消失的达·芬奇
1506年，返回罗马的艾吉奥找到达·芬奇，他想从罗马雇船离开。最近这个全才在进行对毕达哥拉斯学派的研究，他发现这个学派的一些记载和金苹果有关。达·芬奇答应帮艾吉奥联系船只，不过艾吉奥得先帮他找到萨莱照看工作室。
萨莱此时正在盗贼公会赌钱，在他玩的正开心时，艾吉奥叫住他。但萨莱此时赌上了头，开始出言嘲讽。艾吉奥没有给他说话的机会，别无选择的萨莱只好离开赌局，但那些操盘之人并不想放他们走。艾吉奥发现了这几个跟屁虫，他提醒萨莱不要打草惊蛇，但萨莱完全不停他的，回身警告那几个人。于是，对方掏出武器，艾吉奥干掉了他们，他高超的武艺使得萨莱识破了他的身份。在回工作室的路上，这群带着兜帽的神秘人多次出现，艾吉奥明白，他们是冲着金苹果来的。
萨莱提出带艾吉奥走小路回去，途中他表明达·芬奇在寻找罗马的一处地下墓穴中毕达哥拉斯的遗迹，埃及奥担心朋友将这个发现说漏嘴。当两人回到工作室，却发现那里一片狼藉，达·芬奇也不见了。艾吉奥认为那群兜帽人将达·芬奇带去了墓穴。萨莱提醒艾吉奥，波吉亚从蒙特里久尼抢走的达·芬奇画作中可能有墓穴位置的线索，而画现在在卢奎西亚手中。
于是艾吉奥潜入了卢奎西亚在城外的宫殿。如今的卢奎西亚已是公爵夫人，最近这个神经质的女人总是担心被人袭击，于是她下令加强了守卫。这并没有给艾吉奥的潜行造成太大的麻烦，他来到卢奎西亚身边向对方表明来意。但卢奎西亚一口咬定画作已经不在，这个可怜的女人提出和艾吉奥互相慰藉。在两人缠绵之时，卢奎西亚说出了画作的去向，并把她手中仅剩的一副交给了艾吉奥。本以为艾吉奥能给她想要的，但这个狠心的家伙把她绑在柱子上转身离开。
随后一段时间内，艾吉奥陆续找回剩下几副画作。在这过程中，当年背叛克劳迪娅的杜丘再次出现在艾吉奥面前，他自然为自己的出言不逊付出了代价。
在萨莱的帮助下，艾吉奥从画作中找出了隐藏的信息，那是一张指向墓穴入口的地图。进入墓穴后，达·芬奇的惨叫为艾吉奥指引了方向。看到刺客到来，兜帽人的首领让他劝说达·芬奇交出毕达哥拉斯的秘宝，以此“启发”众人，艾吉奥自然不会答应。当手下全部被杀死，这个无能的首领下跪求饶，死前，他依旧执迷不悟。
但获救的达·芬奇拒绝离开，他请求艾吉奥毁掉毕达哥拉斯留下的记录，以防后人发现。在墓穴最深处，两人进入了另一座伊述遗址，那里没有什么毕达哥拉斯的符号，只有一些毫无意义的数字，但艾吉奥知道，这些数字是留给其他人看的。随后达·芬奇兑现承诺，帮艾吉奥找到了船只。艾吉奥再次孤身一人踏上了穿越西班牙的长途跋涉。
1507年3月，他在纳瓦拉战场上找到了宿敌切萨雷。连天炮火中，切萨雷被艾吉奥在维亚纳城堡击败。这个疯狂的家伙高叫着自己不会被凡人击败，艾吉奥冷漠回应，让一切交给命运决定。随后，他将切萨雷从百米高的城墙上丢下，多年来的宿怨就此画上句号。
同年仲夏节，艾吉奥、尼科洛和达·芬奇重聚在台伯岛，昔日简陋的基地如今已是一座高大的建筑。在艾吉奥48岁的生日宴会上，刺客们正式向达·芬奇发出邀请，希望他成为兄弟会的一员。不过达·芬奇拒绝了，他更希望做一个隐士。聚会结束，达·芬奇将取道米兰前往法国安度晚年；尼科洛则要返回佛罗伦萨完成他的工作，当然，那本传记他也准备开始写作；至于艾吉奥，他会留在罗马。三人庄重地拥抱，就此告别。
