叛亂
阿爾莫林死了，但是阿泰爾並不放心。他擔心那件神器——金蘋果可以將其復活，因此決定燒掉前導師的屍體。以阿巴斯為首的部分刺客對此十分不滿，認為阿泰爾準備奪取導師之位，並對他發動了襲擊。混亂中，阿巴斯偷走了金蘋果，悄悄離開。
拿到金蘋果的阿巴斯登上塔樓使用了這件神器，但他無法掌控，被趕來的阿泰爾打倒。在拿回金蘋果後，阿泰爾寬恕了所有參與叛亂之人，他將過去發生的一切以及自己對兄弟會的領導都開誠佈公，因此贏得了信任，成為了眾人認可的新首領。
再遇瑪利亞
成為導師後的阿泰爾投入了對金蘋果的研究中，他從中獲得了大量的知識並獲悉先行者的存在。很快阿泰爾意識到自己正放任敵人成長。於是在馬斯亞夫之變一個月後，阿泰爾將組織交由馬利克代管，自己則和傑貝爾等人一起突襲位於阿卡的聖殿騎士大本營。臨行前，阿泰爾再次注意到了阿巴斯嚴重愈發深刻的恨意。
阿卡的景象出人意料，這裡似乎空無一人。好不容易找到一支騎士小隊的阿泰爾意識到，自己已經來晚了，此時聖殿騎士已經開始了撤退，阿泰爾決定弄清對方的去向。
在要塞裡，阿泰爾發現了那個曾假扮羅伯特的女人，並且在偷聽對話時知道了她的名字——瑪利亞，他為這個女人的美貌折服。同時，他還聽到騎士們將在新團長阿爾芒的領導下退守塞浦路斯，至於瑪利亞則要留在阿卡。
當其他人離開後，阿泰爾試圖與瑪利亞對話，可對方直接發動了攻擊。打倒瑪利亞之後，他問出了騎士們正伺機奪回金蘋果，於是他挾持了瑪利亞，讓她帶路去塞浦路斯。
抵達利馬索爾
阿泰爾帶著瑪利亞抵達了塞浦路斯的利馬索，這裡有刺客組織的一名眼線亞歷山大，先一步抵達的聖殿騎士在當地頒佈了嚴苛的律令，當地人謀求反抗。阿泰爾一行跟著亞歷山大來到了安排好的藏身處，他向當地人解釋了現狀並詢問當地的騎士據點位置。亞歷山大說目標是城堡，他建議阿泰爾配合一名支持塞浦路斯反抗運動的騎士奧斯曼，幫助對方成為隊長以求暢行無阻。
完成任務後，阿泰爾與奧斯曼成功接頭，對方透露了兩個信息：當地有座聖殿騎士的檔案館，利馬索爾的騎士領導者叫弗雷德裡克。不久，依靠奧斯曼創造的機會，阿泰爾成功將目標刺殺。
但是返回後，阿泰爾發現藏身處遭到了襲擊，已經成為一片火海，包括瑪利亞在內的所有人都不見蹤影。調查過程中，阿泰爾在大教堂看到了被擒的瑪利亞，那位團長阿爾芒正在此地發表演說。阿泰爾看到阿爾芒殺死了奧斯曼，看到瑪利亞試圖揭發自己卻被阿爾芒視為叛徒。他從陰暗處現身，救下了瑪利亞。
瑪利亞依舊想殺死阿泰爾，但阿泰爾用神器作為威脅軟化了瑪利亞。兩人再次見到亞歷山大，得知阿爾芒前往了凱里尼亞，亞歷山大建議兩人去找一名叫帕夏的海盜。
與帕夏交談後，阿泰爾得知阿爾芒得到了另一件神器，為了得知更多消息他不得不和當地的海盜展開廝殺。此外，亞歷山大還提醒阿泰爾，在到達凱里尼亞後和當地的反抗組織線人巴納巴斯取得聯繫。
前往凱里尼亞
途中阿泰爾詢問了瑪利亞的過去：被迫結婚的瑪利亞不滿現狀，離家出走後裝成男人加入了十字軍。阿泰爾試圖向瑪利亞灌輸刺客的觀念但沒有成功，不過兩人的關係似乎近了一些。
到達目的地，阿泰爾剛剛解開瑪利亞手上的繩子就被兩名海盜發現，此時他倆已經成為聖殿騎士的通緝犯，海盜想抓住他們換賞金，混亂中瑪利亞逃走。追趕瑪利亞的過程中，阿泰爾結識了當地反抗組織成員馬科斯，後者願意幫阿泰爾看管瑪利亞。
