盟友，也就是卡特琳娜·史佛扎。
一段漫長的航行後，尼科洛陪伴艾吉奧來到佛利，卡特琳娜帶著他們前往城中。途中艾吉奧得知，佛利前領主為聖殿騎士賣命，於是卡特琳娜僱兇將其殺害，然後她便成了這座城市的實際掌權者。路上，他們看到了大量正在奔逃的百姓，原來僱傭兵歐錫兄弟在聖殿騎士的收買下，趁卡特琳娜出城發起了攻擊。
城門緊閉著，為了進城，艾吉奧試圖通過水道進去打開城門，卡特琳娜則站在城門口放狠話。等所有人進城後，艾吉奧又護送大家進入拉瓦迪諾堡壘，以求一時安寧。可敵人早已在堡壘門口設下埋伏，又花了一番功夫才使所有人進入堡壘。
可卡特琳娜的兩個孩子在混亂中失蹤，來不及著急，城外對方的援兵已至，艾吉奧跟著尼科洛前去抵禦敵軍。守住堡壘之後，歐錫兄弟來到城下，他們抓住了卡特琳娜的孩子們，以此威脅眾人交出該地區的地圖和金蘋果。但卡特琳娜放話自己毫不在意，大不了再生幾個。歐錫兄弟給他們一小時考慮，然後駐紮在城外的村落。
艾吉奧決定幫助卡特琳娜救出孩子們，他將金蘋果託付給卡特琳娜，獨自出城。艾吉奧在村裡找到了卡特琳娜的女兒，得知歐錫兄弟把她弟弟帶到了燈塔上。於是艾吉奧繞過重重守衛，爬上燈塔，殺死了歐錫兄弟中的魯多維科並救出男孩。
孩子們平安歸來，可堡壘的局勢不妙，奇可·歐錫藉此防禦薄弱之時發動了突襲，金蘋果也被搶走。艾吉奧一路追到努比亞利亞，從奇可手中奪回了神器，臨死前，奇可用匕首刺進了艾吉奧的腹部。
回城的路上，傷重不支的艾吉奧倒地，一個不知名的修士帶走了神器。等到艾吉奧甦醒，他發現自己已經被救回城中。臨走之前，卡特琳娜將那份尋找“寶庫”所需地圖送給艾吉奧。
艾吉奧來到城外的修道院展開調查，依靠印象中的特徵進行詢問，他從一名修士處瞭解了那名九指修士的下落。艾吉奧按圖索驥，從佛利城內一家修道院的院長口中，他逼問出了九指修士薩佛那羅拉的可能去處——佛羅倫薩。
但羅德里戈的手下也來了，艾吉奧從他們手中解救出一名修士，那是薩佛那羅拉的堂弟，他告訴艾吉奧，想找到那個傢伙需要前往威尼斯，此外他還告訴艾吉奧，自己的堂兄就是個徹頭徹尾的瘋子。
虛榮之火
1492年，艾吉奧趕到威尼斯，提奧多拉迎接了他。最近一段時間，威尼斯瘋傳航海家哥倫布即將啟航的消息，但艾吉奧無暇顧及這些，他從提奧多拉口中得到了有關那個瘋狂修士的情報：他的信徒正在城裡瘋狂宣傳其教義，吸引了很多人。艾吉奧還得知了洛倫佐近日逝世的消息，這使他悲傷而又擔憂。更壞的消息是，羅德里戈通過各種下作手段，成功當選了教皇，也就是亞歷山大六世。
在威尼斯工業區，薩佛那羅拉的傳道士大肆宣揚著末日將至，艾吉奧猜測這是修士從金蘋果的幻象中得出的結論。穿過人群，艾吉奧來到傳道士面前，詢問修士的下落，但那個瘋子只是不停岔開話題，讓艾吉奧等待他的聯絡。
終於在1494年，那個傳道士約艾吉奧在碼頭見面，他認為艾吉奧的誠信經受住了時間的考驗，於是決定讓他見到薩佛那羅拉。但洛倫佐的兒子皮耶羅突然出現在人群中，他大聲宣告此時瘋修士已經依靠神器掌控了佛羅倫薩，百姓生活在水深火熱當中。可那些瘋狂的信徒對他發起了攻擊，為了保護他，艾吉奧擊退了眾人，並在皮耶羅的幫助下殺死傳道者。皮耶羅邀請艾吉奧前往總督宮議事，但遭到了拒絕。
1497年，艾吉奧重返佛羅倫薩。在奧特拉諾區，艾吉奧見到了等候多時的尼科洛。現在局勢十分複雜，羅德里戈也知曉了金蘋果在佛羅倫薩的消息，不時派士兵來進攻，刺客們潛伏在城內，試圖喚醒被壓迫的群眾。奧迪託雷家的房產也被查封，但對艾吉奧而言，最糟糕的消息莫過於克里斯蒂娜的死訊。薩佛那羅拉之前派人洗劫了不願支持他的家庭，曼弗雷德的家也是其中之一，瘋狂的宗教瘋子們殺害了所有人。強忍著悲痛，艾吉奧提出先刺殺薩佛那羅拉的手下，再煽動群眾暴亂，以此推翻其統治。於是尼科洛前去找葆拉等人協助，解放佛羅倫薩各區的工作則落在了艾吉奧肩上。
被矇蔽的藝術家主持燒燬和藝術相關的一切；瘋狂的傳道士宣揚著末日的預言；貪婪的守衛阻止市民過橋前往城市的其他區域；被收買的商人限制了食品貿易；積怨已久的農夫命手下加強對糧食的看守；賣弄聰明的警衛隊長設下陷阱幹掉那些敢反抗的人；選擇臣服的貴族跑去通風報信；陷入恍惚的神父站在教堂頂上唸唸有詞；連醫生也宣揚薩佛那羅拉能帶來救贖。
