消失的達·芬奇
1506年，返回羅馬的艾吉奧找到達·芬奇，他想從羅馬僱船離開。最近這個全才在進行對畢達哥拉斯學派的研究，他發現這個學派的一些記載和金蘋果有關。達·芬奇答應幫艾吉奧聯繫船隻，不過艾吉奧得先幫他找到薩萊照看工作室。
薩萊此時正在盜賊公會賭錢，在他玩的正開心時，艾吉奧叫住他。但薩萊此時賭上了頭，開始出言嘲諷。艾吉奧沒有給他說話的機會，別無選擇的薩萊只好離開賭局，但那些操盤之人並不想放他們走。艾吉奧發現了這幾個跟屁蟲，他提醒薩萊不要打草驚蛇，但薩萊完全不停他的，回身警告那幾個人。於是，對方掏出武器，艾吉奧幹掉了他們，他高超的武藝使得薩萊識破了他的身份。在回工作室的路上，這群帶著兜帽的神秘人多次出現，艾吉奧明白，他們是衝著金蘋果來的。
薩萊提出帶艾吉奧走小路回去，途中他表明達·芬奇在尋找羅馬的一處地下墓穴中畢達哥拉斯的遺蹟，埃及奧擔心朋友將這個發現說漏嘴。當兩人回到工作室，卻發現那裡一片狼藉，達·芬奇也不見了。艾吉奧認為那群兜帽人將達·芬奇帶去了墓穴。薩萊提醒艾吉奧，波吉亞從蒙特裡久尼搶走的達·芬奇畫作中可能有墓穴位置的線索，而畫現在在盧奎西亞手中。
於是艾吉奧潛入了盧奎西亞在城外的宮殿。如今的盧奎西亞已是公爵夫人，最近這個神經質的女人總是擔心被人襲擊，於是她下令加強了守衛。這並沒有給艾吉奧的潛行造成太大的麻煩，他來到盧奎西亞身邊向對方表明來意。但盧奎西亞一口咬定畫作已經不在，這個可憐的女人提出和艾吉奧互相慰藉。在兩人纏綿之時，盧奎西亞說出了畫作的去向，並把她手中僅剩的一副交給了艾吉奧。本以為艾吉奧能給她想要的，但這個狠心的傢伙把她綁在柱子上轉身離開。
隨後一段時間內，艾吉奧陸續找回剩下幾副畫作。在這過程中，當年背叛克勞迪婭的杜丘再次出現在艾吉奧面前，他自然為自己的出言不遜付出了代價。
在薩萊的幫助下，艾吉奧從畫作中找出了隱藏的信息，那是一張指向墓穴入口的地圖。進入墓穴後，達·芬奇的慘叫為艾吉奧指引了方向。看到刺客到來，兜帽人的首領讓他勸說達·芬奇交出畢達哥拉斯的秘寶，以此“啟發”眾人，艾吉奧自然不會答應。當手下全部被殺死，這個無能的首領下跪求饒，死前，他依舊執迷不悟。
但獲救的達·芬奇拒絕離開，他請求艾吉奧毀掉畢達哥拉斯留下的記錄，以防後人發現。在墓穴最深處，兩人進入了另一座伊述遺址，那裡沒有什麼畢達哥拉斯的符號，只有一些毫無意義的數字，但艾吉奧知道，這些數字是留給其他人看的。隨後達·芬奇兌現承諾，幫艾吉奧找到了船隻。艾吉奧再次孤身一人踏上了穿越西班牙的長途跋涉。
1507年3月，他在納瓦拉戰場上找到了宿敵切薩雷。連天炮火中，切薩雷被艾吉奧在維亞納城堡擊敗。這個瘋狂的傢伙高叫著自己不會被凡人擊敗，艾吉奧冷漠回應，讓一切交給命運決定。隨後，他將切薩雷從百米高的城牆上丟下，多年來的宿怨就此畫上句號。
同年仲夏節，艾吉奧、尼科洛和達·芬奇重聚在臺伯島，昔日簡陋的基地如今已是一座高大的建築。在艾吉奧48歲的生日宴會上，刺客們正式向達·芬奇發出邀請，希望他成為兄弟會的一員。不過達·芬奇拒絕了，他更希望做一個隱士。聚會結束，達·芬奇將取道米蘭前往法國安度晚年；尼科洛則要返回佛羅倫薩完成他的工作，當然，那本傳記他也準備開始寫作；至於艾吉奧，他會留在羅馬。三人莊重地擁抱，就此告別。
