发售日期：1998.11.21（N64）/2003.11.14（NGC）/2011.6.16（3DS）
《时之笛》是《塞尔达传说》系列第一款在N64的作品，也是第一次3D化的作品。《塞尔达传说 时之笛》是《塞尔达传说》系列中的第五个作品，但其游戏世界年代却设定为早于前四个作品之前。并且是第一部各大媒体满分作品。在2007年随《风之杖》首发赠品推出了《时之笛 里篇》
《时之笛》的故事发生于《塞尔达传说》系列前四个作品之前。跟大部分《塞尔达传说》系列一样，本作的游戏世界是一个名为海拉鲁的虚构王国。海拉鲁平原是这个王国的枢纽，接通了海拉鲁城和周边的市镇与其他多样的地形。这个世界里住了不同种类的人种：长有尖耳朵的海利亚人、住在火山洞穴的鼓隆族、半鱼人卓拉族、居于森林的科克里族和强盗格鲁德族等。
游戏开始于主角林克的噩梦，梦中他看见一个男人骑着马，在雷电交加的晚上追击另一匹马上的塞尔达公主。突然，妖精娜薇把林克由噩梦之中唤醒，并带他到村落的守护神“德库树长老”面前。德库树长老受到诅咒，奄奄一息，林克进入树的内部杀退敌人、解除了诅咒，但始终阻止不了大德库树枯萎。德库树长老临终前告诉林克是一个来自沙漠的邪恶之辈诅咒他，那个人还打算控制整个海拉鲁，林克必须要阻止他。德库树长老最后把精灵石“科克里翡翠”交予林克，着他到海拉鲁城堡找塞尔达公主。
来到海拉鲁城，林克跟塞尔达公主见面。原来塞尔达公主同样经常做有关海拉鲁未来的不祥之梦，也早料到林克会来找她。她相信是格鲁德强盗之王盖侬多夫想夺走在圣地内的圣物“三角力量”，因为拥有三角力量的人就可以得到神一般的力量。塞尔达公主要林克去找三颗精灵石（其中一颗科克里翡翠已在他手上），这样他才可以进入圣地，赶在盖侬多夫之前拿到三角力量。林克首先到鼓隆城跟鼓隆族族长达鲁尼亚见面。林克帮助鼓隆族打败洞穴里的敌人首领后，族长为表谢意就把火焰精灵石“鼓隆红宝石”送给林克。之后，林克又到了卓拉部落，将卓拉族的公主露朵由卓拉族的神圣鲸鱼加卜加卜的肚里救出，露朵便把“卓拉蓝宝石”送给林克作为谢礼。
林克回到海拉鲁尔城后，目睹他噩梦中的一幕——奶妈英帕带着塞尔达公主逃跑，盖侬多夫骑马坏笑，在后面追逐。塞尔达公主看见林克，便把随身的时之笛抛进护城河，并以心灵感应教林克吹奏“时之歌”。盖侬多夫离开后，林克拾起了时之笛，吹奏时之歌，并拿出三颗精灵石，打开了通往圣地的大门。进入圣地后，林克把能够打倒邪恶的“大师之剑”由剑座拔出。此时盖侬多夫突然在林克身前出现，原来他跟踪林克进入圣地，并把三角力量夺去。
林克醒来就是七年之后，他也成为青年。在那里他遇见保护三角力量的七贤者之一，光之贤者若如，若如说林克的精神被封印了七年，好让他长大有能力挥舞大师之剑，并击倒盖侬多夫。他又说，只要七贤者集合，就可以把盖侬多夫囚禁在圣地；不过盖侬多夫把海拉鲁城变成黑暗之城，所以其中五位贤者失去了自己身为贤者的记忆。林克回到海拉鲁并遇到神秘人希克，他引领林克到五个神殿并打败里面的怪物，令神殿的力量可以唤醒失去记忆的五位贤者。
林克唤醒了五位贤者之后，希克也显露她的真正身份——时之贤者塞尔达公主。她说由于盖侬多夫心术不正，所以三角力量分裂成三块，应验了古代的预言。盖侬多夫拿走了力量三角，其余两块就由命运选定的两个人得到：塞尔达公主得到了智慧三角，而林克就得到了勇气三角。当塞尔达公主把可以击倒盖侬多夫的“光之箭”授予林克后，盖侬多夫再次出现，把塞尔达公主困在魔法水晶内，带到他的塔中囚禁。其余六位圣灵便把林克送到塔里去。经过一番恶战后林克击倒了盖侬多夫，救出塞尔达公主。他们逃出正在崩坍的海拉鲁城堡，林克却突然被火圈困住，必须再跟盖侬多夫决战。盖侬多夫以力量三角的神力，把自己变成野猪般的怪物盖侬。经过另一轮战斗，盖侬多夫已是强弩之末，在火圈外的塞尔达公主以力量暂时令盖侬多夫不得动弹，林克立即举起大师之剑击倒盖侬多夫。七贤者随即把他封印在圣地之中，但仍持有力量三角的盖侬多夫大喊会向他们的后代报仇。最后，塞尔达公主用时之笛把林克送返他的童年。游戏以林克和塞尔达公主在城堡的花园中对望作结。之后是《姆吉拉的假面》的冒险。