在與巴納巴斯碰面後，阿泰爾獲知了阿爾芒的動向，對方承諾幫助阿泰爾，但阿泰爾要刺殺反抗組織中的叛徒約納斯作為回報。在刺殺過程中，阿泰爾瞭解到阿爾芒的手下“公牛”正在尋找他和瑪利亞。和瑪利亞重聚後，他分享了這一情報，也獲得了“公牛”的真實身份莫洛奇。為了規避風險，他再次和瑪利亞分開，要求馬科斯帶她去反抗組織的據點碰面。
巴納巴斯告訴阿泰爾，約納斯的死引發了騷亂，莫洛奇更有可能借題發揮，阿泰爾決定去看看。室外一片狼藉，士兵和群眾大打出手，這堅定了阿泰爾殺死“公牛”的心。
返回據點後，巴納巴斯不見蹤影，好在馬科斯帶著瑪利亞平安趕來。馬科斯告訴阿泰爾約納斯其實是個好人，原來不值得信任的是巴納巴斯。不過首先，阿泰爾要先殺死那個作亂的“公牛”。依靠瑪利亞透露的信息，阿泰爾潛入了莫洛奇所在的城堡並解決了對方。
尋找瑪利亞
在阿泰爾刺殺“公牛”的同時，聖殿騎士襲擊了反抗組織的據點並抓走了瑪利亞。趕回來的阿泰爾見到僥倖逃出的馬科斯，但有巴納巴斯作為先例，阿泰爾不敢再輕信對方。馬科斯認為是被抓的一名反抗者“黑暗聖女”透露了據點，阿泰爾則認為是巴納巴斯背叛了反抗組織。但馬科斯告訴他，真正的巴納巴斯實際上在他抵達的前一天就被殺死了。
馬科斯請求阿泰爾救出被抓的反抗組織成員，為了彌補自己的過失，阿泰爾答應了，但救出所有囚犯後，他沒有發現瑪利亞 ，詢問後得知瑪利亞被莫洛奇的兒子沙利姆帶走。
於是阿泰爾返回城堡，在城堡中心，他偷聽到阿爾芒和沙利姆的對話，得知瑪利亞已經逃跑，以及亞歷山大也早已投靠聖殿騎士。等阿爾芒離開後，阿泰爾潛入地牢見到了那名聖女，但對方早已瘋癲，迫不得已，阿泰爾幫其結束了生命。
現在，阿泰爾決定跟蹤沙利姆以找到逃走的瑪利亞，一路上他目睹了沙利姆的種種暴行，意識到對方並沒有在找瑪利亞後阿泰爾返回去見馬科斯。馬科斯提到沙利姆定期去一座教堂，趕過去的阿泰爾注意到一名學者似乎知道那座騎士檔案館，但第二次見面時學者被一個蒙面的聖殿騎士所殺，對方逃離了阿泰爾的追蹤。
阿泰爾注意到來到教堂的沙利姆顯得十分乾練，但居然沒帶任何侍衛。阿泰爾不想錯過這個機會，於是開始尾隨沙利姆，結果回到了城堡，別無選擇的阿泰爾又跟上城堡裡抬出的一架空轎，一路來到了一座港口。在港口，阿泰爾注意到一堆舞女打扮的人正在登轎，並意外的發現了混入其中的瑪利亞，他想弄明白為什麼瑪利亞要重回虎口。跟著轎子，阿泰爾又雙叒叕一次來到了城堡。
其實“公牛”有一對雙胞胎兒子，阿泰爾在教堂門口見到的是沙哈爾，瑪利亞此行也是為了見他，她想驗證阿泰爾所說的有關聖殿騎士陰謀之事的真偽。討論變成了爭吵，兩人大打出手，潛伏在側的阿泰爾被迫現身，緊接著，真正沙利姆也匆匆趕來，局勢變成了二對二，不過瑪利亞又一次覓得空隙離開了，只留下阿泰爾以一敵二。
漫長而殘酷的戰鬥後，阿泰爾殺死了這對雙胞胎，他返回據點見到了馬科斯。整個反抗組織因阿泰爾帶來的好消息喜出望外，他們終於能解放凱里尼亞了。不過阿泰爾仍惦記著那座檔案館，馬科斯猜測其可能在利馬索爾。為了獲得更多情報，阿泰爾再次返回。
