發售日期：1998.11.21（N64）/2003.11.14（NGC）/2011.6.16（3DS）
《時之笛》是《薩爾達傳說》系列第一款在N64的作品，也是第一次3D化的作品。《薩爾達傳說 時之笛》是《薩爾達傳說》系列中的第五個作品，但其遊戲世界年代卻設定為早於前四個作品之前。並且是第一部各大媒體滿分作品。在2007年隨《風之杖》首發贈品推出了《時之笛 裡篇》
《時之笛》的故事發生於《薩爾達傳說》系列前四個作品之前。跟大部分《薩爾達傳說》系列一樣，本作的遊戲世界是一個名為海拉魯的虛構王國。海拉魯平原是這個王國的樞紐，接通了海拉魯城和周邊的市鎮與其他多樣的地形。這個世界裡住了不同種類的人種：長有尖耳朵的海利亞人、住在火山洞穴的鼓隆族、半魚人卓拉族、居於森林的科克裡族和強盜格魯德族等。
遊戲開始於主角林克的噩夢，夢中他看見一個男人騎著馬，在雷電交加的晚上追擊另一匹馬上的塞爾達公主。突然，妖精娜薇把林克由噩夢之中喚醒，並帶他到村落的守護神“德庫樹長老”面前。德庫樹長老受到詛咒，奄奄一息，林克進入樹的內部殺退敵人、解除了詛咒，但始終阻止不了大德庫樹枯萎。德庫樹長老臨終前告訴林克是一個來自沙漠的邪惡之輩詛咒他，那個人還打算控制整個海拉魯，林克必須要阻止他。德庫樹長老最後把精靈石“科克裡翡翠”交予林克，著他到海拉魯城堡找塞爾達公主。
來到海拉魯城，林克跟塞爾達公主見面。原來塞爾達公主同樣經常做有關海拉魯未來的不祥之夢，也早料到林克會來找她。她相信是格魯德強盜之王蓋儂多夫想奪走在聖地內的聖物“三角力量”，因為擁有三角力量的人就可以得到神一般的力量。塞爾達公主要林克去找三顆精靈石（其中一顆科克裡翡翠已在他手上），這樣他才可以進入聖地，趕在蓋儂多夫之前拿到三角力量。林克首先到鼓隆城跟鼓隆族族長達魯尼亞見面。林克幫助鼓隆族打敗洞穴裡的敵人首領後，族長為表謝意就把火焰精靈石“鼓隆紅寶石”送給林克。之後，林克又到了卓拉部落，將卓拉族的公主露朵由卓拉族的神聖鯨魚加卜加卜的肚裡救出，露朵便把“卓拉藍寶石”送給林克作為謝禮。
林克回到海拉魯爾城後，目睹他噩夢中的一幕——奶媽英帕帶著塞爾達公主逃跑，蓋儂多夫騎馬壞笑，在後面追逐。塞爾達公主看見林克，便把隨身的時之笛拋進護城河，並以心靈感應教林克吹奏“時之歌”。蓋儂多夫離開後，林克拾起了時之笛，吹奏時之歌，並拿出三顆精靈石，打開了通往聖地的大門。進入聖地後，林克把能夠打倒邪惡的“大師之劍”由劍座拔出。此時蓋儂多夫突然在林克身前出現，原來他跟蹤林克進入聖地，並把三角力量奪去。
林克醒來就是七年之後，他也成為青年。在那裡他遇見保護三角力量的七賢者之一，光之賢者若如，若如說林克的精神被封印了七年，好讓他長大有能力揮舞大師之劍，並擊倒蓋儂多夫。他又說，只要七賢者集合，就可以把蓋儂多夫囚禁在聖地；不過蓋儂多夫把海拉魯城變成黑暗之城，所以其中五位賢者失去了自己身為賢者的記憶。林克回到海拉魯並遇到神秘人希克，他引領林克到五個神殿並打敗裡面的怪物，令神殿的力量可以喚醒失去記憶的五位賢者。
林克喚醒了五位賢者之後，希克也顯露她的真正身份——時之賢者塞爾達公主。她說由於蓋儂多夫心術不正，所以三角力量分裂成三塊，應驗了古代的預言。蓋儂多夫拿走了力量三角，其餘兩塊就由命運選定的兩個人得到：塞爾達公主得到了智慧三角，而林克就得到了勇氣三角。當塞爾達公主把可以擊倒蓋儂多夫的“光之箭”授予林克後，蓋儂多夫再次出現，把塞爾達公主困在魔法水晶內，帶到他的塔中囚禁。其餘六位聖靈便把林克送到塔裡去。經過一番惡戰後林克擊倒了蓋儂多夫，救出塞爾達公主。他們逃出正在崩坍的海拉魯城堡，林克卻突然被火圈困住，必須再跟蓋儂多夫決戰。蓋儂多夫以力量三角的神力，把自己變成野豬般的怪物蓋儂。經過另一輪戰鬥，蓋儂多夫已是強弩之末，在火圈外的塞爾達公主以力量暫時令蓋儂多夫不得動彈，林克立即舉起大師之劍擊倒蓋儂多夫。七賢者隨即把他封印在聖地之中，但仍持有力量三角的蓋儂多夫大喊會向他們的後代報仇。最後，塞爾達公主用時之笛把林克送返他的童年。遊戲以林克和塞爾達公主在城堡的花園中對望作結。之後是《姆吉拉的假面》的冒險。
