暗黑同調是出現在三代動漫裡面一種特殊的召喚方式。相較於正常的同調召喚，暗黑同調的不同點在於同調召喚的公式使用的減法。正常的同調召喚是調整怪獸的等級+非調整怪獸的等級。而暗黑同調則是非調整怪獸等級-暗黑調整怪獸的等級。動漫裡面的暗黑同調怪獸在實卡化之後都做出了調整，原本以為暗黑同調已經成為了棄案，但是隨著“北極天熊”這個系列的出現，減法作為同調公式的召喚法則再次出現了。
現在卡池裡面算的上是正規的暗黑同調怪獸的，就是在這隻【奧特瑪雅·卓爾金】和它的上級馬甲究極神。這張卡同調召喚的條件是需要用場上等級5以上的2只調整怪獸和非調整怪獸作為素材，這兩隻素材怪獸的等級要求相同，等級相同作減法之後等級為0，也正符合這張卡沒有等級的設定。而以減法作為召喚公式，正是暗黑同調召喚的一大特點。
這張【百目龍】則是動漫裡面真正暗黑同調怪獸的模樣，因為使用者鬼柳京介和主角團的恩怨，也使得這張卡成為了暗黑同調怪獸裡面最出名的一張。卡牌的邊框配色為灰色。等級是藍色的星星，且計數順序與超量怪獸一樣，是從左往右。在原作中的解釋是因為暗黑同調使用減法公式，所以這隻怪獸的等級為負數。但是遺憾的是所有的暗黑同調怪獸在實卡化之後，都變成了正常同調怪獸的樣子。
這張卡是實卡化之後的【百眼龍】。動漫裡面暗痣者使用的暗黑同調怪獸在實卡化之後，只是統一限定了召喚這些怪獸所要使用的調整怪獸為暗屬性調整，其次就是對調整以外的那隻素材怪獸的種族做出了限定。並且同調召喚使用正常的加法公式，而不是如動漫那樣使用減法公式。自然，等級也不再是負數。總的來說，已經完全看不出動漫裡面暗黑同調的樣子了。
直到“北極天熊”這個系列出現，減法同調才再次回到玩家的視線中。這張勾陳一的等級為1星，召喚條件為：等級差直到１為止從自己場上把調整１只和調整以外的怪獸１只送去墓地的場合才能特殊召喚。也就是使用了減法公式。“北極天熊”也是現在整個遊戲王卡池裡面唯一使用減法公式對同調怪獸進行召喚的系列。
但是“北極天熊”系列的同調怪獸雖然是有著白框的同調怪獸，然而對他們的召喚在規則上並不屬於是同調召喚。並且它們還在效果文本之外做了限定，自身不能被同調召喚。所以“北極天熊”系列的同調怪獸雖然是使用減法公式來從額外卡組進行特殊召喚，但是它們並不屬於是同調召喚，自然也就更加不屬於“暗黑同調”了。事到如今看起來，似乎K社是真的鐵了心將暗黑同調作為棄案了。