自大引发的错误
1191年，此时的萨拉森人已经占据耶路撒冷三年之久，贵族们开始向百姓征税，筹备第三次十字军东征，以夺回圣地。已经成为刺客大师的阿泰尔和他的伙伴马利克、卡达尔正在向耶路撒冷的所罗门神殿废墟前进，他们奉阿尔莫林之命寻找圣殿骑士发现的某样物品。
在前往神庙的地下甬道中，三人发现了一位神父，作为团队的领袖，阿泰尔下令停下脚步。他们静静的听着神父低语，两名伙伴等待着阿泰尔的指示，而阿泰尔的内心在想着如何解决这个手无寸铁的家伙。他亮出袖剑，不顾马利克的阻拦，迅速解决了神父。马利克为他无视教条的举动而愤怒，卡达尔则为阿泰尔的手法激动不已。短暂的争吵过后，马利克成了小队的前锋，矛盾暂时平息。
在神殿的大厅中，他们找到了目标——疑似传说中的“契约之柜”，除此以外，他们还看到了正在向手下发令的圣殿骑士大团长罗伯特·德·赛布尔。阿泰尔再一次变得冲动，“他的命是我的了。”他说。
马利克再一次阻止，因为此时的阿泰尔已经违背了两则信条，他不希望第三条也被违反。可惜自大的阿泰尔完全听不进去，他搬出了自己的地位以压人一头，然后来到地面，向着那群圣殿骑士走去。
罗伯特开口，但阿泰尔直接冲了上去，可惜被一招制服。罗伯特警告阿泰尔自己留他一命是为了让他回去报信，刺客应尽快放弃马斯亚夫，说完便把阿泰尔丢出了大厅。瓦砾落下封住了通道，只能听见大厅里罗伯特下令杀掉剩下的刺客。带着耻辱，阿泰尔走出神殿，眼前的耶路撒冷笼罩在阳光里。
五天长途跋涉后阿泰尔回到马斯亚夫，在村口他遇到了拉乌夫，对方给予他热烈的欢迎并告诉他阿尔莫林仍在要塞的塔楼中。在要塞门口阿泰尔又遇到了阿巴斯，相互讥讽一番后他找到阿尔莫林，在对方期许的目光中报告了任务失败的消息。阿尔莫林狠狠的斥责了阿泰尔，“你的同伴呢？”他问。“死了”，这时另一个声音突然插入，“没死。”两人转头，看到了浑身是伤的马利克。
愤怒完完全全写在马利克脸上，他把卡达尔的死归咎于阿泰尔，阿泰尔试图辩解，但马利克拿出了他们的目标，这下狠狠的打了阿泰尔的脸。还没等几人再说什么，兵刃相接的声音便传入了塔楼——罗伯特带人包围了马斯亚夫。来不及继续指责，阿尔莫林把迎敌的任务交给了阿泰尔，而阿泰尔也庆幸自己得到了喘息和将功补过的机会。
战斗，厮杀，一名骑士倒下了，紧接着又是一名。刺客和骑士搏斗着，手无寸铁的村民奔逃着。挥剑的动作有些迟缓了，阿泰尔开始感到力不从心，此时的他正站在城墙之下。
“阿泰尔，上来，让我们给这些家伙一个惊喜。”
阿泰尔爬上城墙，趁着阿尔莫林拖延罗伯特的机会，他和拉乌夫以及另一名刺客跳下高塔，绕到了圣殿骑士后方。依靠提前设置的滚木，阿泰尔沉重打击了敌人，迫使他们撤离。
阿尔莫林赞扬了阿泰尔的表现，但这是因为他这次听从了命令，如果之前阿泰尔也能如此那么所罗门神殿的事就不会发生。阿泰尔试图辩解，又遭到了阿尔莫林的斥责，阿泰尔违反三守则的行为已经使他被视作叛徒，作为惩戒，阿尔莫林用匕首刺向阿泰尔。
重头开始
醒来后，阿泰尔发现自己并没有死，阿尔莫林只是想让他认识到应付出的代价。他再次向阿泰尔强调了刺客追求的东西，并指出了阿泰尔内在的问题——自大，随意行事。但是阿尔莫林并不愿让阿泰尔偿命，因为那是对他才能和多年培养的浪费。阿泰尔被剥夺了一切，重新成为刺客新手，他需要自己赢回其他人的认可。首先，他需要证明自己还知道如何当一名刺客——他得找到组织中的叛徒，那个向罗伯特透露消息之人。
