自大引發的錯誤
1191年，此時的薩拉森人已經佔據耶路撒冷三年之久，貴族們開始向百姓徵稅，籌備第三次十字軍東征，以奪回聖地。已經成為刺客大師的阿泰爾和他的夥伴馬利克、卡達爾正在向耶路撒冷的所羅門神殿廢墟前進，他們奉阿爾莫林之命尋找聖殿騎士發現的某樣物品。
在前往神廟的地下甬道中，三人發現了一位神父，作為團隊的領袖，阿泰爾下令停下腳步。他們靜靜的聽著神父低語，兩名夥伴等待著阿泰爾的指示，而阿泰爾的內心在想著如何解決這個手無寸鐵的傢伙。他亮出袖劍，不顧馬利克的阻攔，迅速解決了神父。馬利克為他無視教條的舉動而憤怒，卡達爾則為阿泰爾的手法激動不已。短暫的爭吵過後，馬利克成了小隊的前鋒，矛盾暫時平息。
在神殿的大廳中，他們找到了目標——疑似傳說中的“契約之櫃”，除此以外，他們還看到了正在向手下發令的聖殿騎士大團長羅伯特·德·賽布爾。阿泰爾再一次變得衝動，“他的命是我的了。”他說。
馬利克再一次阻止，因為此時的阿泰爾已經違背了兩則信條，他不希望第三條也被違反。可惜自大的阿泰爾完全聽不進去，他搬出了自己的地位以壓人一頭，然後來到地面，向著那群聖殿騎士走去。
羅伯特開口，但阿泰爾直接衝了上去，可惜被一招制服。羅伯特警告阿泰爾自己留他一命是為了讓他回去報信，刺客應儘快放棄馬斯亞夫，說完便把阿泰爾丟出了大廳。瓦礫落下封住了通道，只能聽見大廳裡羅伯特下令殺掉剩下的刺客。帶著恥辱，阿泰爾走出神殿，眼前的耶路撒冷籠罩在陽光裡。
五天長途跋涉後阿泰爾回到馬斯亞夫，在村口他遇到了拉烏夫，對方給予他熱烈的歡迎並告訴他阿爾莫林仍在要塞的塔樓中。在要塞門口阿泰爾又遇到了阿巴斯，相互譏諷一番後他找到阿爾莫林，在對方期許的目光中報告了任務失敗的消息。阿爾莫林狠狠的斥責了阿泰爾，“你的同伴呢？”他問。“死了”，這時另一個聲音突然插入，“沒死。”兩人轉頭，看到了渾身是傷的馬利克。
憤怒完完全全寫在馬利克臉上，他把卡達爾的死歸咎於阿泰爾，阿泰爾試圖辯解，但馬利克拿出了他們的目標，這下狠狠的打了阿泰爾的臉。還沒等幾人再說什麼，兵刃相接的聲音便傳入了塔樓——羅伯特帶人包圍了馬斯亞夫。來不及繼續指責，阿爾莫林把迎敵的任務交給了阿泰爾，而阿泰爾也慶幸自己得到了喘息和將功補過的機會。
戰鬥，廝殺，一名騎士倒下了，緊接著又是一名。刺客和騎士搏鬥著，手無寸鐵的村民奔逃著。揮劍的動作有些遲緩了，阿泰爾開始感到力不從心，此時的他正站在城牆之下。
“阿泰爾，上來，讓我們給這些傢伙一個驚喜。”
阿泰爾爬上城牆，趁著阿爾莫林拖延羅伯特的機會，他和拉烏夫以及另一名刺客跳下高塔，繞到了聖殿騎士後方。依靠提前設置的滾木，阿泰爾沉重打擊了敵人，迫使他們撤離。
阿爾莫林讚揚了阿泰爾的表現，但這是因為他這次聽從了命令，如果之前阿泰爾也能如此那麼所羅門神殿的事就不會發生。阿泰爾試圖辯解，又遭到了阿爾莫林的斥責，阿泰爾違反三守則的行為已經使他被視作叛徒，作為懲戒，阿爾莫林用匕首刺向阿泰爾。
重頭開始
醒來後，阿泰爾發現自己並沒有死，阿爾莫林只是想讓他認識到應付出的代價。他再次向阿泰爾強調了刺客追求的東西，並指出了阿泰爾內在的問題——自大，隨意行事。但是阿爾莫林並不願讓阿泰爾償命，因為那是對他才能和多年培養的浪費。阿泰爾被剝奪了一切，重新成為刺客新手，他需要自己贏回其他人的認可。首先，他需要證明自己還知道如何當一名刺客——他得找到組織中的叛徒，那個向羅伯特透露消息之人。
來到要塞門口，一名刺客重新向阿泰爾介紹了獲取情報的方法，阿泰爾試圖從對方口中問出叛徒的信息，卻被告知他需要親自調查。於是阿泰爾來到了村裡的集市。
