暗黑同调是出现在三代动漫里面一种特殊的召唤方式。相较于正常的同调召唤，暗黑同调的不同点在于同调召唤的公式使用的减法。正常的同调召唤是调整怪兽的等级+非调整怪兽的等级。而暗黑同调则是非调整怪兽等级-暗黑调整怪兽的等级。动漫里面的暗黑同调怪兽在实卡化之后都做出了调整，原本以为暗黑同调已经成为了弃案，但是随着“北极天熊”这个系列的出现，减法作为同调公式的召唤法则再次出现了。
现在卡池里面算的上是正规的暗黑同调怪兽的，就是在这只【奥特玛雅·卓尔金】和它的上级马甲究极神。这张卡同调召唤的条件是需要用场上等级5以上的2只调整怪兽和非调整怪兽作为素材，这两只素材怪兽的等级要求相同，等级相同作减法之后等级为0，也正符合这张卡没有等级的设定。而以减法作为召唤公式，正是暗黑同调召唤的一大特点。
这张【百目龙】则是动漫里面真正暗黑同调怪兽的模样，因为使用者鬼柳京介和主角团的恩怨，也使得这张卡成为了暗黑同调怪兽里面最出名的一张。卡牌的边框配色为灰色。等级是蓝色的星星，且计数顺序与超量怪兽一样，是从左往右。在原作中的解释是因为暗黑同调使用减法公式，所以这只怪兽的等级为负数。但是遗憾的是所有的暗黑同调怪兽在实卡化之后，都变成了正常同调怪兽的样子。
这张卡是实卡化之后的【百眼龙】。动漫里面暗痣者使用的暗黑同调怪兽在实卡化之后，只是统一限定了召唤这些怪兽所要使用的调整怪兽为暗属性调整，其次就是对调整以外的那只素材怪兽的种族做出了限定。并且同调召唤使用正常的加法公式，而不是如动漫那样使用减法公式。自然，等级也不再是负数。总的来说，已经完全看不出动漫里面暗黑同调的样子了。
直到“北极天熊”这个系列出现，减法同调才再次回到玩家的视线中。这张勾陈一的等级为1星，召唤条件为：等级差直到１为止从自己场上把调整１只和调整以外的怪兽１只送去墓地的场合才能特殊召唤。也就是使用了减法公式。“北极天熊”也是现在整个游戏王卡池里面唯一使用减法公式对同调怪兽进行召唤的系列。
但是“北极天熊”系列的同调怪兽虽然是有着白框的同调怪兽，然而对他们的召唤在规则上并不属于是同调召唤。并且它们还在效果文本之外做了限定，自身不能被同调召唤。所以“北极天熊”系列的同调怪兽虽然是使用减法公式来从额外卡组进行特殊召唤，但是它们并不属于是同调召唤，自然也就更加不属于“暗黑同调”了。事到如今看起来，似乎K社是真的铁了心将暗黑同调作为弃案了。