在分析劇情之前，我希望大家能回顧下游戲中的以下內容。
① 北風之神之書一共出現過幾次？
② 各個時代的各個島嶼分佈以及海平面高度是怎樣的？
③ 實驗室中牆壁上的奇怪物品與對話，以及馬基時代的人物對話有哪些？
④ 先知金字塔的3個問題都是什麼？
在複習了以上知識點之後，我們開始從三方面對遊戲劇情進行解釋：
1. 這個世界是真的一直在旋轉。
這裡主要有兩處可以指代。
首先，在馬基時代，曾不止一次提及在“黑暗時代”出現過的大塊陸地，被火山掩埋的港口，以及大湮滅等，這些分別指代著主角所在的大陸，取走火之碎片後因火山爆發而毀滅的海盜巢，以及庫洛引爆武器導致的大湮滅。非馬基時代的人們，包括專門研究馬基時代的圖書館館長與Velvet都認為馬基時代為上古時代，而馬基時代卻瞭解我們時代的事情並稱之為“黑暗時代”。
其次，便是北風之神之書與海平面高度的問題。在949年，由於主角團將保存在維京村的北風之神之書交給了拉個羅格朗，導致了冰封大陸的融化，維京部落因此消亡，而整個地圖的海平面上升。而在馬基時代，Velvet則將北風之神之書的副本交給了馬基圖書館的工作人員用於換取海伯利安加農炮的使用權限。因為馬基圖書館對北風之神之書的研究，導致整個馬基圖書館所在島嶼的凍結，進而形成了冰封大陸（請注意冰封大陸與馬基圖書館所在島嶼的位置完全一致），馬基人的神秘消失或許也與此有關。實際上游戲中還有許多這個方面的暗示，在此不再過多展開。
2. “先知”真的是先知？
先知認為庫洛是末日使者，並且做出了以下預言：
（1）毀滅世界之前，要集齊5把鑰匙
（2）集齊5把鑰匙後，會有滅世洪水
（3）時光之石是必要道具。
從遊戲中的第一層來講，5把鑰匙和滅世洪水都是指代庫洛在先知小時候的事情（集齊小朋友們的五把鑰匙，進入秘密基地——下水道，並接通水管水淹下水道）。然而這並不能解釋時光之石的事情，所以就不得不說說這個預言的第二重含義了：
集齊5把鑰匙，指的是遊戲後期收集的5塊馬基鑰匙的碎片。
滅世洪水。指的是收集冰霜碎片時導致的冰封大陸的融化與海平面的快速上升。
時光之石，指的是庫洛打敗西里斯之前必須用時光之石開啟傳送門。在打敗西里斯後，時間循環得以繼續，但從另一個角度看，整個世界被永遠束縛在時間循環中出不來，世界再無變數，也就和毀滅並無二致了。所以庫洛在這種意義上，確實“毀滅”了世界，也成為了當之無愧的“末日使者”。
我想先知之所以能在百分百收集的結尾圖中露臉，可能也是想暗示大家先知的身份不簡單吧。
3. 一切的真相。
一切的一切，還要從馬基時代的分子研究中心開始說起。分子研究中心的科學家們提出了一個宏偉的計劃，將時間實體化並使其永久循環。儘管此項目遭到了很多馬基學者，甚至分子研究中心內部的學者的反對，但還是毅然決然的執行了。為了這個計劃，他們培養了三種不同的造物：
① 自然守護者，通過他們吸收大自然的力量來為項目提供無窮無盡的能源。
② 魔族，作為類人生物卻有著更大的力量與更長的壽命，用來作為勞動力。
③ 飛行守護者，即“小提基”。用來吞噬時間裂縫以掩蓋藏在時間裂縫中心區域的實體化的時間。
然而在某一天，他們遇見了時間循環會因某人而被打破，他們稱之為“時間之終”，這個人便是西里斯。於是，分子研究的學者們從研究中心中選拔出了最強的戰士——代號“吉”，並命令其穿越時空，消滅西里斯，防止時間終結。（主角開始時的場地在分子研究中心的地下室中可以找到）
