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先不談吉爾和克里斯，讓我們回頭看一下還在山裡的活寶兄弟。
活寶兄弟
飛機殘骸中，昆特還在對著電腦屏幕一段輸出，奇斯則坐在旁邊隨著音樂抖動。屏幕出現加載的進度條，但突然就黑屏了，昆特一頓敲擊鍵盤但沒有反應，隨後竟然開始笑了起來。見到昆特在笑，奇斯也笑了起來。兩個活寶笑了一會後，奇斯問他在幹嘛，昆特說他什麼也沒有做。
是真的活寶
奇斯嘗試拆解電腦來判斷是哪裡出了問題，而拿著杯子剛要喝的昆特突然想起了什麼東西，丟下一句話就往機場方向跑去。二人很快就回到了之前的地方，駐紮在這裡的軍隊已經撤退了，昆特可以通過備份的鑰匙直接進去。昆特似乎對真相有所察覺，但他並不想太早說出，還需要進一步的線索確認。
二人再次進入
來到了房間更深處的地方，這裡有著一臺電腦。昆特兩眼放光，直接衝了上去，說這是貨真價實的MB-28型，使他早就想要的東西。在啟動發電機為電腦供電後，昆特開始分析電腦裡的數據，而奇斯則保護昆特不被四面八方襲來的怪物所打擾。
昆特顯得異常激動
當分析完畢後，昆特胸有成竹的說，要知道事情的真相，還需要問其本人。隨後他打開了通訊，接通的卻是BSAA負責人奧布萊恩。昆特說，灰獵犬根本沒有迴歸，這一切都是幌子，都是奧布萊恩親手策劃的。奧布萊恩顯得很高興，表示沒有白付給昆特薪水。
奧布萊恩是主謀？
昆特表示在這臺電腦上發現了些遺留的記錄，打算給奧布萊恩發送過去，但就在這時頭頂上傳來了飛機的轟鳴聲，電腦報錯，他們被FBC所檢測到了。奇斯想拉著昆特離開，但昆特卻熱血沸騰起來，快速著敲打著鍵盤發送情報。在傳輸開始加載的一刻，兩人頭頂的建築開始破碎，一陣強光閃過，隨後是一片死寂。
活寶兄弟的遺照（不是）
對講機另一頭的奧布萊恩嘗試呼喊，卻沒有得到任何回應。幾架飛機對機場進行了大範圍的轟炸，抹除掉了所有的證據。奧布萊恩摔開椅子表情沮喪，而他背後的進度條卻偷偷地動了起來。
進度條動了
昆特和奇斯被飛機轟炸下落不明，我們回到潔諾比亞女王號上。吉爾和克里斯進入了實驗室，裝有紅色病毒的巨大裝置就在他們面前。
病毒就在眼前
在走進控制裝置的過程中，可以發現一本灰獵犬成員的筆記。他們利用這艘船完成了對浮島的生化攻擊，卻在回程時也受到了病毒的感染，害人的人自食其果。控制裝置需要通行碼才能釋放中和病毒的中和劑，克里斯留在這裡研究操作，吉爾去搜尋樓下的房間。
二人分頭行動
實驗室裡有一個佈置有紅外線激光的走廊，利用“起源”的探測能力，吉爾順利進入了裡面，並獲得了一份FBC探員的日記。在浮島事件後，他們立刻封鎖了這艘船用於對T-深淵病毒的實驗，並且研發出了疫苗。灰獵犬只不過是棋子，是摩根·蘭斯提爾將病毒給了恐怖分子用於襲擊，又反手將他們所摧毀。摩根是真正的主謀，而這一切是為了擴大FBC的影響力。
摩根是主謀？
房間周圍都是被病毒所汙染的水，裡面似乎有著什麼生物，並在不斷攻擊著房間的玻璃。沒時間管這些，拿到了FBC探員身上的疫苗後，吉爾進入了更裡面的房間。在為自己注射疫苗後，吉爾下載了通行鑑別碼。突然一處玻璃破裂，帶有病毒的紅水湧進房間衝翻了吉爾，所幸疫苗有效，吉爾並沒有被感染。
姐姐你怎麼又被水淹了
吉爾回到控制裝置使用了通行碼，病毒開始中和，而屏幕的畫面上出現了摩根。摩根早就知道奧布萊恩和雷蒙德一直在追蹤調查他，但他沒有考慮到從浣熊市中活下來的STARS——克里斯和吉爾。為了殺人滅口，摩根釋放了大量的B.O.W，但都被一一消滅。病毒的中和也結束了。
摩根現身
扳倒保護傘的二人組並不是這麼容易解決的，摩根有些失望，但似乎這並不是他的底牌。他表示自己不會容許哪怕很小的問題，於是他要現身解決這最後的麻煩，而這個麻煩就是奧布萊恩和BSAA。
危機還未解除
他向二人展示，太陽神衛星還在瞄準著潔諾比亞女王號，看起來摩根依然穩操勝券。
似乎事件已經走向了窮途末路，BSAA得知了真相，但為時已晚。吉爾和克里斯，以及奧布萊恩會怎麼解決這個死局呢。欲知後事如何，且待下回分解。
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