正式入会
1488年，艾吉奥在威尼斯度过了他的生日，自那黑暗一天已经过去了十年，但艾吉奥仍在苦苦追寻真相。罗莎为艾吉奥带来了好消息，那艘去往塞浦路斯的船将在第二天回到威尼斯。不过达·芬奇先喊走了艾吉奥，他对那些手稿的研究有了新突破。根据解读出的内容，圣殿骑士应该是准备将某样伊甸神器从塞浦路斯带到威尼斯，然后“先知”出现，打开伊述文明留下的某个“宝库”，这也就是为什么罗德里戈要在意大利策划这一切。
艾吉奥来到码头，却撞见了也同样在盯梢的马里奥。但是艾吉奥来不及打招呼，因为货物已经被运下了船，他要跟上去看看那东西会被带到哪儿。跟着负责运送的士兵，艾吉奥来到了一个中转站，通过伪装成士兵，他成功替换了那个送货的密使，从而见到了罗德里戈。
艾吉奥指责罗德里戈他所追寻的“先知”根本不存在，但罗德里戈宣称自己即为“先知”。他屏退了士兵，准备和艾吉奥单挑，却被轻易击败。于是他又召回士兵准备解决艾吉奥。
马里奥及时带人赶到，艾吉奥在威尼斯的盟友都来了，他们打倒了罗德里戈和他的手下，可惜那个主谋逃走了。艾吉奥想要追击却被人拦住，定睛一看，居然是葆拉。盟友们劝告艾吉奥停手，他们是为了手稿中预言会出现的“先知”而来，现在他们觉得艾吉奥就是先知。尼科洛·迪·伯纳多·代·马基雅维利从人群中现身，他向艾吉奥揭示了一切：艾吉奥这些年中认识的人们，葆拉、“狐狸”……他们全都是刺客。马里奥告诉艾吉奥，他们所做的这一切，都是为了引导他走上正确的道路。他的母亲和妹妹也已经走出悲伤，准备拥抱新的生活。
日落时分，在威尼斯的钟楼之上，艾吉奥正式完成了刺客兄弟会的入会仪式。
“当他人盲目遵循真理之时，记住——”
“万物皆虚。”
“在他人受道德或法律约束之处，记住——”
“万事皆匀。”
“我们在黑暗中奋斗，只为侍奉光明，我们是刺客。”
艾吉奥的左手无名指打上了烙印，跟随着朋友们从塔楼一跃而下之时，他真正成为了一名刺客。
佛利之战
仪式结束后，众人聚集在达·芬奇的工作室研究那件神器——伊甸苹果。艾吉奥不小心触发了苹果，无数的幻象震撼了众人。刺客们决定让艾吉奥把神器带去佛利进行隐藏，在那里，他可以找到一位盟友，也就是卡特琳娜·史佛扎。
一段漫长的航行后，尼科洛陪伴艾吉奥来到佛利，卡特琳娜带着他们前往城中。途中艾吉奥得知，佛利前领主为圣殿骑士卖命，于是卡特琳娜雇凶将其杀害，然后她便成了这座城市的实际掌权者。路上，他们看到了大量正在奔逃的百姓，原来雇佣兵欧锡兄弟在圣殿骑士的收买下，趁卡特琳娜出城发起了攻击。
城门紧闭着，为了进城，艾吉奥试图通过水道进去打开城门，卡特琳娜则站在城门口放狠话。等所有人进城后，艾吉奥又护送大家进入拉瓦迪诺堡垒，以求一时安宁。可敌人早已在堡垒门口设下埋伏，又花了一番功夫才使所有人进入堡垒。
可卡特琳娜的两个孩子在混乱中失踪，来不及着急，城外对方的援兵已至，艾吉奥跟着尼科洛前去抵御敌军。守住堡垒之后，欧锡兄弟来到城下，他们抓住了卡特琳娜的孩子们，以此威胁众人交出该地区的地图和金苹果。但卡特琳娜放话自己毫不在意，大不了再生几个。欧锡兄弟给他们一小时考虑，然后驻扎在城外的村落。
艾吉奥决定帮助卡特琳娜救出孩子们，他将金苹果托付给卡特琳娜，独自出城。艾吉奥在村里找到了卡特琳娜的女儿，得知欧锡兄弟把她弟弟带到了灯塔上。于是艾吉奥绕过重重守卫，爬上灯塔，杀死了欧锡兄弟中的鲁多维科并救出男孩。
