《女神異聞錄》舊約三部曲的故事始於一個賭注。
代表了人類光明的一面的費列蒙與代表了人類黑暗的一面的奈亞拉託提普之間的一個賭注。認為人性本善的費列蒙相信人類內心的力量會引領他們超越本性、抵達一個新的境界；而奈亞拉託提普則相信人類的本性最終會招來自身毀滅的命運。
奈亞拉託提普(Nyarlathotep)，出自於著名美國小說家洛夫克拉夫特筆下的克蘇魯神話中的外神，擁有無數化身，又被稱為“伏行之混沌”、“千面之神”等。奈亞拉託提普是混沌的象徵，熱衷於欺騙與誘惑人類，以一步步將人類文明引向繁榮與昌盛、再一步步將其引向破滅與絕望為樂。
“蠕動的混沌”
在《女神異聞錄》系列中，作為費列蒙的對立面，奈亞拉託提普象徵著集體無意識的破壞性潛力，渴望將宇宙引領至瘋狂與混亂之中並毀滅一切現實。與費列蒙不同的是，他的做法更為直接，具體表現為屢次干預現實世界：以人格面具的形態出現、附身並操縱人格面具使神取鷹久（《女神異聞錄》初代的反派角色），賦予珠閒瑠市實現傳聞的能力並藉此放大人心的黑暗面，以腦中聲音的形式將“瑪雅的神諭”傳述給人類，甚至在兩千年前就埋下了人類史上最大謠言的伏筆（命運之矛：朗基奴斯槍，傳說中刺死了耶穌的長槍，傳聞成真使得這把槍成了名副其實的聖矛）。
於是，人心的黑暗面皆由成真的傳聞無限放大，並且拜這“人類史上最大謠言”伏筆所賜，“瑪雅神諭”中提到的瑪雅少女天野舞耶被命運之矛刺死，引領人類走向毀滅的預言“瑪雅的神諭”最終無可避免地淪為現實，《女神異聞錄2 罪》的世界在最後的最後徹底崩壞。
“瑪雅的神諭”正文
面對全面崩盤的局面，在主角團眾人一致同意之下，費列蒙創造出了另一個世界，也就是《女神異聞錄2 罰》的時間線。在這條時間線裡，主角團眾人並沒有相遇，也沒有了關於《罪》世界的一切記憶，使得奈亞拉託提普終究沒有得逞。
但一切真的就此結束了嗎？
回溯到《罪》的結局，最後達哉還是無法接受這個結果。他無法接受天野舞耶的死亡，無法接受與久別重逢的童年夥伴們的再一次分離，他無法接受重歸孤獨……這些執念與悔意最終導致他並沒有像其他人一樣失去《罪》世界的記憶，而是帶著那些記憶來到了《罰》的世界。
在《罰》的世界裡，所有人都沒有相遇，天野舞耶也還活著，一切似乎都安然無恙，只有達哉將自己關進了罪的牢籠裡自我折磨。保留了原來的記憶這件事，對他來說，這一切正如“懲罰”一般。他必須獨自一人帶著痛苦和煎熬在這個世界裡生活下去，並阻止奈亞拉託提普又一次向他的好友們伸來的魔手。
至此，《罰》的故事開始了。
在《女神異聞錄2 罰》中，玩家可操縱的主角為天野舞耶（系列真正意義上的第一個女性主角）。與在《罪》的世界中一樣，在《罰》的世界中，作為一名記者，她依舊在為雜誌《Coolest》做著撰稿工作，依舊是那個開朗善良、把“讓我們積極思考！”掛在嘴邊的天野舞耶，似乎除了沒有與達哉等人相遇過以外完全沒有不同。
某日，天野舞耶被雜誌社派去七姐妹高中做關於最近在珠閒瑠市盛行的“小丑傳聞”的採訪，同行的還有她那個大大咧咧的拳擊手好友烏拉拉（芹澤浦良）。傳聞稱，只要撥打自己的手機號碼，並將目標告知電話對面的“小丑”，“小丑”就會根據要求謀殺目標。據說七姐妹高中有學生撥打了電話利用小丑殺害了某人。
當二人在學校裡轉了一圈一無所獲、來到校長室打算採訪校長時，卻意外發現校長已經慘遭毒手，而且這一切似乎就是傳聞中的小丑所為；與此同時，為了追擊嫌疑犯#501（即小丑）而來到七姐妹高中做調查的警察周防克哉也撞見了這一幕。
出乎意料的是，傳聞中的殺人犯小丑本人竟然親自在他們面前現身了，並召喚出了他們前所未見的名為“惡魔”的生物。情況危急之下，三人覺醒了人格面具，擊退了惡魔。
小丑似乎抱有某種目的而來，特別是對於天野舞耶，似乎二人早已相識。
