这一代发生在第一代十年后（其实生化1和生化2才能算生化奇兵，无限已经是新故事了），你是大老爹实验体德尔塔，你的女儿艾莲娜带着你去一个聚会吸取亚当物质，但是你被人用质体控制了，一个叫做兰姆的女人让你摘下了头盔，用枪指向自己的头，在艾莲娜的尖叫声中，你失去了意识……
剧情：
你被复活室复活了，但时间已经过去了十年，你跌跌撞撞的在销魂城里走着，泰姆巴恩（一代里面拯救小阿妹的神秘女士）突然给你发来无线电，她说发现地面上很多女孩子被拐来销魂城，被改造成小阿妹，请你立刻去找她。
然后你一路用钻头和铆钉枪开路，一路了解销魂城现在的状况。
原来这里的战争依然在继续，那个叫兰姆的女人成立了一个教派，掠夺了陆地上的小女孩，制造小阿妹，准备统一销魂城。
当你准备和泰姆巴恩碰头的时候，兰姆发现了你，她派一堆缝合者准备杀掉你。
但是你逃掉了，你的眼前开始出现你女儿的幻觉，她通过幻觉向你传递想念，给予你帮助，并且想要让你拯救她。
你决定找到你的女儿，而泰姆巴恩决定拯救小阿妹你们决定联手打败兰姆，并拯救你的女儿艾莲娜。
作为有独立意识的大老爹，你可以更换武器使用质体，你决定让其他的小阿妹帮你获取亚当物质。
你打败了其他的大老爹，让小阿妹帮你干活，最后，你拯救/杀死了她们。（在你不知道的地方，你的女儿也在看着你的选择）
然而当你接触过太多的小阿妹后，大姐姐就会来找你，与你战斗。
你打败了大姐姐，但泰姆巴恩准备先离开销魂城前往地面，她要去拯救其他的小女孩。并且给你介绍了一个叫做“辛克莱”的男人。
辛克莱推荐你用火车前往兰姆藏身的地方，你的女儿也在那里。
但是火车道路被冰封了，你需要找到“焚化”质体在这中间你又解决了几个大老爹，抢到了小阿妹，而且击败了大姐姐
辛克莱和你坐上了火车，你用焚化解冻了道路，你们继续前进。
这一路上，你们遇到了无数次危险，火车道路被兰姆炸断了，安全系统被兰姆锁定了，还有三个你的敌人需要你来决定他们的命运，最后你选择杀死/释放（尊重）了他们。
终于，你来到了你女儿艾莲娜面前。
她已经长大了，同时你也知道，她是兰姆计划的核心，兰姆准备让艾莲娜吸收所有人的意识，成为意识的聚合体，让所有人获得公平的救赎。
但你知道有一个试图这样做的人变成了怪物，你绝不允许艾莲娜遭遇同样的问题。
你朝熟睡的艾莲娜走过去，但这却是一个陷阱。
兰姆出现了，告诉你即使你死了十年，艾莲娜依然想着你（画面是艾莲娜从复活室将你复活），向你学习（画面是你对三个敌人的选择）。她痛斥你毁了艾莲娜，并且用枕头捂住了熟睡的艾莲娜。
随着艾莲娜的挣扎越来越少，你也感觉自己的意识越来越模糊，大老爹和小阿妹是有精神链接的，艾莲娜死了，你也得死……
但是你还是醒来了，醒来后就听到了艾莲娜的声音，原来兰姆只是停止了艾莲娜的心跳后，就救活了她，然而兰姆不知道艾莲娜可以控制小妹妹。
你十年后仍然能复活，就是艾莲娜改变了复活室的基因密码，让它和你的基因能够对应，然后让小阿妹把你拉进复活室，复活了你。
她让一个小妹妹用针管抽取了你的记忆，通过这样，你就可以控制这个小阿妹了。
你控制小阿妹关闭了笼子（小阿妹眼里的世界特别漂亮，不逊色于无限，也许销魂城原来就是这样的吧，而且小阿妹眼里，有亚当物质的人，真的是一个天使一样安详的躺在地上。），而且把一套大姐姐战斗服拿给了你的女儿艾莲娜，艾莲娜拯救/杀死了你控制的这个小妹妹（艾莲娜会向你学习，你平时拯救了小阿妹，她就会拯救，你杀死了小阿妹，她就会杀死）。
你的意识回归了，你的女儿穿着一身大姐姐战斗服跟随着你，你可以随时召唤她来战斗。
兰姆发现你们逃脱后陷入了绝望，决定摧毁整个销魂城，拉着所有人一起死亡。
艾莲娜告诉你要找到辛克莱，一起坐他的潜水仓回到地面，然而辛克莱却被兰姆控制了，穿上了战斗服和你战斗。最后，你杀了他（他好惨），拿到了他的身份卡。
但是兰姆毁掉了潜水球发射器，艾莲娜決定和小阿妹们蒸发
海水。海水沸腾了，你们距离逃脱只剩下最后一步。
但拐过最后一个转角时候，发现你们面前摆满了即将爆炸的炸药。
“轰”的一声，你失去了意识…
终了：
你的眼前模糊了，你受到了不可逆转的伤害。
然而你是大老爹，你仍然奋力的抓住了潜水球外部的栏杆，跟着潜水球一起冲上海面。
兰姆也在潜水球里，爆炸让潜水球灌满了水。
而你看到艾莲娜也在潜水球里，她在爆炸的最后一刻用质体传送到了潜水球里。
艾莲娜拽住兰姆的脚，杀死了她/给她戴上了呼吸机（这是看你对之前三个敌人的选择，你杀了她们，你的女儿就会复仇，你释放了她们，你的女儿就学会了救赎）你们一起冲上了海面。
坏结局——
（和第一代一样，没有拯救所有小阿妹，就是bed end，二代六个结局，三个杀兰姆，三个不杀，就一个是真好结局）
艾莲娜把注射针扎进了你破损不堪的身体，抽出了你的神志，在狂风暴雨中，她遥望远方，海面上，无数的尸体正在浮起。
救赎结局——
当艾莲娜准备抽出你的神志的时候，你用最后的力气挥手打断了她，你选择沉入大海，迎来自己的死亡。
好结局——
艾莲娜轻轻放好你的手，把注射针刺进了你的身体，她将带走你的记忆，你的神志，你将永远和她在一起，远方的落日把最后的余晖铺酒在水面上，你拯救的孩子们把一个大老爹的玩偶送给了你，你笑了笑，把它投入了海里大老爹牺牲的那么美好。
艾莲娜说：“妈妈一直想创造一个乌托邦世界，因为她相信这个世界是无药可救的，但是她错了…父亲，我们就是乌托邦，你和我。爱不过是一种化学物质，是我们，赋予了其意义。”
昨天发布了生化奇兵1的鉴赏测评，传送门：
生化奇兵1：跌向欲望深渊的精英主义