孩子们平安归来，可堡垒的局势不妙，奇可·欧锡借此防御薄弱之时发动了突袭，金苹果也被抢走。艾吉奥一路追到努比亚利亚，从奇可手中夺回了神器，临死前，奇可用匕首刺进了艾吉奥的腹部。
回城的路上，伤重不支的艾吉奥倒地，一个不知名的修士带走了神器。等到艾吉奥苏醒，他发现自己已经被救回城中。临走之前，卡特琳娜将那份寻找“宝库”所需地图送给艾吉奥。
艾吉奥来到城外的修道院展开调查，依靠印象中的特征进行询问，他从一名修士处了解了那名九指修士的下落。艾吉奥按图索骥，从佛利城内一家修道院的院长口中，他逼问出了九指修士萨佛那罗拉的可能去处——佛罗伦萨。
但罗德里戈的手下也来了，艾吉奥从他们手中解救出一名修士，那是萨佛那罗拉的堂弟，他告诉艾吉奥，想找到那个家伙需要前往威尼斯，此外他还告诉艾吉奥，自己的堂兄就是个彻头彻尾的疯子。
虚荣之火
1492年，艾吉奥赶到威尼斯，提奥多拉迎接了他。最近一段时间，威尼斯疯传航海家哥伦布即将启航的消息，但艾吉奥无暇顾及这些，他从提奥多拉口中得到了有关那个疯狂修士的情报：他的信徒正在城里疯狂宣传其教义，吸引了很多人。艾吉奥还得知了洛伦佐近日逝世的消息，这使他悲伤而又担忧。更坏的消息是，罗德里戈通过各种下作手段，成功当选了教皇，也就是亚历山大六世。
在威尼斯工业区，萨佛那罗拉的传道士大肆宣扬着末日将至，艾吉奥猜测这是修士从金苹果的幻象中得出的结论。穿过人群，艾吉奥来到传道士面前，询问修士的下落，但那个疯子只是不停岔开话题，让艾吉奥等待他的联络。
终于在1494年，那个传道士约艾吉奥在码头见面，他认为艾吉奥的诚信经受住了时间的考验，于是决定让他见到萨佛那罗拉。但洛伦佐的儿子皮耶罗突然出现在人群中，他大声宣告此时疯修士已经依靠神器掌控了佛罗伦萨，百姓生活在水深火热当中。可那些疯狂的信徒对他发起了攻击，为了保护他，艾吉奥击退了众人，并在皮耶罗的帮助下杀死传道者。皮耶罗邀请艾吉奥前往总督宫议事，但遭到了拒绝。
1497年，艾吉奥重返佛罗伦萨。在奥特拉诺区，艾吉奥见到了等候多时的尼科洛。现在局势十分复杂，罗德里戈也知晓了金苹果在佛罗伦萨的消息，不时派士兵来进攻，刺客们潜伏在城内，试图唤醒被压迫的群众。奥迪托雷家的房产也被查封，但对艾吉奥而言，最糟糕的消息莫过于克里斯蒂娜的死讯。萨佛那罗拉之前派人洗劫了不愿支持他的家庭，曼弗雷德的家也是其中之一，疯狂的宗教疯子们杀害了所有人。强忍着悲痛，艾吉奥提出先刺杀萨佛那罗拉的手下，再煽动群众暴乱，以此推翻其统治。于是尼科洛前去找葆拉等人协助，解放佛罗伦萨各区的工作则落在了艾吉奥肩上。
被蒙蔽的艺术家主持烧毁和艺术相关的一切；疯狂的传道士宣扬着末日的预言；贪婪的守卫阻止市民过桥前往城市的其他区域；被收买的商人限制了食品贸易；积怨已久的农夫命手下加强对粮食的看守；卖弄聪明的警卫队长设下陷阱干掉那些敢反抗的人；选择臣服的贵族跑去通风报信；陷入恍惚的神父站在教堂顶上念念有词；连医生也宣扬萨佛那罗拉能带来救赎。
艾吉奥将这些走狗一一解决后，尼科洛、葆拉还有“狐狸”将他叫到了碧提宫前，萨佛那罗拉正在那里向民众演说。就在这个疯狂修士试图对大众使用金苹果时，刺客们掷出的飞刀击中了他的手腕，神器掉落在地。愤怒的百姓一拥而上，将萨佛那罗拉带走。一名士兵试图趁机拿走金苹果，却被艾吉奥发现，及时阻止了他的行动。
取回神器的艾吉奥在领主宫前的广场见到了伙伴们，萨佛那罗拉被送上了火刑柱，在他被活活烧死之前，艾吉奥接着旁边的平台飞跃而上，一袖剑划开其喉咙。
