叛乱
阿尔莫林死了，但是阿泰尔并不放心。他担心那件神器——金苹果可以将其复活，因此决定烧掉前导师的尸体。以阿巴斯为首的部分刺客对此十分不满，认为阿泰尔准备夺取导师之位，并对他发动了袭击。混乱中，阿巴斯偷走了金苹果，悄悄离开。
拿到金苹果的阿巴斯登上塔楼使用了这件神器，但他无法掌控，被赶来的阿泰尔打倒。在拿回金苹果后，阿泰尔宽恕了所有参与叛乱之人，他将过去发生的一切以及自己对兄弟会的领导都开诚布公，因此赢得了信任，成为了众人认可的新首领。
再遇玛利亚
成为导师后的阿泰尔投入了对金苹果的研究中，他从中获得了大量的知识并获悉先行者的存在。很快阿泰尔意识到自己正放任敌人成长。于是在马斯亚夫之变一个月后，阿泰尔将组织交由马利克代管，自己则和杰贝尔等人一起突袭位于阿卡的圣殿骑士大本营。临行前，阿泰尔再次注意到了阿巴斯严重愈发深刻的恨意。
阿卡的景象出人意料，这里似乎空无一人。好不容易找到一支骑士小队的阿泰尔意识到，自己已经来晚了，此时圣殿骑士已经开始了撤退，阿泰尔决定弄清对方的去向。
在要塞里，阿泰尔发现了那个曾假扮罗伯特的女人，并且在偷听对话时知道了她的名字——玛利亚，他为这个女人的美貌折服。同时，他还听到骑士们将在新团长阿尔芒的领导下退守塞浦路斯，至于玛利亚则要留在阿卡。
当其他人离开后，阿泰尔试图与玛利亚对话，可对方直接发动了攻击。打倒玛利亚之后，他问出了骑士们正伺机夺回金苹果，于是他挟持了玛利亚，让她带路去塞浦路斯。
抵达利马索尔
阿泰尔带着玛利亚抵达了塞浦路斯的利马索，这里有刺客组织的一名眼线亚历山大，先一步抵达的圣殿骑士在当地颁布了严苛的律令，当地人谋求反抗。阿泰尔一行跟着亚历山大来到了安排好的藏身处，他向当地人解释了现状并询问当地的骑士据点位置。亚历山大说目标是城堡，他建议阿泰尔配合一名支持塞浦路斯反抗运动的骑士奥斯曼，帮助对方成为队长以求畅行无阻。
完成任务后，阿泰尔与奥斯曼成功接头，对方透露了两个信息：当地有座圣殿骑士的档案馆，利马索尔的骑士领导者叫弗雷德里克。不久，依靠奥斯曼创造的机会，阿泰尔成功将目标刺杀。
但是返回后，阿泰尔发现藏身处遭到了袭击，已经成为一片火海，包括玛利亚在内的所有人都不见踪影。调查过程中，阿泰尔在大教堂看到了被擒的玛利亚，那位团长阿尔芒正在此地发表演说。阿泰尔看到阿尔芒杀死了奥斯曼，看到玛利亚试图揭发自己却被阿尔芒视为叛徒。他从阴暗处现身，救下了玛利亚。
玛利亚依旧想杀死阿泰尔，但阿泰尔用神器作为威胁软化了玛利亚。两人再次见到亚历山大，得知阿尔芒前往了凯里尼亚，亚历山大建议两人去找一名叫帕夏的海盗。
与帕夏交谈后，阿泰尔得知阿尔芒得到了另一件神器，为了得知更多消息他不得不和当地的海盗展开厮杀。此外，亚历山大还提醒阿泰尔，在到达凯里尼亚后和当地的反抗组织线人巴纳巴斯取得联系。
前往凯里尼亚
途中阿泰尔询问了玛利亚的过去：被迫结婚的玛利亚不满现状，离家出走后装成男人加入了十字军。阿泰尔试图向玛利亚灌输刺客的观念但没有成功，不过两人的关系似乎近了一些。
到达目的地，阿泰尔刚刚解开玛利亚手上的绳子就被两名海盗发现，此时他俩已经成为圣殿骑士的通缉犯，海盗想抓住他们换赏金，混乱中玛利亚逃走。追赶玛利亚的过程中，阿泰尔结识了当地反抗组织成员马科斯，后者愿意帮阿泰尔看管玛利亚。