艾吉奧將這些走狗一一解決後，尼科洛、葆拉還有“狐狸”將他叫到了碧提宮前，薩佛那羅拉正在那裡向民眾演說。就在這個瘋狂修士試圖對大眾使用金蘋果時，刺客們擲出的飛刀擊中了他的手腕，神器掉落在地。憤怒的百姓一擁而上，將薩佛那羅拉帶走。一名士兵試圖趁機拿走金蘋果，卻被艾吉奧發現，及時阻止了他的行動。
取回神器的艾吉奧在領主宮前的廣場見到了夥伴們，薩佛那羅拉被送上了火刑柱，在他被活活燒死之前，艾吉奧接著旁邊的平臺飛躍而上，一袖劍劃開其喉嚨。
塵埃落定，站在一切開始的地方，艾吉奧回顧了自己這二十多年來的生活。臺下人的目光聚焦在他身上，背後的烈火熊熊燃燒，艾吉奧大聲宣告，呼籲每個人去追求自己的人生，去定義自己的“自由”。語畢，他輕輕躍下，人群隨著他的腳步向兩邊分開，艾吉奧走向自己的兄弟夥伴們，消失在人民的視野中。
聖所
保存好金蘋果之後，刺客們開始蒐集剩餘的手稿，這是一項艱難的事業。兩年當中，他們幾乎去過意大利的每座城邦，和聖殿騎士更是戰鬥了不知多少次。
當一切工作結束，刺客們聚集在馬里奧的書房，手稿中的秘密終於被破解，大家看到了一副完整的世界地圖，其上預見了尚未被人民們所知的土地。至於“寶庫”就在羅馬，打開寶庫則需要兩件神器——伊甸蘋果、教皇權杖。
1499年，艾吉奧來到羅馬，他的目標是在梵蒂岡殺死現任教皇羅德里戈·波吉亞。在潛入西斯廷禮拜堂後，艾吉奧看到了正在眾人面前主持禮拜的羅德里戈，他從高處一躍而下，帶著袖劍的閃光。
憑藉著教皇權杖的力量，羅德里戈僥倖活命。在權杖的影響下，臺下的眾人紛紛倒地，但艾吉奧憑藉金蘋果抵抗住了，羅德里戈叫他交出蘋果，艾吉奧回應以咒罵。依靠金蘋果，艾吉奧製造了四道分身將羅德里戈包圍，羅德里戈則揮舞著權杖同艾吉奧“們”戰作一團。這個七十多歲的老者漸漸體力不支，跪倒在地。
羅德里戈用盡全力將權杖砸在地上，釋放出的能量將艾吉奧擊倒，金蘋果也被他奪走。他將艾吉奧舉到半空，一劍刺入其腹部，然後大步離去。
一段時間後，艾吉奧和其他人漸漸從權杖的影響下恢復。他忍著疼痛，在鷹眼視覺的幫助下啟動了牆壁上隱藏的開關，一道暗門打開，艾吉奧進入地下，來到了一處圓形大廳。大廳的中央是一個圓形凹陷，羅德里戈真在當中對著牆壁喃喃自語，他無法找出打開“寶庫”的辦法。艾吉奧來到他身後，這一次，沒有神器，甚至沒有武器，一場純粹的肉搏戰就此展開。
在打鬥過程中，羅德里戈透露了“寶庫”內的內容物，也就是他所謂的神，這個瘋狂的傢伙相信用那兩件神器可以降服“神靈”，從而獲得無窮的力量。他當上教皇只是為了這個，那些神話傳說在羅德里戈眼中統統都是廢話，他將創造一個由聖殿騎士統治的新世界。
最後，憑藉著出色的格鬥技巧，艾吉奧將羅德里戈打倒在地，這個野心家終於無法再爬起，倒在地上奄奄一息。艾吉奧試圖拔出插在大廳中心的權杖——羅德里戈早已把它和蘋果合二為一——在他碰到那神器的瞬間，一道光束射出，先前那道紋絲不動的大門緩緩開啟。
艾吉奧走入門內，身旁的石柱隨著他的前進被點亮，在通道的盡頭，一道身影浮現。那是個女性的投影，她自稱米涅瓦，四周牆壁上刻畫的另外兩個人物則是朱諾和朱庇特。他們不是神靈，而是先於人類行走在世間的種族。她所說的一切令艾吉奧迷惑，但米涅瓦似乎是通過他在和其他人對話。
在米涅瓦的敘述中，她所屬的伊述族創造了人類，卻在之後遭到人類的背叛。人類憑藉人數的優勢同強大的伊述人開戰，但他們都忽略了來自天空之外的威脅。一切在烈火中焚盡，兩族都只殘餘了少數倖存者，世界逐漸重建。時間消磨了一切，伊述族逐漸成為神話中的角色，米涅瓦在這間“寶庫”留下了她最後的話語：她所對話的對象——戴斯蒙，需要找到其他伊述族建立的聖所，這可以使人類在第二次烈焰之災中活下來，時間十分緊迫。
米涅瓦的留言和四周浮現的種種影像令艾吉奧無比困惑，但他的問題沒能得到回答，那道身影就像先前突然出現一樣突然消失。
#懷舊遊戲#
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