尘埃落定，站在一切开始的地方，艾吉奥回顾了自己这二十多年来的生活。台下人的目光聚焦在他身上，背后的烈火熊熊燃烧，艾吉奥大声宣告，呼吁每个人去追求自己的人生，去定义自己的“自由”。语毕，他轻轻跃下，人群随着他的脚步向两边分开，艾吉奥走向自己的兄弟伙伴们，消失在人民的视野中。
圣所
保存好金苹果之后，刺客们开始搜集剩余的手稿，这是一项艰难的事业。两年当中，他们几乎去过意大利的每座城邦，和圣殿骑士更是战斗了不知多少次。
当一切工作结束，刺客们聚集在马里奥的书房，手稿中的秘密终于被破解，大家看到了一副完整的世界地图，其上预见了尚未被人民们所知的土地。至于“宝库”就在罗马，打开宝库则需要两件神器——伊甸苹果、教皇权杖。
1499年，艾吉奥来到罗马，他的目标是在梵蒂冈杀死现任教皇罗德里戈·波吉亚。在潜入西斯廷礼拜堂后，艾吉奥看到了正在众人面前主持礼拜的罗德里戈，他从高处一跃而下，带着袖剑的闪光。
凭借着教皇权杖的力量，罗德里戈侥幸活命。在权杖的影响下，台下的众人纷纷倒地，但艾吉奥凭借金苹果抵抗住了，罗德里戈叫他交出苹果，艾吉奥回应以咒骂。依靠金苹果，艾吉奥制造了四道分身将罗德里戈包围，罗德里戈则挥舞着权杖同艾吉奥“们”战作一团。这个七十多岁的老者渐渐体力不支，跪倒在地。
罗德里戈用尽全力将权杖砸在地上，释放出的能量将艾吉奥击倒，金苹果也被他夺走。他将艾吉奥举到半空，一剑刺入其腹部，然后大步离去。
一段时间后，艾吉奥和其他人渐渐从权杖的影响下恢复。他忍着疼痛，在鹰眼视觉的帮助下启动了墙壁上隐藏的开关，一道暗门打开，艾吉奥进入地下，来到了一处圆形大厅。大厅的中央是一个圆形凹陷，罗德里戈真在当中对着墙壁喃喃自语，他无法找出打开“宝库”的办法。艾吉奥来到他身后，这一次，没有神器，甚至没有武器，一场纯粹的肉搏战就此展开。
在打斗过程中，罗德里戈透露了“宝库”内的内容物，也就是他所谓的神，这个疯狂的家伙相信用那两件神器可以降服“神灵”，从而获得无穷的力量。他当上教皇只是为了这个，那些神话传说在罗德里戈眼中统统都是废话，他将创造一个由圣殿骑士统治的新世界。
最后，凭借着出色的格斗技巧，艾吉奥将罗德里戈打倒在地，这个野心家终于无法再爬起，倒在地上奄奄一息。艾吉奥试图拔出插在大厅中心的权杖——罗德里戈早已把它和苹果合二为一——在他碰到那神器的瞬间，一道光束射出，先前那道纹丝不动的大门缓缓开启。
艾吉奥走入门内，身旁的石柱随着他的前进被点亮，在通道的尽头，一道身影浮现。那是个女性的投影，她自称米涅瓦，四周墙壁上刻画的另外两个人物则是朱诺和朱庇特。他们不是神灵，而是先于人类行走在世间的种族。她所说的一切令艾吉奥迷惑，但米涅瓦似乎是通过他在和其他人对话。
在米涅瓦的叙述中，她所属的伊述族创造了人类，却在之后遭到人类的背叛。人类凭借人数的优势同强大的伊述人开战，但他们都忽略了来自天空之外的威胁。一切在烈火中焚尽，两族都只残余了少数幸存者，世界逐渐重建。时间消磨了一切，伊述族逐渐成为神话中的角色，米涅瓦在这间“宝库”留下了她最后的话语：她所对话的对象——戴斯蒙，需要找到其他伊述族建立的圣所，这可以使人类在第二次烈焰之灾中活下来，时间十分紧迫。
米涅瓦的留言和四周浮现的种种影像令艾吉奥无比困惑，但他的问题没能得到回答，那道身影就像先前突然出现一样突然消失。
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