在与巴纳巴斯碰面后，阿泰尔获知了阿尔芒的动向，对方承诺帮助阿泰尔，但阿泰尔要刺杀反抗组织中的叛徒约纳斯作为回报。在刺杀过程中，阿泰尔了解到阿尔芒的手下“公牛”正在寻找他和玛利亚。和玛利亚重聚后，他分享了这一情报，也获得了“公牛”的真实身份莫洛奇。为了规避风险，他再次和玛利亚分开，要求马科斯带她去反抗组织的据点碰面。
巴纳巴斯告诉阿泰尔，约纳斯的死引发了骚乱，莫洛奇更有可能借题发挥，阿泰尔决定去看看。室外一片狼藉，士兵和群众大打出手，这坚定了阿泰尔杀死“公牛”的心。
返回据点后，巴纳巴斯不见踪影，好在马科斯带着玛利亚平安赶来。马科斯告诉阿泰尔约纳斯其实是个好人，原来不值得信任的是巴纳巴斯。不过首先，阿泰尔要先杀死那个作乱的“公牛”。依靠玛利亚透露的信息，阿泰尔潜入了莫洛奇所在的城堡并解决了对方。
寻找玛利亚
在阿泰尔刺杀“公牛”的同时，圣殿骑士袭击了反抗组织的据点并抓走了玛利亚。赶回来的阿泰尔见到侥幸逃出的马科斯，但有巴纳巴斯作为先例，阿泰尔不敢再轻信对方。马科斯认为是被抓的一名反抗者“黑暗圣女”透露了据点，阿泰尔则认为是巴纳巴斯背叛了反抗组织。但马科斯告诉他，真正的巴纳巴斯实际上在他抵达的前一天就被杀死了。
马科斯请求阿泰尔救出被抓的反抗组织成员，为了弥补自己的过失，阿泰尔答应了，但救出所有囚犯后，他没有发现玛利亚 ，询问后得知玛利亚被莫洛奇的儿子沙利姆带走。
于是阿泰尔返回城堡，在城堡中心，他偷听到阿尔芒和沙利姆的对话，得知玛利亚已经逃跑，以及亚历山大也早已投靠圣殿骑士。等阿尔芒离开后，阿泰尔潜入地牢见到了那名圣女，但对方早已疯癫，迫不得已，阿泰尔帮其结束了生命。
现在，阿泰尔决定跟踪沙利姆以找到逃走的玛利亚，一路上他目睹了沙利姆的种种暴行，意识到对方并没有在找玛利亚后阿泰尔返回去见马科斯。马科斯提到沙利姆定期去一座教堂，赶过去的阿泰尔注意到一名学者似乎知道那座骑士档案馆，但第二次见面时学者被一个蒙面的圣殿骑士所杀，对方逃离了阿泰尔的追踪。
阿泰尔注意到来到教堂的沙利姆显得十分干练，但居然没带任何侍卫。阿泰尔不想错过这个机会，于是开始尾随沙利姆，结果回到了城堡，别无选择的阿泰尔又跟上城堡里抬出的一架空轿，一路来到了一座港口。在港口，阿泰尔注意到一堆舞女打扮的人正在登轿，并意外的发现了混入其中的玛利亚，他想弄明白为什么玛利亚要重回虎口。跟着轿子，阿泰尔又双叒叕一次来到了城堡。
其实“公牛”有一对双胞胎儿子，阿泰尔在教堂门口见到的是沙哈尔，玛利亚此行也是为了见他，她想验证阿泰尔所说的有关圣殿骑士阴谋之事的真伪。讨论变成了争吵，两人大打出手，潜伏在侧的阿泰尔被迫现身，紧接着，真正沙利姆也匆匆赶来，局势变成了二对二，不过玛利亚又一次觅得空隙离开了，只留下阿泰尔以一敌二。
漫长而残酷的战斗后，阿泰尔杀死了这对双胞胎，他返回据点见到了马科斯。整个反抗组织因阿泰尔带来的好消息喜出望外，他们终于能解放凯里尼亚了。不过阿泰尔仍惦记着那座档案馆，马科斯猜测其可能在利马索尔。为了获得更多情报，阿泰尔再次返回。
