在分析剧情之前，我希望大家能回顾下游戏中的以下内容。
① 北风之神之书一共出现过几次？
② 各个时代的各个岛屿分布以及海平面高度是怎样的？
③ 实验室中墙壁上的奇怪物品与对话，以及马基时代的人物对话有哪些？
④ 先知金字塔的3个问题都是什么？
在复习了以上知识点之后，我们开始从三方面对游戏剧情进行解释：
1. 这个世界是真的一直在旋转。
这里主要有两处可以指代。
首先，在马基时代，曾不止一次提及在“黑暗时代”出现过的大块陆地，被火山掩埋的港口，以及大湮灭等，这些分别指代着主角所在的大陆，取走火之碎片后因火山爆发而毁灭的海盗巢，以及库洛引爆武器导致的大湮灭。非马基时代的人们，包括专门研究马基时代的图书馆馆长与Velvet都认为马基时代为上古时代，而马基时代却了解我们时代的事情并称之为“黑暗时代”。
其次，便是北风之神之书与海平面高度的问题。在949年，由于主角团将保存在维京村的北风之神之书交给了拉个罗格朗，导致了冰封大陆的融化，维京部落因此消亡，而整个地图的海平面上升。而在马基时代，Velvet则将北风之神之书的副本交给了马基图书馆的工作人员用于换取海伯利安加农炮的使用权限。因为马基图书馆对北风之神之书的研究，导致整个马基图书馆所在岛屿的冻结，进而形成了冰封大陆（请注意冰封大陆与马基图书馆所在岛屿的位置完全一致），马基人的神秘消失或许也与此有关。实际上游戏中还有许多这个方面的暗示，在此不再过多展开。
2. “先知”真的是先知？
先知认为库洛是末日使者，并且做出了以下预言：
（1）毁灭世界之前，要集齐5把钥匙
（2）集齐5把钥匙后，会有灭世洪水
（3）时光之石是必要道具。
从游戏中的第一层来讲，5把钥匙和灭世洪水都是指代库洛在先知小时候的事情（集齐小朋友们的五把钥匙，进入秘密基地——下水道，并接通水管水淹下水道）。然而这并不能解释时光之石的事情，所以就不得不说说这个预言的第二重含义了：
集齐5把钥匙，指的是游戏后期收集的5块马基钥匙的碎片。
灭世洪水。指的是收集冰霜碎片时导致的冰封大陆的融化与海平面的快速上升。
时光之石，指的是库洛打败西里斯之前必须用时光之石开启传送门。在打败西里斯后，时间循环得以继续，但从另一个角度看，整个世界被永远束缚在时间循环中出不来，世界再无变数，也就和毁灭并无二致了。所以库洛在这种意义上，确实“毁灭”了世界，也成为了当之无愧的“末日使者”。
我想先知之所以能在百分百收集的结尾图中露脸，可能也是想暗示大家先知的身份不简单吧。
3. 一切的真相。
一切的一切，还要从马基时代的分子研究中心开始说起。分子研究中心的科学家们提出了一个宏伟的计划，将时间实体化并使其永久循环。尽管此项目遭到了很多马基学者，甚至分子研究中心内部的学者的反对，但还是毅然决然的执行了。为了这个计划，他们培养了三种不同的造物：
① 自然守护者，通过他们吸收大自然的力量来为项目提供无穷无尽的能源。
② 魔族，作为类人生物却有着更大的力量与更长的寿命，用来作为劳动力。
③ 飞行守护者，即“小提基”。用来吞噬时间裂缝以掩盖藏在时间裂缝中心区域的实体化的时间。
然而在某一天，他们遇见了时间循环会因某人而被打破，他们称之为“时间之终”，这个人便是西里斯。于是，分子研究的学者们从研究中心中选拔出了最强的战士——代号“吉”，并命令其穿越时空，消灭西里斯，防止时间终结。（主角开始时的场地在分子研究中心的地下室中可以找到）
代号“吉”穿越回到了949年，化名吉罗教授（在实验室中，某个很像超梦的生物直接称呼主角为吉罗教授，此外吉罗教授面具下的发色与发型均与男主一致）。他在一座明显不属于这个时代的实验室中发现了两个人，一男一女。他一眼就认出了那个男人，但那个女人他却不认识。
为了完成计划，他设计将两个人传送到了另外的不会对自己计划产生干扰的时空。（吉罗教授的全息映像提到了他“抹除”（此处游戏中翻译有误）了“他”和“那个女人”）。并在此静待西里斯的出现。最终，尚是一个小女孩的西里斯被吉罗教授活捉。然而西里斯的力量过于强大，吉罗教授并不能将其消灭，所以只能不断将其力量削弱，并以制造人魔大战中可一锤定音的武器为由获得来自帝国的支持。
然而在某一天，吉罗教授由于放松了警惕，被西里斯传送到了另一个时空，面具丢失，记忆也丧失了。而这个时空正巧就是公园999年的森林。失忆的吉罗教授被芬洛斯特带回了村庄，并被其女儿菲娜起名为库洛。随后，库洛与菲娜偶然间穿越回到了949年，与幼年的西里斯相遇，然而西里斯并没有见过吉罗教授摘下面具的样子，所以并没有认出来库洛就是吉罗教授，只是把他当做一个有强大力量路人。并在之后的故事中利用库洛一行人收集马基钥匙。在游戏的最后，西里斯发现自己在与时间本体链接后依然无法将库洛抹除，此时的她才意识到，库洛，便是吉罗教授，也就是代号“吉”。因此她才会在身死之前称呼库洛为代号“吉”。
打败了西里斯后的库洛，来到了比949年还要遥远的过去（姑且称之为899年，当然也可能更早）。此时的他终于意识到了时间循环的真正意义，但他仍然渴望与菲娜和其他伙伴再次相遇，因此，他建立起了实验室，并将自己存放在冷冻仓中等待菲娜等人唤醒自己。而在时间裂缝中心苦苦等不到库洛的菲娜，也想起来了之前在实验室当中的休眠仓，于是他便穿越回了比949年略早一点的时间（几年后人魔大战才打响，见实验室墙壁贴纸），打开了休眠仓，唤醒了库洛（游戏结尾动画）。之后菲娜与库洛便在实验室开始了与世隔绝的生活（实验室内有很多菲娜喜欢的物品），并有了一个孩子（墙壁上写着孩子已经三岁并喜欢和父亲相同的工作）。
但就在某天，吉罗教授，也就是过去的库洛创了进来，他一眼就认出了男人是未来的自己，但他并不认识菲娜。为了不让他们干扰自己，吉罗博士将他们传送到了未来的村庄，因为按照正常时间线，未来的村庄本不应该存在，将二人传送到那里，他们便无法在干扰自己。然而因为库洛有着时间穿越的能力，最终只有菲娜被困在那个时空。（大湮灭被抹除后，未来的村庄的老女人同样是绿色头发，且按年龄推算和该理论下的菲娜基本一致）。而明白一切的库洛已无心在参与时空中的纷争，故将自己的孩子安置在风之谷后便悄然离去。这个孩子便是999年在风之谷搞发明的发明家西德（西德的发色和主角完全一致，且游戏中没有其他人有这种发色）。离去后的库洛，选择留在1049年的风之谷，为自己的孩子终生守灵，他就是风之谷的那个扫地老人。（老人的发型和男主相近，且在片尾老人出现在了时空裂缝中说明他也有时间穿越的能力。老人在与库洛相遇后说的看透一切的话语也能佐证。）
至此便是我们整个故事的真相了。
也许这个理论并不完全正确，也可能有很多朋友有很多不同的观点，在此欢迎各位在评论区讨论。