遥远的旅行
在儒略二世的支持下，兄弟会逐渐扩大，圣殿骑士团则销声匿迹。艾吉奥把兄弟会的日常事务交给克劳迪娅打理，而他本人开始忙于修复波吉亚给组织造成的损失。
1509年的一天，艾吉奥从马里奥的遗物中发现了一封来自乔瓦尼的信件。信里提到了马斯亚夫，还有阿泰尔建立的地下图书馆。信件还附上了一张阿泰尔的笔记，其中的内容令艾吉奥感到心潮澎湃。虽然年纪增长，但行动力依旧不减。他拜访了巴托洛米奥、尼科洛等人，告知了他们自己的决定。在得到朋友们的支持后，1510年，51岁的艾吉奥离开罗马，踏上了属于他的朝圣之旅。
从巴里出发，途径科孚岛。在海上他同海盗作战，俘虏了海盗头目阿尔·萨拉博，又因风暴在雅典停留了一段时日。再次启程，船只遭遇肆虐的狂风被迫进行休整，花了整整三个月才抵达塞浦路斯的拉纳卡港，可威尼斯驻塞浦路斯的统治机构想方设法阻挠其离开。这段时间内，艾吉奥探索了整座岛屿，还曾一窥当年的圣殿骑士档案馆。最后只能自己想办法弄到一艘小船，以继续他的旅程。
但在偷船的过程中，艾吉奥遭到袭击，导致他被守夜人发现，一时间引发了骚乱。在和袭击者合作击退士兵后，艾吉奥突然遭到背刺失去意识。醒来时，他发现自己已经躺在了一艘前往阿卡的小船上，船主人，也就是那名袭击者，正是前不久被他抓获的海盗头目阿尔。
先前的战斗使得两人熟络起来，在阿尔的帮助下艾吉奥在1510年11月顺利到达阿卡，修养一阵之后，他便马不停蹄前往下一个目的地。阿尔提出派人护送艾吉奥，可艾吉奥拒绝了对方的好意，不过他还是收下了阿尔送来的装备。
一路向北，艾吉奥目睹了种种惨剧。这片饱经风霜的土地上到处都是土匪和雇佣兵，械斗无时无刻不在上演。寒冬也成了艾吉奥前进的阻碍，随着他的深入，两匹马先后冻死，彻底独行的艾吉奥经历了种种险阻，终于在1511年3月抵达马斯亚夫。
昔日的圣地
到处是残垣断壁，艾吉奥检查好武器，向着堡垒靠近。突然，风中传来一丝不和谐的声音，艾吉奥迅速拔剑但是慢了一步。一枚弩箭深深插进他的肩头，他努力向上看去，一个队长打扮的光头正站在山峦之上。
艾吉奥吃力地将箭头拔出，好在护甲够厚，只是伤到了表皮。但真正的麻烦才刚刚到来，随着光头一声令下，一大群士兵从四周出现，他们是圣殿骑士。数百人将他团团包围，但艾吉奥威名在外，这些人一时也不敢上前。艾吉奥等待着，打量着，瞅准机会他迅速拔出袖中短剑，闪过对方的攻击，将剑刃刺进那名士兵的胸膛。
战斗开始了，艾吉奥在人群当中闪转腾挪，对方手中的武器都可以为他所用，血花飞溅，尸体倒地……敌人就像潮水一般涌向艾吉奥，可这个年过半百之人依旧游刃有余。挡拆，闪躲，突袭，泛着银光的袖剑逐渐染红，颜色每深一分就代表着被它夺取的生命多了一条。可是一瞬间，就那么一瞬间，艾吉奥的目光看向士兵们身后，那里有一道人影一闪而过。
同样的刺客打扮，那个身穿白衣的年轻人从人群的空隙间轻巧穿梭，艾吉奥愣住了，他的眼中只有那白衣的身影，眨眼间，影像又消失不见。一柄重剑突然砸下，艾吉奥条件反射般抬手抵挡，“碰”的一声之后，左腕的袖剑断裂，沉重的一击将刺客打倒在地，再也无法爬起。
士兵们一拥而上，那个光头缓步走来，他掀开艾吉奥的兜帽确认身份。接着，这个队长在放肆的笑声中下令，让手下将艾吉奥关进堡垒内的监狱。