代號“吉”穿越回到了949年，化名吉羅教授（在實驗室中，某個很像超夢的生物直接稱呼主角為吉羅教授，此外吉羅教授面具下的髮色與髮型均與男主一致）。他在一座明顯不屬於這個時代的實驗室中發現了兩個人，一男一女。他一眼就認出了那個男人，但那個女人他卻不認識。
為了完成計劃，他設計將兩個人傳送到了另外的不會對自己計劃產生干擾的時空。（吉羅教授的全息映像提到了他“抹除”（此處遊戲中翻譯有誤）了“他”和“那個女人”）。並在此靜待西里斯的出現。最終，尚是一個小女孩的西里斯被吉羅教授活捉。然而西里斯的力量過於強大，吉羅教授並不能將其消滅，所以只能不斷將其力量削弱，並以製造人魔大戰中可一錘定音的武器為由獲得來自帝國的支持。
然而在某一天，吉羅教授由於放鬆了警惕，被西里斯傳送到了另一個時空，面具丟失，記憶也喪失了。而這個時空正巧就是公園999年的森林。失憶的吉羅教授被芬洛斯特帶回了村莊，並被其女兒菲娜起名為庫洛。隨後，庫洛與菲娜偶然間穿越回到了949年，與幼年的西里斯相遇，然而西里斯並沒有見過吉羅教授摘下面具的樣子，所以並沒有認出來庫洛就是吉羅教授，只是把他當做一個有強大力量路人。並在之後的故事中利用庫洛一行人收集馬基鑰匙。在遊戲的最後，西里斯發現自己在與時間本體鏈接後依然無法將庫洛抹除，此時的她才意識到，庫洛，便是吉羅教授，也就是代號“吉”。因此她才會在身死之前稱呼庫洛為代號“吉”。
打敗了西里斯後的庫洛，來到了比949年還要遙遠的過去（姑且稱之為899年，當然也可能更早）。此時的他終於意識到了時間循環的真正意義，但他仍然渴望與菲娜和其他夥伴再次相遇，因此，他建立起了實驗室，並將自己存放在冷凍倉中等待菲娜等人喚醒自己。而在時間裂縫中心苦苦等不到庫洛的菲娜，也想起來了之前在實驗室當中的休眠倉，於是他便穿越回了比949年略早一點的時間（幾年後人魔大戰才打響，見實驗室牆壁貼紙），打開了休眠倉，喚醒了庫洛（遊戲結尾動畫）。之後菲娜與庫洛便在實驗室開始了與世隔絕的生活（實驗室內有很多菲娜喜歡的物品），並有了一個孩子（牆壁上寫著孩子已經三歲並喜歡和父親相同的工作）。
但就在某天，吉羅教授，也就是過去的庫洛創了進來，他一眼就認出了男人是未來的自己，但他並不認識菲娜。為了不讓他們干擾自己，吉羅博士將他們傳送到了未來的村莊，因為按照正常時間線，未來的村莊本不應該存在，將二人傳送到那裡，他們便無法在干擾自己。然而因為庫洛有著時間穿越的能力，最終只有菲娜被困在那個時空。（大湮滅被抹除後，未來的村莊的老女人同樣是綠色頭髮，且按年齡推算和該理論下的菲娜基本一致）。而明白一切的庫洛已無心在參與時空中的紛爭，故將自己的孩子安置在風之谷後便悄然離去。這個孩子便是999年在風之谷搞發明的發明家西德（西德的髮色和主角完全一致，且遊戲中沒有其他人有這種髮色）。離去後的庫洛，選擇留在1049年的風之谷，為自己的孩子終生守靈，他就是風之谷的那個掃地老人。（老人的髮型和男主相近，且在片尾老人出現在了時空裂縫中說明他也有時間穿越的能力。老人在與庫洛相遇後說的看透一切的話語也能佐證。）
至此便是我們整個故事的真相了。
也許這個理論並不完全正確，也可能有很多朋友有很多不同的觀點，在此歡迎各位在評論區討論。