《女神异闻录》旧约三部曲的故事始于一个赌注。
代表了人类光明的一面的费列蒙与代表了人类黑暗的一面的奈亚拉托提普之间的一个赌注。认为人性本善的费列蒙相信人类内心的力量会引领他们超越本性、抵达一个新的境界；而奈亚拉托提普则相信人类的本性最终会招来自身毁灭的命运。
奈亚拉托提普(Nyarlathotep)，出自于著名美国小说家洛夫克拉夫特笔下的克苏鲁神话中的外神，拥有无数化身，又被称为“伏行之混沌”、“千面之神”等。奈亚拉托提普是混沌的象征，热衷于欺骗与诱惑人类，以一步步将人类文明引向繁荣与昌盛、再一步步将其引向破灭与绝望为乐。
“蠕动的混沌”
在《女神异闻录》系列中，作为费列蒙的对立面，奈亚拉托提普象征着集体无意识的破坏性潜力，渴望将宇宙引领至疯狂与混乱之中并毁灭一切现实。与费列蒙不同的是，他的做法更为直接，具体表现为屡次干预现实世界：以人格面具的形态出现、附身并操纵人格面具使神取鹰久（《女神异闻录》初代的反派角色），赋予珠闲瑠市实现传闻的能力并借此放大人心的黑暗面，以脑中声音的形式将“玛雅的神谕”传述给人类，甚至在两千年前就埋下了人类史上最大谣言的伏笔（命运之矛：朗基奴斯枪，传说中刺死了耶稣的长枪，传闻成真使得这把枪成了名副其实的圣矛）。
于是，人心的黑暗面皆由成真的传闻无限放大，并且拜这“人类史上最大谣言”伏笔所赐，“玛雅神谕”中提到的玛雅少女天野舞耶被命运之矛刺死，引领人类走向毁灭的预言“玛雅的神谕”最终无可避免地沦为现实，《女神异闻录2 罪》的世界在最后的最后彻底崩坏。
“玛雅的神谕”正文
面对全面崩盘的局面，在主角团众人一致同意之下，费列蒙创造出了另一个世界，也就是《女神异闻录2 罚》的时间线。在这条时间线里，主角团众人并没有相遇，也没有了关于《罪》世界的一切记忆，使得奈亚拉托提普终究没有得逞。
但一切真的就此结束了吗？
回溯到《罪》的结局，最后达哉还是无法接受这个结果。他无法接受天野舞耶的死亡，无法接受与久别重逢的童年伙伴们的再一次分离，他无法接受重归孤独……这些执念与悔意最终导致他并没有像其他人一样失去《罪》世界的记忆，而是带着那些记忆来到了《罚》的世界。
在《罚》的世界里，所有人都没有相遇，天野舞耶也还活着，一切似乎都安然无恙，只有达哉将自己关进了罪的牢笼里自我折磨。保留了原来的记忆这件事，对他来说，这一切正如“惩罚”一般。他必须独自一人带着痛苦和煎熬在这个世界里生活下去，并阻止奈亚拉托提普又一次向他的好友们伸来的魔手。
至此，《罚》的故事开始了。
在《女神异闻录2 罚》中，玩家可操纵的主角为天野舞耶（系列真正意义上的第一个女性主角）。与在《罪》的世界中一样，在《罚》的世界中，作为一名记者，她依旧在为杂志《Coolest》做着撰稿工作，依旧是那个开朗善良、把“让我们积极思考！”挂在嘴边的天野舞耶，似乎除了没有与达哉等人相遇过以外完全没有不同。
某日，天野舞耶被杂志社派去七姐妹高中做关于最近在珠闲瑠市盛行的“小丑传闻”的采访，同行的还有她那个大大咧咧的拳击手好友乌拉拉（芹泽浦良）。传闻称，只要拨打自己的手机号码，并将目标告知电话对面的“小丑”，“小丑”就会根据要求谋杀目标。据说七姐妹高中有学生拨打了电话利用小丑杀害了某人。
当二人在学校里转了一圈一无所获、来到校长室打算采访校长时，却意外发现校长已经惨遭毒手，而且这一切似乎就是传闻中的小丑所为；与此同时，为了追击嫌疑犯#501（即小丑）而来到七姐妹高中做调查的警察周防克哉也撞见了这一幕。
出乎意料的是，传闻中的杀人犯小丑本人竟然亲自在他们面前现身了，并召唤出了他们前所未见的名为“恶魔”的生物。情况危急之下，三人觉醒了人格面具，击退了恶魔。
小丑似乎抱有某种目的而来，特别是对于天野舞耶，似乎二人早已相识。
