阿米娅小队在核心区废弃设施石棺中将博士苏醒，却被整合运动成员闯入，解决闯入者后，意识到不对的阿米娅发现与凯尔希医生的远程通讯切断后决定让博士再度指挥罗德岛并与遭到整合运动的袭击而立刻赶来的杜宾教官领导的E2小队汇合。短暂商量后，决定按计划撤离切尔诺伯格。
（0-1坍塌）阿米娅与杜宾带领的救援小队在唤醒博士退出石棺后目睹了切尔诺伯格的混乱景象——整合运动痛切尔诺伯格人四处烧杀抢掠，秩序已然崩溃。
在征得杜宾的同意后，阿米娅秉持着罗德岛的信条，在明知应该撤退的情况下，为了救人与救援小队毅然出手。
解决完敌人后，阿米娅却因感染者的身份被平民恐惧，由此道出了矿石病。乌萨斯在宣传上让民众恐惧感染者，到了抓捕感染者的时候，民众自然就习以为常，甚至拍手称快。所以整合运动选择了对待感染者尤为冷酷的切尔诺伯格。
留给他们的时间不多了，三个小时之后天灾将会吞没这个城市，必须赶在天灾前撤离切城，此时，弑君者已经注意到开始了追踪。
（0-2守卫）
爆炸，骚乱，火光，巷战……整合切尔诺伯格都陷入了混乱，一切都超乎了想象。电视里播放着胜利的喜悦，而在现实中，一切都在预示着切尔诺伯格的毁灭，一点点摧毁乌萨斯军警的荣光。
正在众人谈话之际，救援队伍与整合运动正面接触开始战斗。在近卫干员解决后，遭遇了乌萨斯军警，一触即发之际，杀出了弑君者领导的特殊小队。面对整合运动和阿米娅的提醒，乌萨斯军警放过了罗德岛一行，杜宾与阿米娅带领各小队赶往第一汇合点。乌萨斯军警与弑君者小队正面对抗。
（0-4混战）
救援队伍撤退中与赶来支援的ace完成汇合，同时整合运动成员也追至，杜宾指挥E2小队应敌，但Ace建议优先后撤继续向下一汇合点移动。在汇合点附近Ace得知并接受博士失忆的事实，并表示依然愿意接受指挥，率领在汇合点附近行动的E3小队支援杜宾，与阿米娅的法术重创整合运动
（0-6强击）
残酷的整合运动驱使着感染的野兽让干员们心寒，在结束战斗后，眼下的当务之急依然是撤离切尔诺伯格。
（0-7感染）
喘息之际，众人讨论起整合运动的古怪行动，杜宾指出整合运动的掌控者将士兵比作棋子以仇恨和恐慌喂养。此时，队伍正前方盘踞着敌人的轻装甲部队，战斗无可避免。
而与临光的E4小队失去联系的恐慌也在队员间蔓延。与此同时，阿米娅一行人陷入了弑君者小队的陷阱，遭遇了战场分割，与侦查干员失去了联系。与整合运动领袖的战斗正式开始，杜宾教官指挥，狙击干员压制冲锋，重装干员进行防御，正当Ace准备出手时，整合运动的另一头领梅菲斯特出现打断了战场。
（0-8狩猎）
名为梅菲斯特的男孩接管了战场，随着弑君者的离去，带着不可一世的狂妄像罗德岛发出邀请来一场祭祀式的竞赛。谈话之际杜宾与阿米娅发出信号弹，并准备强行突围，却以失败告终。在杜宾Ace准备再度突围之时，梅菲斯特却道出了与弑君者不同的目的——博士是什么从哪里来，核心区发生的事他一直在注视着，
（0-9临光）
面对着梅菲斯特的狂妄，罗德岛开始突围，却在梅菲斯特类运用象棋走法下达精准命令下，罗德岛小队竟显出颓势。危机时刻，耀骑士临光冲破了敌人的阵势，领导E4小队及时赶到
（0-10困境）
临光的质问与讽刺激怒了梅菲斯特，命令名为浮士德的狙击手悍然出手。
临光凭借盾牌挡开了浮士德的第一发弩炮，在第二发弩炮发射时，Ace指挥E3小队狙击干员及时干扰压制。知晓了敌人兼具机动性与威力，众人不敢拖延，阿米娅指挥E1小队射手与自己压制整合运动，E2小队用最大火力撕开防线，在梅菲斯特暴怒之时，临光领导E4全体冲击地方阵型，打开了包围之势。（0-11突围）
突围成功，可敌方的实力给众人留下了深刻的印象，在临光的开导鼓励下，阿米娅走出了自责。开始继续撤离。而另一侧，梅菲斯特与浮士德的对话中几近温柔，休整之后重新投入到了他们的事业当中。
至此，黑暗时代开始…
（遗失之处，细节之处，错误之处，还请转告补充
）