遙遠的旅行
在儒略二世的支持下，兄弟會逐漸擴大，聖殿騎士團則銷聲匿跡。艾吉奧把兄弟會的日常事務交給克勞迪婭打理，而他本人開始忙於修復波吉亞給組織造成的損失。
1509年的一天，艾吉奧從馬里奧的遺物中發現了一封來自喬瓦尼的信件。信裡提到了馬斯亞夫，還有阿泰爾建立的地下圖書館。信件還附上了一張阿泰爾的筆記，其中的內容令艾吉奧感到心潮澎湃。雖然年紀增長，但行動力依舊不減。他拜訪了巴託洛米奧、尼科洛等人，告知了他們自己的決定。在得到朋友們的支持後，1510年，51歲的艾吉奧離開羅馬，踏上了屬於他的朝聖之旅。
從巴里出發，途徑科孚島。在海上他同海盜作戰，俘虜了海盜頭目阿爾·薩拉博，又因風暴在雅典停留了一段時日。再次啟程，船隻遭遇肆虐的狂風被迫進行休整，花了整整三個月才抵達塞浦路斯的拉納卡港，可威尼斯駐塞浦路斯的統治機構想方設法阻撓其離開。這段時間內，艾吉奧探索了整座島嶼，還曾一窺當年的聖殿騎士檔案館。最後只能自己想辦法弄到一艘小船，以繼續他的旅程。
但在偷船的過程中，艾吉奧遭到襲擊，導致他被守夜人發現，一時間引發了騷亂。在和襲擊者合作擊退士兵後，艾吉奧突然遭到背刺失去意識。醒來時，他發現自己已經躺在了一艘前往阿卡的小船上，船主人，也就是那名襲擊者，正是前不久被他抓獲的海盜頭目阿爾。
先前的戰鬥使得兩人熟絡起來，在阿爾的幫助下艾吉奧在1510年11月順利到達阿卡，修養一陣之後，他便馬不停蹄前往下一個目的地。阿爾提出派人護送艾吉奧，可艾吉奧拒絕了對方的好意，不過他還是收下了阿爾送來的裝備。
一路向北，艾吉奧目睹了種種慘劇。這片飽經風霜的土地上到處都是土匪和僱傭兵，械鬥無時無刻不在上演。寒冬也成了艾吉奧前進的阻礙，隨著他的深入，兩匹馬先後凍死，徹底獨行的艾吉奧經歷了種種險阻，終於在1511年3月抵達馬斯亞夫。
昔日的聖地
到處是殘垣斷壁，艾吉奧檢查好武器，向著堡壘靠近。突然，風中傳來一絲不和諧的聲音，艾吉奧迅速拔劍但是慢了一步。一枚弩箭深深插進他的肩頭，他努力向上看去，一個隊長打扮的光頭正站在山巒之上。
艾吉奧吃力地將箭頭拔出，好在護甲夠厚，只是傷到了表皮。但真正的麻煩才剛剛到來，隨著光頭一聲令下，一大群士兵從四周出現，他們是聖殿騎士。數百人將他團團包圍，但艾吉奧威名在外，這些人一時也不敢上前。艾吉奧等待著，打量著，瞅準機會他迅速拔出袖中短劍，閃過對方的攻擊，將劍刃刺進那名士兵的胸膛。
戰鬥開始了，艾吉奧在人群當中閃轉騰挪，對方手中的武器都可以為他所用，血花飛濺，屍體倒地……敵人就像潮水一般湧向艾吉奧，可這個年過半百之人依舊遊刃有餘。擋拆，閃躲，突襲，泛著銀光的袖劍逐漸染紅，顏色每深一分就代表著被它奪取的生命多了一條。可是一瞬間，就那麼一瞬間，艾吉奧的目光看向士兵們身後，那裡有一道人影一閃而過。
同樣的刺客打扮，那個身穿白衣的年輕人從人群的空隙間輕巧穿梭，艾吉奧愣住了，他的眼中只有那白衣的身影，眨眼間，影像又消失不見。一柄重劍突然砸下，艾吉奧條件反射般抬手抵擋，“碰”的一聲之後，左腕的袖劍斷裂，沉重的一擊將刺客打倒在地，再也無法爬起。
士兵們一擁而上，那個光頭緩步走來，他掀開艾吉奧的兜帽確認身份。接著，這個隊長在放肆的笑聲中下令，讓手下將艾吉奧關進堡壘內的監獄。