偷聽、扒竊、拷問，阿泰爾成成功完成了任務，將叛徒帶到了阿爾莫林面前，作為獎勵，他贏回了自己的佩劍和裝備。但是真正的考驗才剛剛開始，阿爾莫林拿出了一份名單，上面寫著九個需要殺死的目標，他們是一切災禍的源頭。就這樣，阿泰爾踏上了自己的救贖之路。
追殺九人
名單上的第一人是大馬士革的塔米爾。但阿泰爾不能獨自行動，按照阿爾莫林的要求，他要聽從當地拉菲克的指揮。拉菲克拒絕了阿泰爾直接行動的請求，收集情報才是首先要做的。阿泰爾打聽到塔米爾掌控著大馬士革的市場，而且最近為了武器生意要開一場會議，那些武器並非提供給薩拉丁。他將這些信息反饋給拉菲克，這次阿泰爾被允許開始刺殺。在市場 ，阿泰爾目睹了憤怒的塔米爾殺死了來向他彙報的商人，當他發洩完後，阿泰爾結束了他的生命。臨死前，塔米爾透露他們在進行一項神聖的事業，而他的同伴會讓阿泰爾付出代價。在拉菲克的要求下，阿泰爾返回向阿爾莫林覆命。
阿泰爾因為塔米爾的遺言提出了疑問，但阿爾莫林沒有回答，只是說現在的隱瞞是為了防止阿泰爾再次犯錯。但因為第一項任務的成功，阿泰爾的刺客等級得到了提升，接下來他需要去阿卡和耶路撒冷刺殺後續目標。
阿泰爾首先了解了阿卡的現狀。此時的阿卡已成為十字軍的駐地，上次投毒事件給這片地區留下的影響仍未消除，這裡彷彿人間地獄，只有十字軍所在處未受波及。此次目標是醫院騎士團的領袖加尼耶·德·納布盧斯，阿泰爾找到了當地的拉菲克——傑貝爾，傑貝爾告訴阿泰爾目標的營房在十字軍駐地之內。在隨後的調查中，阿泰爾獲知加尼耶正在用耶路撒冷的百姓進行人體實驗，而塔米爾正是在為此收集武器，此外他也搞清了加尼耶的活動規律，之後他得知阿泰爾已計劃周全後，傑貝爾批准了刺殺行動。阿泰爾潛入目標所在的醫院，看到一名囚犯試圖出逃，加尼耶試圖用假惺惺的語言安撫逃犯，但是沒有作用，於是命令守衛打斷了囚犯的腿。隨後加尼耶繼續在醫院中巡視，阿泰爾看到有人咒罵他，可還有人向加尼耶表示著由衷的感謝，沒時間多想，阿泰爾伸出了袖劍。臨死時，加尼耶說出他先前使用伊甸碎片進行實驗，當阿泰爾偷走碎片後則改用藥物，但他始終認為自己是在拯救那些生活在困境中的人們，是在治癒那些人心靈上的創傷。之後阿泰爾打倒守衛逃離醫院，他想起阿爾莫林桌上的盒子，那和加尼耶所說的碎片有什麼關係嗎？他還在想加尼耶所做的究竟是否正確。
阿泰爾將自己的疑惑告訴了導師，阿爾莫林將一切歸咎於藥物，那些感激之情不過是藥物影響所致。
耶路撒冷是阿泰爾的下一個目的地，而這裡的刺客領袖叫做馬利克。兩人見面後又是一場唇槍舌戰，但看到馬利克空空的左袖後，阿泰爾選擇放低自己的姿態。馬利克不情願地提供了與目標塔拉勒有關的線索，阿泰爾將自己對馬利克的認可暗藏於心，開始調查。塔拉爾是人口販子，也就是他在向拉尼耶提供實驗素材。塔拉爾把那些被囚之人關在北邊的倉庫，阿泰爾將在對方巡視囚犯時下手。獲得刺殺許可後，阿泰爾來到那間倉庫，門立刻關閉，他落入了塔拉爾的圈套。擊敗伏兵後阿泰爾一路追擊，最終結束了塔米爾的性命。塔米爾告訴阿泰爾，神遺棄了信徒，他也只是在拯救那些可憐人，但他們的行動被奉命行事的阿泰爾打斷。他嘲諷了阿泰爾的無知，並表明阿爾莫林不是唯一想掌控聖地之人。馬利克對阿泰爾張揚的表現表示了不滿，不願爭辯的他將阿泰爾趕回馬斯亞夫。