太阳西沉，窗外苍鹰翱翔，可艾吉奥无法拥有那种自由了。他低着头，脑中不断回想着被带入堡垒时所走的路线，自己还活着，那就还有希望。不知为何，他又一次想起那个身穿白衣的男子。
第二天的黎明，处刑之时。装出一副虚弱样子的艾吉奥任凭士兵将他带到了一处露台，那个队长正手持绞索等待着。看到艾吉奥到来，他示意手下人让开，嘴里是无尽嘲讽的话语。艾吉奥的神经紧绷着，按照队长的指示走上木制平台。天空中，苍鹰依旧高飞。
艾吉奥静静站立，余光瞥见了旁边另一处平台，白衣身影再次出现，逐渐面向他，随即消失。队长拿着绞索一步步靠近，冰冷的绳索绕上脖颈，一只手触碰到艾吉奥的肩膀，下一秒，他就将坠落悬崖。
就在这一刻，艾吉奥突然抬手向后击打，光头队长措手不及。瞬间，艾吉奥回身弯腰，以迅雷不及掩耳之势捡起落地的绞索，紧接着大踏步上前，在所有人都没反应过来之前就把绳索死死缠在了队长脖子上。再次转身，他一跃而下。
随着艾吉奥的下落，队长向前栽倒，脸色随着绳索的收紧逐渐变得铁青。士兵们赶忙上前解救长官，终于赶在光头被勒死前砍断了绳结。艾吉奥趁此机会，奋力一荡，成功让自己落在了一座脚手架上。很快，这名老练的攀爬者就回到了城墙之上。
凭借着先前记住的路线，艾吉奥找回自己的武器，一路来到要塞地下。一名工人正在士兵的监督下进行着挖掘工作。解救出这名工人后，对方告知他那队长手中有一本记载了图书馆钥匙线索的笔记。艾吉奥赶紧冲向要塞大门，赶在队长乘马车离开前追了上去。
一路上，艾吉奥抢过圣殿骑士驾驶的另一架马车，和队长展开了激烈的追逐。两人驾驶的车辆在狭窄的山道上不断撞击。但艾吉奥没能阻止对方，圣殿骑士扔出的炸弹将他的马车掀翻。虽然身手重伤，但强大的意志支撑着艾吉奥继续向前。他穿过山下的村庄，杀死沿途的敌人，终于成功出现在那队长面前。
别无选择的队长交出了笔记——那是当年尼科洛·波罗在马斯亚夫的日记，里面记录了阿泰尔的生平。他依旧难逃一死，在咽气之前，他告诉艾吉奥圣殿骑士已经得到了五把钥匙之一，他们的目的是开启地下图书馆，然后进入一个被称之为“大神殿”的地方。
君士坦丁堡
拿到笔记后，艾吉奥从叙利亚乘船前往君士坦丁堡。途中他完整地阅读了尼科洛·波罗的记录，对当年那位刺客导师有了更充分的认识。在下船前，他和一个自称学生的乘客攀谈了几句，不过随着艾吉奥的目光被一名女子吸引，谈话也就此中断。
刚一上岸，艾吉奥就被人认出了。对方自称尤瑟夫·塔齐尔，是当地刺客组织的一名刺客大师。在尤瑟夫的带领下，艾吉奥参观了君士坦丁堡，而他在马斯亚夫的遭遇也传到了这里。尤瑟夫表示，圣殿骑士在奥斯曼帝国的势力五年内迅速扩大，这段时间苏丹不在，他们很可能会有所行动。
路过一条小巷时，提前埋伏好的圣殿骑士对两人发动了袭击。好在很快，奥斯曼士兵就赶来支援，两名刺客得以抽身。尤瑟夫告诉艾吉奥，最近十几年来，刺客的地位也有了显著提升。很快，他们就抵达了当地的刺客总部。
尤瑟夫的领导力很强，他立刻下令肃清这个区域的敌人，还帮助艾吉奥更新了装备。从尤瑟夫口中，艾吉奥得知了此地圣殿骑士的概况：这些人是已灭亡的拜占庭帝国残余，现在的首领仍然未知。随后，他学习了当地刺客组织常用工具钩刃的使用方法。
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