为了追查小丑，天野舞耶、乌拉拉以及周防克哉三人达成了合作关系。同时，为了获得更多的情报，在葛叶侦探社社长的引荐之下，三人在酒馆会见了掌握着各种都市传闻、以敲诈为生、自称是台湾人的情报师“报复”嵯峨熏（在报复运营的情报网站上，可以看到“报复”两个汉字）。于是，抱着各自的目的，四人决定组队一起调查真相，一个由记者、拳击手、警察以及情报师组成的奇奇怪怪的组合就此诞生。
《罪》的成年人主角团配置和设定少说也是在《女神异闻录》系列中浓墨重彩的一笔，成年人成熟的为人处世与前作的少年主角团相比区别明显，而且与之对应的是，叙事上也更加成人化，特别是与前面两作相比，部分场景更加血腥、压抑（如前期的森本疗养院）。系列御用编剧里见直也亲自说，本作的故事会更为黑暗。
里见直
游戏中的里见直
在PSP版本中，除了天野舞耶等人行动的主线以外，本作中还存在着另一条周防达哉的叙事线。
当剧情推进到一定进度后，在天鹅绒房间，玩家可以体验以达哉为视角讲述的另一视角的故事。达哉大部分时间都游离在主角团之外。一方面，是因为奈亚拉托提普的魔爪终究还是伸向了这个世界。它又一次利用预言向这个世界施下诅咒：一旦其他伙伴也回想起了关于《罪》的记忆，那么《罚》的世界也将和《罪》的世界一样难逃毁灭的命运。另一方面，在经历过一次最重要的人死在自己面前、与久别重逢的童年好友们再度分离之后，为了保护这个世界以及这个世界的伙伴们，达哉暗暗下定决心独自一人阻止奈亚拉托提普。
如果在本作开始之前选择继承《罪》的存档，那么在游戏的早期就可以玩到配置拉满的达哉。不过老实说，在初次听到日语配音版本的达哉发出子安武人的声音时，还是有被震惊到的。
另一边，随着游戏的进行，小丑的真面目也被揭露：其正是周防达哉的宿敌，须藤竜也。他和周防达哉的渊源来源已久（甚至二人名字的日文读音非常接近）。在《罪》的世界中，他从很早之前就听到了脑海中奈亚拉托提普的声音，从它那里得到了“玛雅的神谕”。但他的精神也因此备受折磨并日渐失常。在声音的引领下，十年前，他放火烧毁了神社，差点杀死了被困在神社内的天野舞耶，但后来被达哉阻止。拜达哉的人格面具伏尔甘所赐，他的脸上从此也留下了严重的烧伤痕迹。
而在《罚》的世界中，须藤竜也再一次成为了奈亚拉托提普的棋子。为了让天野舞耶等人回想起另一个世界的记忆，他再一次策划了在《罪》的世界中曾发生过一次的航天博物馆纵火事件。尽管最终没能得逞并死于达哉的剑下，但他的死却在奈亚拉托提普的计划之中。
电视上，算命师石神千鹤利用了媒体进一步散步了关于“小丑”的谣言：小丑并非一个特定的个体，而是一个诅咒；无论是谁，只要曾经拨打过小丑电话，其本身也将变成“小丑”。这一可怕的谣言就像病毒一样通过电视机迅速扩散，很快，越来越多的人开始变成小丑，谣言最终如预期那般变为恐怖的现实。
石神千鹤
变成小丑的乌拉拉
随着天野舞耶等人继续深入调查，他们发现那些因为谣言成真而变成小丑的人们都遭到了绑架。除此之外，他们还得知一个名为“世界新秩序”的组织已经渗透进并实际上控制了珠闲瑠市的政府、企业、媒体、黑帮甚至军队。
“世界新秩序”由须藤竜也的父亲、日本现任外交部长（游戏世界观）须藤竜蔵所创立。20年前，须藤竜蔵从本丸公园建筑工地挖掘出了澄丸清忠的木乃伊。澄丸清忠，也被称为御前（GOZEN），是奈亚拉托提普捏造出来并通过谣言成为现实的虚构人物，战国时期支配珠闲瑠市的暴君，最终因叛乱而死，但其早已神化。通过心灵感应，御前指使须藤竜蔵传播关于世界末日的谣言（实际上也是奈亚拉托提普所为），并利用其一步步扩大势力范围，只为了创造一个无罪的新世界。
为此，“世界新秩序”绑架了被变为小丑的人类，并从他们体内提取出一种名为Kegare的物质。Kegare，意同“污秽”，在这里更多指的是精神上的不洁。“世界新秩序”视之为“罪”，并蛊惑人们主动提取出体内的Kegare，摆脱罪恶。当Kegare积攒到一定的时候，珠闲瑠市地底的12条龙将苏醒，“清除”这个世界上所有的Kegare，并最终毁灭这个充满了罪孽的世界。而沉寂于珠闲瑠市地下的宇宙飞船“天野鸟船”将带领摆脱了Kegare的无罪之人前往乌托邦。