這次阿爾莫林向阿泰爾介紹了十字軍同薩拉森人的戰況，刺客的任務才剛剛開始。他打消了阿泰爾復仇的想法，讓他把注意力放在那些城市管理者身上。接下來的目標是阿布爾·努庫德，大馬士革最富有的人。馬吉德·阿丁，耶路撒冷的統治者。還有威廉·德·蒙特費拉特，阿卡的攝政王。每解決一位，阿泰爾都需要回來報告。同時，阿泰爾的行動已經引起了各地守衛的關注。
又一次來到阿卡，傑貝爾說明了所有有關威廉的情報，包括其住所以及威廉的質子身份——英王理查德利用其牽制威廉之子康拉德，阿泰爾開始了調查。得知威廉正為理查德的到訪憂心時，阿泰爾意識到這便是機會。當他趕到堡壘附近時，正好趕上威廉和理查德的爭吵，接著理查德憤然離去，威廉則回到堡壘當中。趁此機會阿泰爾登上城牆，在威廉對手下訓話時，阿泰爾一躍而下。和先前的目標們一樣，血泊中的威廉也有自己的說辭，他所做的一切——為奪取阿卡所做的努力，都是為了讓阿卡的百姓做好進入新世界的準備。但阿泰爾堅持認為對方的手段過於殘酷，必須停止。威廉對阿泰爾的想法不屑一顧，“等著瞧，你並沒有解救這座城市，而是毀了它。”
那些遺言令阿泰爾的內心開始動搖，他希望阿爾莫林實話實說，可對方依舊含糊其辭，沒有辦法的阿泰爾只能趕赴自己的下一個目標。
為了刺殺阿布爾，阿泰爾回到了大馬士革。阿布爾喜歡榨取人民的財富滿足自己，最近他將舉辦一場盛大的宴會，這也就是刺殺之時。夜幕降臨，阿泰爾潛入宴會，阿布爾開始致辭，但阿泰爾注意到周圍不知何時站滿了弓箭手。臺上的阿布爾突然變臉，開始指責臺下的賓客，他說是這些人的恐懼與仇恨才造成現在的戰爭，而他要將所有人帶入和平的新世界，不過臺下的客人沒有這個機會，因為他們已經飲下了他提前下毒的酒水。賓客們或倒下，或尖叫，或奔逃，弓箭手在阿布爾的命令下開始射擊。混亂當中，阿泰爾殺死護衛，一劍刺入阿布爾的脖子。趁著阿布爾還有氣，阿泰爾詢問了那些被掠奪的財富的去向，他想知道是否是為了薩拉丁發起的這場戰爭，但回答是否定的。至於那些邪惡的行徑，都是為了偉大的事業，這點他和阿泰爾並無不同，而且新世界的到來不可阻止。
爭吵再次爆發，迫不得已之下，阿爾莫林透露了目標們的身份——聖殿騎士，也就是羅伯特的黨羽。而他們的所作所為都是為了替他們自己征服聖地。理查德和薩拉丁都是阻攔他們事業的人，所以也會被騎士消滅。至於為什麼隱瞞這些事，他只是希望阿泰爾能自己找到真相，關於那件從神廟帶出的寶物，他告訴阿泰爾那就是所謂的伊甸碎片。
第六名目標，耶路撒冷的馬吉德，在薩拉丁離開後，這傢伙將自己任命為此地的統治者，讓耶路撒冷籠罩在他的陰影之中。這次阿泰爾表現出了對馬利克的尊重，這讓馬利剋意外，也使他欣然提供了情報，但馬利克依舊不認為阿泰爾足夠專業。這次的刺殺將在一處處刑現場進行，阿泰爾必須保證馬吉德無法殺死囚犯當中的刺客同袍。可惜阿泰爾再次無視了馬利克的提醒，他直接登上處刑臺，在眾目睽睽之下殺死了目標。馬吉德倒在地上，他沒有辯解，他所做的一切只是為了使用自己的權利，而且在他眼中，那些持不同信仰的人也並非無辜。鐘聲響起，馬吉德斷氣，阿泰爾被守衛圍在了處刑臺之上。混戰中，阿泰爾注意到那名刺客已被救走，這使他放下心來，逃離現場，但刺殺的消息已經傳遍了全城。
回到聖地，這次阿泰爾準備問個清楚，他想知道為什麼這些城市的管理者都背叛了各自的領袖。阿爾莫林告訴他，那些聖殿騎士想以騎士之名統治那些土地，進而控制整個聖地，但由於碎片還在馬斯亞夫，所以騎士們的目標永遠無法實現。阿泰爾終於看到了那碎片的樣子——一個發著光的金球。但恍惚間，金球又成了一件普通的裝飾品。阿爾莫林向阿泰爾講述了這件神器的力量：控制他人的內心與靈魂。那些騎士想要利用它將民眾全部掌控，從而建成完美的世界，他們不會停止奪取碎片的行動，因此羅伯特和他的同黨們都必須死。現在還有兩名騎士，阿卡的西布蘭特，大馬士革的朱巴爾。此時，他們應該預料到了阿泰爾的到來，但阿泰爾對自己充滿信心。