太陽西沉，窗外蒼鷹翱翔，可艾吉奧無法擁有那種自由了。他低著頭，腦中不斷回想著被帶入堡壘時所走的路線，自己還活著，那就還有希望。不知為何，他又一次想起那個身穿白衣的男子。
第二天的黎明，處刑之時。裝出一副虛弱樣子的艾吉奧任憑士兵將他帶到了一處露臺，那個隊長正手持絞索等待著。看到艾吉奧到來，他示意手下人讓開，嘴裡是無盡嘲諷的話語。艾吉奧的神經緊繃著，按照隊長的指示走上木製平臺。天空中，蒼鷹依舊高飛。
艾吉奧靜靜站立，餘光瞥見了旁邊另一處平臺，白衣身影再次出現，逐漸面向他，隨即消失。隊長拿著絞索一步步靠近，冰冷的繩索繞上脖頸，一隻手觸碰到艾吉奧的肩膀，下一秒，他就將墜落懸崖。
就在這一刻，艾吉奧突然抬手向後擊打，光頭隊長措手不及。瞬間，艾吉奧回身彎腰，以迅雷不及掩耳之勢撿起落地的絞索，緊接著大踏步上前，在所有人都沒反應過來之前就把繩索死死纏在了隊長脖子上。再次轉身，他一躍而下。
隨著艾吉奧的下落，隊長向前栽倒，臉色隨著繩索的收緊逐漸變得鐵青。士兵們趕忙上前解救長官，終於趕在光頭被勒死前砍斷了繩結。艾吉奧趁此機會，奮力一蕩，成功讓自己落在了一座腳手架上。很快，這名老練的攀爬者就回到了城牆之上。
憑藉著先前記住的路線，艾吉奧找回自己的武器，一路來到要塞地下。一名工人正在士兵的監督下進行著挖掘工作。解救出這名工人後，對方告知他那隊長手中有一本記載了圖書館鑰匙線索的筆記。艾吉奧趕緊衝向要塞大門，趕在隊長乘馬車離開前追了上去。
一路上，艾吉奧搶過聖殿騎士駕駛的另一架馬車，和隊長展開了激烈的追逐。兩人駕駛的車輛在狹窄的山道上不斷撞擊。但艾吉奧沒能阻止對方，聖殿騎士扔出的炸彈將他的馬車掀翻。雖然身手重傷，但強大的意志支撐著艾吉奧繼續向前。他穿過山下的村莊，殺死沿途的敵人，終於成功出現在那隊長面前。
別無選擇的隊長交出了筆記——那是當年尼科洛·波羅在馬斯亞夫的日記，裡面記錄了阿泰爾的生平。他依舊難逃一死，在嚥氣之前，他告訴艾吉奧聖殿騎士已經得到了五把鑰匙之一，他們的目的是開啟地下圖書館，然後進入一個被稱之為“大神殿”的地方。
君士坦丁堡
拿到筆記後，艾吉奧從敘利亞乘船前往君士坦丁堡。途中他完整地閱讀了尼科洛·波羅的記錄，對當年那位刺客導師有了更充分的認識。在下船前，他和一個自稱學生的乘客攀談了幾句，不過隨著艾吉奧的目光被一名女子吸引，談話也就此中斷。
剛一上岸，艾吉奧就被人認出了。對方自稱尤瑟夫·塔齊爾，是當地刺客組織的一名刺客大師。在尤瑟夫的帶領下，艾吉奧參觀了君士坦丁堡，而他在馬斯亞夫的遭遇也傳到了這裡。尤瑟夫表示，聖殿騎士在奧斯曼帝國的勢力五年內迅速擴大，這段時間蘇丹不在，他們很可能會有所行動。
路過一條小巷時，提前埋伏好的聖殿騎士對兩人發動了襲擊。好在很快，奧斯曼士兵就趕來支援，兩名刺客得以抽身。尤瑟夫告訴艾吉奧，最近十幾年來，刺客的地位也有了顯著提升。很快，他們就抵達了當地的刺客總部。
尤瑟夫的領導力很強，他立刻下令肅清這個區域的敵人，還幫助艾吉奧更新了裝備。從尤瑟夫口中，艾吉奧得知了此地聖殿騎士的概況：這些人是已滅亡的拜占庭帝國殘餘，現在的首領仍然未知。隨後，他學習了當地刺客組織常用工具鉤刃的使用方法。
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