与此同时，天野舞耶等人听说了有人正在调查“世界新秩序”的传闻。
游戏从这里开始就出现了分支。
玩家可以选择传闻里那个正在调查“世界新秩序”的神秘人物的性别，由此决定接下来遇到的是南条圭还是桐岛英理子。这两个人都是《女神异闻录》初代中的主要角色，都曾经历过三年前发生在御影町的事件，而该事件的幕后黑手正是神取鹰久（更准确来说当然还是奈亚拉托提普）。从南条圭口中得知，他们之所以调查此事，正是因为这件事很可能跟神取鹰久有关，尽管神取鹰久早在三年前就已经被初代的主角团击败身亡。
在南条圭的协力之下，一行人来到了南条集团赞助（已被须藤竜蔵控制）的科学实验室，并且在这里遇到了那个本该死去、却被谣言的力量复活的男人，神取鹰久。从人类身上提取Kegare的机器正是他制造出来的。在实验室中，玩家还可以找到一份“人造人格面具使的研究和理论”文件，也是出于复活的神取鹰久之手。
只不过，这一次神取鹰久似乎意识到了自己只是一个巨大阴谋中的一颗棋子。
神取鹰久
海底废墟一战中，在被南条圭等人击败后，他甚至鼓励达哉要努力摆脱一直在玩弄他的命运的影子（奈亚拉托提普）。最终，在对自己的选择深表遗憾后，他拒绝和其他人一起逃离海底废墟，葬身海底。
而达哉在经历这一战后，也终于敞开心扉，答应告诉天野舞耶等人关于《罪》与《罚》两个世界的真相。在岩户山，达哉带着众人来到了能看见过去的记忆的泉水前，被尘封的回忆也随之涌出。舞耶的死，与荣吉、银子、润三人的约定与分别，最后心有不甘而狠狠地揍在费列蒙脸上的那一拳……发生在《罪》世界的一切仿佛都历历在目。
而南条圭看到的则是《女神异闻录》初代的后日谈，不得不说，玩到这里的时候真的很惊喜。初代的角色像老朋友一样回归，并且都已经从高中生成长成了成年人，泪目。
初代主角“耳环哥”
玩到这里，达哉终于加入了主角团。五个人一同潜入了“天野鸟船”，并击败了复活的御前。但只要奈亚拉托提普还在，一切就还没有结束。在集体无意识空间中，像《罪》的结局一样，五个人再度与奈亚拉托提普对峙，这一次，他们成功击败了他。
故事尾声，达哉与同伴们告别后，回到了原来的世界（可以理解为灵魂回去了）。而留在这边的是与同伴们从未相遇、从未相识的周防达哉。
某日，街道上，正在等待红绿灯的舞耶正好遇到骑着摩托车经过的达哉。尽管达哉甚至都没有注意到她，她的心中还是不由得一震。但接着，她看到了马路对面，在栏杆上短暂停留的那只金色蝴蝶。她似乎在心中默默说了一句“嘛~算了”，然后露出了释怀的微笑。
《女神异闻录2 罚》是旧约《女神异闻录》的最后一部，剧情上补足了《女神异闻录2 罪》，结构连接了旧约三部曲。讲道理，在玩《罚》之前，我是完全没想过故事是还可以这么讲的，巧妙地以《罪》的剧情为基本框架，讲述的却是另一个完全不同的故事。但反过来说，如果没体验过前两作，那么《罚》的游玩体验将大打折扣。
最后，由于大部分系统和玩法都与前作相比没有多大区别，这里不再赘述。唯独要提的一点是，前作中令玩家诟病的点，在本作中基本都有了很大的改善（听劝A社）。包括加载时间大幅缩短，剧情可快进，增加了可以跳过动画的快速战斗等，玩起来终于没那么磨叽和令人恼火了。但从难度上来说，本作的普通难度可以说是我玩过的《女神异闻录》系列游戏里最难的一部。不过早期角色扮演游戏总是有这个毛病的，不刷的话完全打不过守关Boss，强制玩家花大把时间练级，合更高等级的面具。
最后再说回主题。
尽管《女神异闻录2 罚》的最终结局不尽完美，甚至有种令人遗憾的悲剧之美，但总的来说，本作还是完成了它收束世界线的任务，使旧约三部曲真正成为一个整体。
在《女神异闻录2 罚》之后，属于《女神异闻录》系列真正辉煌的时代来临了。不过即便如此，就算系列再怎么往前发展，偶尔回过头来“饮水思源”，也是个不错的体验。
话说回来，你们没听说那个传闻吗？《女神异闻录2》似乎有重制计划，既然如此，有生之年，就让我们期待一下传闻是否会成真吧。