為了追查小丑，天野舞耶、烏拉拉以及周防克哉三人達成了合作關係。同時，為了獲得更多的情報，在葛葉偵探社社長的引薦之下，三人在酒館會見了掌握著各種都市傳聞、以敲詐為生、自稱是臺灣人的情報師“報復”嵯峨燻（在報復運營的情報網站上，可以看到“報復”兩個漢字）。於是，抱著各自的目的，四人決定組隊一起調查真相，一個由記者、拳擊手、警察以及情報師組成的奇奇怪怪的組合就此誕生。
《罪》的成年人主角團配置和設定少說也是在《女神異聞錄》系列中濃墨重彩的一筆，成年人成熟的為人處世與前作的少年主角團相比區別明顯，而且與之對應的是，敘事上也更加成人化，特別是與前面兩作相比，部分場景更加血腥、壓抑（如前期的森本療養院）。系列御用編劇裡見直也親自說，本作的故事會更為黑暗。
裡見直
遊戲中的裡見直
在PSP版本中，除了天野舞耶等人行動的主線以外，本作中還存在著另一條周防達哉的敘事線。
當劇情推進到一定進度後，在天鵝絨房間，玩家可以體驗以達哉為視角講述的另一視角的故事。達哉大部分時間都遊離在主角團之外。一方面，是因為奈亞拉託提普的魔爪終究還是伸向了這個世界。它又一次利用預言向這個世界施下詛咒：一旦其他夥伴也回想起了關於《罪》的記憶，那麼《罰》的世界也將和《罪》的世界一樣難逃毀滅的命運。另一方面，在經歷過一次最重要的人死在自己面前、與久別重逢的童年好友們再度分離之後，為了保護這個世界以及這個世界的夥伴們，達哉暗暗下定決心獨自一人阻止奈亞拉託提普。
如果在本作開始之前選擇繼承《罪》的存檔，那麼在遊戲的早期就可以玩到配置拉滿的達哉。不過老實說，在初次聽到日語配音版本的達哉發出子安武人的聲音時，還是有被震驚到的。
另一邊，隨著遊戲的進行，小丑的真面目也被揭露：其正是周防達哉的宿敵，須藤竜也。他和周防達哉的淵源來源已久（甚至二人名字的日文讀音非常接近）。在《罪》的世界中，他從很早之前就聽到了腦海中奈亞拉託提普的聲音，從它那裡得到了“瑪雅的神諭”。但他的精神也因此備受折磨並日漸失常。在聲音的引領下，十年前，他放火燒燬了神社，差點殺死了被困在神社內的天野舞耶，但後來被達哉阻止。拜達哉的人格面具伏爾甘所賜，他的臉上從此也留下了嚴重的燒傷痕跡。
而在《罰》的世界中，須藤竜也再一次成為了奈亞拉託提普的棋子。為了讓天野舞耶等人回想起另一個世界的記憶，他再一次策劃了在《罪》的世界中曾發生過一次的航天博物館縱火事件。儘管最終沒能得逞並死於達哉的劍下，但他的死卻在奈亞拉託提普的計劃之中。
電視上，算命師石神千鶴利用了媒體進一步散步了關於“小丑”的謠言：小丑並非一個特定的個體，而是一個詛咒；無論是誰，只要曾經撥打過小丑電話，其本身也將變成“小丑”。這一可怕的謠言就像病毒一樣通過電視機迅速擴散，很快，越來越多的人開始變成小丑，謠言最終如預期那般變為恐怖的現實。
石神千鶴
變成小丑的烏拉拉
隨著天野舞耶等人繼續深入調查，他們發現那些因為謠言成真而變成小丑的人們都遭到了綁架。除此之外，他們還得知一個名為“世界新秩序”的組織已經滲透進並實際上控制了珠閒瑠市的政府、企業、媒體、黑幫甚至軍隊。
“世界新秩序”由須藤竜也的父親、日本現任外交部長（遊戲世界觀）須藤竜蔵所創立。20年前，須藤竜蔵從本丸公園建築工地挖掘出了澄丸清忠的木乃伊。澄丸清忠，也被稱為御前（GOZEN），是奈亞拉託提普捏造出來並通過謠言成為現實的虛構人物，戰國時期支配珠閒瑠市的暴君，最終因叛亂而死，但其早已神化。通過心靈感應，御前指使須藤竜蔵傳播關於世界末日的謠言（實際上也是奈亞拉託提普所為），並利用其一步步擴大勢力範圍，只為了創造一個無罪的新世界。
為此，“世界新秩序”綁架了被變為小丑的人類，並從他們體內提取出一種名為Kegare的物質。Kegare，意同“汙穢”，在這裡更多指的是精神上的不潔。“世界新秩序”視之為“罪”，並蠱惑人們主動提取出體內的Kegare，擺脫罪惡。當Kegare積攢到一定的時候，珠閒瑠市地底的12條龍將甦醒，“清除”這個世界上所有的Kegare，並最終毀滅這個充滿了罪孽的世界。而沉寂於珠閒瑠市地下的宇宙飛船“天野鳥船”將帶領擺脫了Kegare的無罪之人前往烏托邦。