大馬士革的朱巴爾是薩拉丁的首席學者，近些日子他一直在發動人上街佈道，宣揚新世界的到來。阿泰爾發現這個喪心病狂的傢伙正在焚書，想要清除這座城中的知識，他決定在朱巴爾召開的會議上刺殺他。為了安全，朱巴爾將自己和手下扮成同樣模樣，但這瞞不過阿泰爾的眼睛，這個瘋狂的人燒死了反對他的學者，阿泰爾飛身撲上，袖劍的光芒一閃而過。阿泰爾認為朱巴爾作為學者，卻忽略了教育的力量，但朱巴爾覺得那些人已經病入膏肓，只有武力才能挽救。
幾經波折，層層提升，阿泰爾終於恢復了刺客大師的身份。可阿爾莫林還需要進行確認。
“何為真實？”
“堅守信仰。我們看到世界的真實，期望著全人類都能得見。”
“何為世界？”
“一種幻覺，大部分人選擇順從，而我們可以將它超越。
“如何超越？”
“認識到戒律源自理性。信條並非指引我們追求自由，而是引導我們走向智慧。”
現在，阿泰爾已經理解了信條的真諦，下一步是解決西布蘭德。
阿卡，這座飽經戰火的城市瀰漫著死亡的氣息。西布蘭德最近被提拔為條頓騎士團的首領，其駐地是阿卡的港口。夥伴一個個倒下，恐懼折磨著他，他將港口封鎖，等待著接應的船到來。臨行前，傑貝爾為過去的不信任向阿泰爾道歉，阿泰爾則承認了自己過去的狂妄。現在，阿泰爾走在前往港口的路上，封鎖線對他而言就像不存在一般，他看到瘋狂的西布蘭德出於猜忌對手下痛下殺手，看到他警惕的四處張望，看到他登上甲板。這個蠢貨保護不了自己，阿泰爾輕鬆殺死了他。臨死囈語中，阿泰爾驚訝地得知西布蘭德沒有信仰，而他所做的一切在他看來是為了將這片土地的人民從信仰的獨裁中解放。
現在，攔在阿泰爾與勝利前的僅有羅伯特一人。不過阿泰爾仍對伊甸碎片的能效心存疑慮，阿爾莫林解釋說，伊甸碎片即是具象化的誘惑，在羅伯特看來這是能實現他追求的工具。阿爾莫林進一步告訴阿泰爾，他發現羅伯特在追求的也是和平，是一個所有人團結在一起的世界，正是阿泰爾讓他認識到了這一點，但羅伯特的手段是錯誤的，那是武力，是對自由意志的剝奪，因此羅伯特需要被阻止，而方法只有一個，殺死他。去耶路撒冷，阿泰爾得結束這一切。在動身前，阿泰爾發現了阿巴斯的視線，不過現在不是重提舊恨的時候。
馬利克證實了羅伯特出現在耶路撒冷的消息，但他希望阿泰爾不要被複仇所矇蔽，而阿泰爾的回應令馬利剋意識到這個男人發生了改變。阿泰爾意識到聖殿騎士潛藏在十字軍中，他們誤導了理查德大帝，實際上追隨著羅伯特的指示想要結束戰爭。現在羅伯特來到耶路撒冷，為了參加馬吉德的葬禮，並展現十字軍和薩拉森人已經建立友誼，阿泰爾也將前往葬禮的現場。當然，阿泰爾也想先向馬利克表達自己的歉意，不過在馬利克看來，阿泰爾已經實現了蛻變，因此這份道歉也無從談起，現在他們是一個整體，共同分享喜悅承擔痛苦的整體。
馬吉德的葬禮現場十分樸素，阿泰爾潛藏在人群當中，卻早已被有所準備的聖殿騎士伏擊。打倒伏兵後，阿泰爾突然意識到那個發號施令的“羅伯特”，發出的是一個女人的聲音！他打倒這名替身，摘下對方的頭盔，想在殺死其之前看看她的長相。那個女人承認了自己只是誘餌，雖然阿泰爾確實阻礙了他們都計劃，使聖殿騎士失去了對聖地的控制，但此刻羅伯特早已前往阿爾蘇夫，他將聯合十字軍和薩拉森人一起對抗刺客，至於理由就用阿泰爾這段時間殺死的那些目標。瞭解當前情況後，因為這個女人並非羅伯特，所以阿泰爾放走了她。
