這一代發生在第一代十年後（其實生化1和生化2才能算生化奇兵，無限已經是新故事了），你是大老爹實驗體德爾塔，你的女兒艾蓮娜帶著你去一個聚會吸取亞當物質，但是你被人用質體控制了，一個叫做蘭姆的女人讓你摘下了頭盔，用槍指向自己的頭，在艾蓮娜的尖叫聲中，你失去了意識……
劇情：
你被複活室復活了，但時間已經過去了十年，你跌跌撞撞的在銷魂城裡走著，泰姆巴恩（一代裡面拯救小阿妹的神秘女士）突然給你發來無線電，她說發現地面上很多女孩子被拐來銷魂城，被改造成小阿妹，請你立刻去找她。
然後你一路用鑽頭和鉚釘槍開路，一路瞭解銷魂城現在的狀況。
原來這裡的戰爭依然在繼續，那個叫蘭姆的女人成立了一個教派，掠奪了陸地上的小女孩，製造小阿妹，準備統一銷魂城。
當你準備和泰姆巴恩碰頭的時候，蘭姆發現了你，她派一堆縫合者準備殺掉你。
但是你逃掉了，你的眼前開始出現你女兒的幻覺，她通過幻覺向你傳遞想念，給予你幫助，並且想要讓你拯救她。
你決定找到你的女兒，而泰姆巴恩決定拯救小阿妹你們決定聯手打敗蘭姆，並拯救你的女兒艾蓮娜。
作為有獨立意識的大老爹，你可以更換武器使用質體，你決定讓其他的小阿妹幫你獲取亞當物質。
你打敗了其他的大老爹，讓小阿妹幫你幹活，最後，你拯救/殺死了她們。（在你不知道的地方，你的女兒也在看著你的選擇）
然而當你接觸過太多的小阿妹後，大姐姐就會來找你，與你戰鬥。
你打敗了大姐姐，但泰姆巴恩准備先離開銷魂城前往地面，她要去拯救其他的小女孩。並且給你介紹了一個叫做“辛克萊”的男人。
辛克萊推薦你用火車前往蘭姆藏身的地方，你的女兒也在那裡。
但是火車道路被冰封了，你需要找到“焚化”質體在這中間你又解決了幾個大老爹，搶到了小阿妹，而且擊敗了大姐姐
辛克萊和你坐上了火車，你用焚化解凍了道路，你們繼續前進。
這一路上，你們遇到了無數次危險，火車道路被蘭姆炸斷了，安全系統被蘭姆鎖定了，還有三個你的敵人需要你來決定他們的命運，最後你選擇殺死/釋放（尊重）了他們。
終於，你來到了你女兒艾蓮娜面前。
她已經長大了，同時你也知道，她是蘭姆計劃的核心，蘭姆準備讓艾蓮娜吸收所有人的意識，成為意識的聚合體，讓所有人獲得公平的救贖。
但你知道有一個試圖這樣做的人變成了怪物，你絕不允許艾蓮娜遭遇同樣的問題。
你朝熟睡的艾蓮娜走過去，但這卻是一個陷阱。
蘭姆出現了，告訴你即使你死了十年，艾蓮娜依然想著你（畫面是艾蓮娜從復活室將你復活），向你學習（畫面是你對三個敵人的選擇）。她痛斥你毀了艾蓮娜，並且用枕頭捂住了熟睡的艾蓮娜。
隨著艾蓮娜的掙扎越來越少，你也感覺自己的意識越來越模糊，大老爹和小阿妹是有精神鏈接的，艾蓮娜死了，你也得死……
但是你還是醒來了，醒來後就聽到了艾蓮娜的聲音，原來蘭姆只是停止了艾蓮娜的心跳後，就救活了她，然而蘭姆不知道艾蓮娜可以控制小妹妹。
你十年後仍然能復活，就是艾蓮娜改變了復活室的基因密碼，讓它和你的基因能夠對應，然後讓小阿妹把你拉進復活室，復活了你。
她讓一個小妹妹用針管抽取了你的記憶，通過這樣，你就可以控制這個小阿妹了。
你控制小阿妹關閉了籠子（小阿妹眼裡的世界特別漂亮，不遜色於無限，也許銷魂城原來就是這樣的吧，而且小阿妹眼裡，有亞當物質的人，真的是一個天使一樣安詳的躺在地上。），而且把一套大姐姐戰鬥服拿給了你的女兒艾蓮娜，艾蓮娜拯救/殺死了你控制的這個小妹妹（艾蓮娜會向你學習，你平時拯救了小阿妹，她就會拯救，你殺死了小阿妹，她就會殺死）。
你的意識迴歸了，你的女兒穿著一身大姐姐戰鬥服跟隨著你，你可以隨時召喚她來戰鬥。
蘭姆發現你們逃脫後陷入了絕望，決定摧毀整個銷魂城，拉著所有人一起死亡。
艾蓮娜告訴你要找到辛克萊，一起坐他的潛水倉回到地面，然而辛克萊卻被蘭姆控制了，穿上了戰鬥服和你戰鬥。最後，你殺了他（他好慘），拿到了他的身份卡。
但是蘭姆毀掉了潛水球發射器，艾蓮娜決定和小阿妹們蒸發
海水。海水沸騰了，你們距離逃脫只剩下最後一步。
但拐過最後一個轉角時候，發現你們面前擺滿了即將爆炸的炸藥。
“轟”的一聲，你失去了意識…
終了：
你的眼前模糊了，你受到了不可逆轉的傷害。
然而你是大老爹，你仍然奮力的抓住了潛水球外部的欄杆，跟著潛水球一起衝上海面。
蘭姆也在潛水球裡，爆炸讓潛水球灌滿了水。
而你看到艾蓮娜也在潛水球裡，她在爆炸的最後一刻用質體傳送到了潛水球裡。
艾蓮娜拽住蘭姆的腳，殺死了她/給她戴上了呼吸機（這是看你對之前三個敵人的選擇，你殺了她們，你的女兒就會復仇，你釋放了她們，你的女兒就學會了救贖）你們一起衝上了海面。
壞結局——
（和第一代一樣，沒有拯救所有小阿妹，就是bed end，二代六個結局，三個殺蘭姆，三個不殺，就一個是真好結局）
艾蓮娜把注射針扎進了你破損不堪的身體，抽出了你的神志，在狂風暴雨中，她遙望遠方，海面上，無數的屍體正在浮起。
救贖結局——
當艾蓮娜準備抽出你的神志的時候，你用最後的力氣揮手打斷了她，你選擇沉入大海，迎來自己的死亡。
好結局——
艾蓮娜輕輕放好你的手，把注射針刺進了你的身體，她將帶走你的記憶，你的神志，你將永遠和她在一起，遠方的落日把最後的餘暉鋪酒在水面上，你拯救的孩子們把一個大老爹的玩偶送給了你，你笑了笑，把它投入了海里大老爹犧牲的那麼美好。
艾蓮娜說：“媽媽一直想創造一個烏托邦世界，因為她相信這個世界是無藥可救的，但是她錯了…父親，我們就是烏托邦，你和我。愛不過是一種化學物質，是我們，賦予了其意義。”
昨天發佈了生化奇兵1的鑑賞測評，傳送門：
生化奇兵1：跌向慾望深淵的精英主義