與此同時，天野舞耶等人聽說了有人正在調查“世界新秩序”的傳聞。
遊戲從這裡開始就出現了分支。
玩家可以選擇傳聞裡那個正在調查“世界新秩序”的神秘人物的性別，由此決定接下來遇到的是南條圭還是桐島英理子。這兩個人都是《女神異聞錄》初代中的主要角色，都曾經歷過三年前發生在御影町的事件，而該事件的幕後黑手正是神取鷹久（更準確來說當然還是奈亞拉託提普）。從南條圭口中得知，他們之所以調查此事，正是因為這件事很可能跟神取鷹久有關，儘管神取鷹久早在三年前就已經被初代的主角團擊敗身亡。
在南條圭的協力之下，一行人來到了南條集團贊助（已被須藤竜蔵控制）的科學實驗室，並且在這裡遇到了那個本該死去、卻被謠言的力量復活的男人，神取鷹久。從人類身上提取Kegare的機器正是他製造出來的。在實驗室中，玩家還可以找到一份“人造人格面具使的研究和理論”文件，也是出於復活的神取鷹久之手。
只不過，這一次神取鷹久似乎意識到了自己只是一個巨大陰謀中的一顆棋子。
神取鷹久
海底廢墟一戰中，在被南條圭等人擊敗後，他甚至鼓勵達哉要努力擺脫一直在玩弄他的命運的影子（奈亞拉託提普）。最終，在對自己的選擇深表遺憾後，他拒絕和其他人一起逃離海底廢墟，葬身海底。
而達哉在經歷這一戰後，也終於敞開心扉，答應告訴天野舞耶等人關於《罪》與《罰》兩個世界的真相。在巖戶山，達哉帶著眾人來到了能看見過去的記憶的泉水前，被塵封的回憶也隨之湧出。舞耶的死，與榮吉、銀子、潤三人的約定與分別，最後心有不甘而狠狠地揍在費列蒙臉上的那一拳……發生在《罪》世界的一切彷彿都歷歷在目。
而南條圭看到的則是《女神異聞錄》初代的後日談，不得不說，玩到這裡的時候真的很驚喜。初代的角色像老朋友一樣迴歸，並且都已經從高中生成長成了成年人，淚目。
初代主角“耳環哥”
玩到這裡，達哉終於加入了主角團。五個人一同潛入了“天野鳥船”，並擊敗了復活的御前。但只要奈亞拉託提普還在，一切就還沒有結束。在集體無意識空間中，像《罪》的結局一樣，五個人再度與奈亞拉託提普對峙，這一次，他們成功擊敗了他。
故事尾聲，達哉與同伴們告別後，回到了原來的世界（可以理解為靈魂回去了）。而留在這邊的是與同伴們從未相遇、從未相識的周防達哉。
某日，街道上，正在等待紅綠燈的舞耶正好遇到騎著摩托車經過的達哉。儘管達哉甚至都沒有注意到她，她的心中還是不由得一震。但接著，她看到了馬路對面，在欄杆上短暫停留的那隻金色蝴蝶。她似乎在心中默默說了一句“嘛~算了”，然後露出了釋懷的微笑。
《女神異聞錄2 罰》是舊約《女神異聞錄》的最後一部，劇情上補足了《女神異聞錄2 罪》，結構連接了舊約三部曲。講道理，在玩《罰》之前，我是完全沒想過故事是還可以這麼講的，巧妙地以《罪》的劇情為基本框架，講述的卻是另一個完全不同的故事。但反過來說，如果沒體驗過前兩作，那麼《罰》的遊玩體驗將大打折扣。
最後，由於大部分系統和玩法都與前作相比沒有多大區別，這裡不再贅述。唯獨要提的一點是，前作中令玩家詬病的點，在本作中基本都有了很大的改善（聽勸A社）。包括加載時間大幅縮短，劇情可快進，增加了可以跳過動畫的快速戰鬥等，玩起來終於沒那麼磨嘰和令人惱火了。但從難度上來說，本作的普通難度可以說是我玩過的《女神異聞錄》系列遊戲裡最難的一部。不過早期角色扮演遊戲總是有這個毛病的，不刷的話完全打不過守關Boss，強制玩家花大把時間練級，合更高等級的面具。
最後再說回主題。
儘管《女神異聞錄2 罰》的最終結局不盡完美，甚至有種令人遺憾的悲劇之美，但總的來說，本作還是完成了它收束世界線的任務，使舊約三部曲真正成為一個整體。
在《女神異聞錄2 罰》之後，屬於《女神異聞錄》系列真正輝煌的時代來臨了。不過即便如此，就算系列再怎麼往前發展，偶爾回過頭來“飲水思源”，也是個不錯的體驗。
話說回來，你們沒聽說那個傳聞嗎？《女神異聞錄2》似乎有重製計劃，既然如此，有生之年，就讓我們期待一下傳聞是否會成真吧。