擊潰聖殿騎士
回到利馬索爾的阿泰爾首先去找亞歷山大對峙，沒想到對方把他稱為叛徒。實際上，阿爾芒送來的那個包裹裡裝的是真正巴納巴斯的首級，他想借此挑撥離間，誤會解開了。亞歷山大告訴阿泰爾，阿爾芒在利馬索爾使用了同樣的伎倆，部分反抗組織成員不再信任阿泰爾。
阿泰爾決定去城裡蒐集有關阿爾芒的消息，在港口阿泰爾跟蹤了一名聖殿騎士，並順藤摸瓜找到了一名叫做季米特里斯的商人，但還沒問出什麼消息，商人就被那名曾在凱里尼亞出現過的蒙面騎士殺害了。一無所獲的阿泰爾返回據點後發現亞歷山大也不見了，只留下一張字條約他去利馬索爾城堡的庭院見面。
儘管知道有詐，阿泰爾還是去了城堡，在那裡他看到了亞歷山大的屍體，他也被那個騎士所殺。蒙面騎士露出了真面目，原來是那個假巴納巴斯，還沒等阿泰爾作出反應，憤怒的群眾就衝進了庭院。現在，在民眾眼中阿泰爾成了謀害亞歷山大的兇手，他無法對普通人下手，被逼無奈使用了金蘋果。人民在神器的力量下停止了行動，阿泰爾也因此心生警惕，提醒自己不要再動用這件危險的東西。他用言語說服了眾人，大家在金蘋果的作用下離去。假巴納巴斯嘲笑阿泰爾，揚言要奪走神器，但突然，他被背後的來人殺死推下了露臺。
是瑪利亞，她目睹了一切，知道了伊甸神器的威力，但她還是不能完全信任阿泰爾。阿泰爾向瑪利亞詢問檔案館的位置，結果得知就在他們腳下。一隊聖殿騎士突然趕來，等到阿泰爾解決麻煩，瑪利亞早已不見，阿泰爾只能先前往檔案館。
消滅守衛，進入檔案館深處後，他看到瑪利亞正在一間大廳內同阿爾芒對峙，但阿泰爾的到來令瑪利亞分心，這使她被打倒在地。阿爾芒開始高談闊論，他表達了對塞浦路斯前皇帝伊薩克的不滿，認為對方使得這間檔案館不再是秘密，聖殿騎士只能被迫從伊薩克手中買下這座島。他還告訴阿泰爾，其實檔案館的館藏早已被轉移，隨後他拔劍同阿泰爾決鬥。
阿爾芒猛地躍起，阿泰爾側身躲閃，想盡辦法招架阿爾芒凌厲的攻擊。不過阿爾芒太想贏了，這使他早早消耗了大量體力，於是阿泰爾利用破綻不斷刺傷對手，終於使其不堪重負，最終被一劍戳死。
聖殿騎士開始對檔案館發動炮擊，藉此將剩下的藏品移走，阿泰爾背起瑪利亞逃出了檔案館。走在利馬索爾的街道上，瑪利亞決定退出聖殿騎士，她想去東方看看。至於阿泰爾，他想儘可能研究清金蘋果中蘊藏的奧秘，同時，他想陪著瑪利亞踏上新的旅途。
後續
大約兩年後，阿泰爾和瑪利亞在利馬索爾成婚，並在當地建立了新的刺客據點。婚禮後沒多久夫妻二人便返回了馬斯亞夫，在那裡迎來了他們的長子達裡姆。又過了兩年，他們有了第二個兒子賽夫。
那段時間裡阿泰爾一直在進行對金蘋果的研究，這啟發他畫出了有關鎧甲、新型袖劍以及袖槍的圖紙。他還將一些有可能的發現以及可能發生的災難記入了日記。除此以外，阿泰爾還留下了關於先行者和伊甸神器的記述。他不停地思考推敲刺客組織過去的理念，並在遊歷各地的過程中加以推行。只是在1204年的君士坦丁堡，阿泰爾的改革因暴動頻發沒能推開。
為了改善組織，阿泰爾付出了比以往任何一名首領都要多的努力。可惜的是，他的工作因成吉思汗的崛起被迫中斷。
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