击溃圣殿骑士
回到利马索尔的阿泰尔首先去找亚历山大对峙，没想到对方把他称为叛徒。实际上，阿尔芒送来的那个包裹里装的是真正巴纳巴斯的首级，他想借此挑拨离间，误会解开了。亚历山大告诉阿泰尔，阿尔芒在利马索尔使用了同样的伎俩，部分反抗组织成员不再信任阿泰尔。
阿泰尔决定去城里搜集有关阿尔芒的消息，在港口阿泰尔跟踪了一名圣殿骑士，并顺藤摸瓜找到了一名叫做季米特里斯的商人，但还没问出什么消息，商人就被那名曾在凯里尼亚出现过的蒙面骑士杀害了。一无所获的阿泰尔返回据点后发现亚历山大也不见了，只留下一张字条约他去利马索尔城堡的庭院见面。
尽管知道有诈，阿泰尔还是去了城堡，在那里他看到了亚历山大的尸体，他也被那个骑士所杀。蒙面骑士露出了真面目，原来是那个假巴纳巴斯，还没等阿泰尔作出反应，愤怒的群众就冲进了庭院。现在，在民众眼中阿泰尔成了谋害亚历山大的凶手，他无法对普通人下手，被逼无奈使用了金苹果。人民在神器的力量下停止了行动，阿泰尔也因此心生警惕，提醒自己不要再动用这件危险的东西。他用言语说服了众人，大家在金苹果的作用下离去。假巴纳巴斯嘲笑阿泰尔，扬言要夺走神器，但突然，他被背后的来人杀死推下了露台。
是玛利亚，她目睹了一切，知道了伊甸神器的威力，但她还是不能完全信任阿泰尔。阿泰尔向玛利亚询问档案馆的位置，结果得知就在他们脚下。一队圣殿骑士突然赶来，等到阿泰尔解决麻烦，玛利亚早已不见，阿泰尔只能先前往档案馆。
消灭守卫，进入档案馆深处后，他看到玛利亚正在一间大厅内同阿尔芒对峙，但阿泰尔的到来令玛利亚分心，这使她被打倒在地。阿尔芒开始高谈阔论，他表达了对塞浦路斯前皇帝伊萨克的不满，认为对方使得这间档案馆不再是秘密，圣殿骑士只能被迫从伊萨克手中买下这座岛。他还告诉阿泰尔，其实档案馆的馆藏早已被转移，随后他拔剑同阿泰尔决斗。
阿尔芒猛地跃起，阿泰尔侧身躲闪，想尽办法招架阿尔芒凌厉的攻击。不过阿尔芒太想赢了，这使他早早消耗了大量体力，于是阿泰尔利用破绽不断刺伤对手，终于使其不堪重负，最终被一剑戳死。
圣殿骑士开始对档案馆发动炮击，借此将剩下的藏品移走，阿泰尔背起玛利亚逃出了档案馆。走在利马索尔的街道上，玛利亚决定退出圣殿骑士，她想去东方看看。至于阿泰尔，他想尽可能研究清金苹果中蕴藏的奥秘，同时，他想陪着玛利亚踏上新的旅途。
后续
大约两年后，阿泰尔和玛利亚在利马索尔成婚，并在当地建立了新的刺客据点。婚礼后没多久夫妻二人便返回了马斯亚夫，在那里迎来了他们的长子达里姆。又过了两年，他们有了第二个儿子赛夫。
那段时间里阿泰尔一直在进行对金苹果的研究，这启发他画出了有关铠甲、新型袖剑以及袖枪的图纸。他还将一些有可能的发现以及可能发生的灾难记入了日记。除此以外，阿泰尔还留下了关于先行者和伊甸神器的记述。他不停地思考推敲刺客组织过去的理念，并在游历各地的过程中加以推行。只是在1204年的君士坦丁堡，阿泰尔的改革因暴动频发没能推开。
为了改善组织，阿泰尔付出了比以往任何一名首领都要多的努力。可惜的是，他的工作因成吉思汗的崛起被迫中断。
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