来到要塞门口，一名刺客重新向阿泰尔介绍了获取情报的方法，阿泰尔试图从对方口中问出叛徒的信息，却被告知他需要亲自调查。于是阿泰尔来到了村里的集市。
偷听、扒窃、拷问，阿泰尔成成功完成了任务，将叛徒带到了阿尔莫林面前，作为奖励，他赢回了自己的佩剑和装备。但是真正的考验才刚刚开始，阿尔莫林拿出了一份名单，上面写着九个需要杀死的目标，他们是一切灾祸的源头。就这样，阿泰尔踏上了自己的救赎之路。
追杀九人
名单上的第一人是大马士革的塔米尔。但阿泰尔不能独自行动，按照阿尔莫林的要求，他要听从当地拉菲克的指挥。拉菲克拒绝了阿泰尔直接行动的请求，收集情报才是首先要做的。阿泰尔打听到塔米尔掌控着大马士革的市场，而且最近为了武器生意要开一场会议，那些武器并非提供给萨拉丁。他将这些信息反馈给拉菲克，这次阿泰尔被允许开始刺杀。在市场 ，阿泰尔目睹了愤怒的塔米尔杀死了来向他汇报的商人，当他发泄完后，阿泰尔结束了他的生命。临死前，塔米尔透露他们在进行一项神圣的事业，而他的同伴会让阿泰尔付出代价。在拉菲克的要求下，阿泰尔返回向阿尔莫林复命。
阿泰尔因为塔米尔的遗言提出了疑问，但阿尔莫林没有回答，只是说现在的隐瞒是为了防止阿泰尔再次犯错。但因为第一项任务的成功，阿泰尔的刺客等级得到了提升，接下来他需要去阿卡和耶路撒冷刺杀后续目标。
阿泰尔首先了解了阿卡的现状。此时的阿卡已成为十字军的驻地，上次投毒事件给这片地区留下的影响仍未消除，这里仿佛人间地狱，只有十字军所在处未受波及。此次目标是医院骑士团的领袖加尼耶·德·纳布卢斯，阿泰尔找到了当地的拉菲克——杰贝尔，杰贝尔告诉阿泰尔目标的营房在十字军驻地之内。在随后的调查中，阿泰尔获知加尼耶正在用耶路撒冷的百姓进行人体实验，而塔米尔正是在为此收集武器，此外他也搞清了加尼耶的活动规律，之后他得知阿泰尔已计划周全后，杰贝尔批准了刺杀行动。阿泰尔潜入目标所在的医院，看到一名囚犯试图出逃，加尼耶试图用假惺惺的语言安抚逃犯，但是没有作用，于是命令守卫打断了囚犯的腿。随后加尼耶继续在医院中巡视，阿泰尔看到有人咒骂他，可还有人向加尼耶表示着由衷的感谢，没时间多想，阿泰尔伸出了袖剑。临死时，加尼耶说出他先前使用伊甸碎片进行实验，当阿泰尔偷走碎片后则改用药物，但他始终认为自己是在拯救那些生活在困境中的人们，是在治愈那些人心灵上的创伤。之后阿泰尔打倒守卫逃离医院，他想起阿尔莫林桌上的盒子，那和加尼耶所说的碎片有什么关系吗？他还在想加尼耶所做的究竟是否正确。
阿泰尔将自己的疑惑告诉了导师，阿尔莫林将一切归咎于药物，那些感激之情不过是药物影响所致。
耶路撒冷是阿泰尔的下一个目的地，而这里的刺客领袖叫做马利克。两人见面后又是一场唇枪舌战，但看到马利克空空的左袖后，阿泰尔选择放低自己的姿态。马利克不情愿地提供了与目标塔拉勒有关的线索，阿泰尔将自己对马利克的认可暗藏于心，开始调查。塔拉尔是人口贩子，也就是他在向拉尼耶提供实验素材。塔拉尔把那些被囚之人关在北边的仓库，阿泰尔将在对方巡视囚犯时下手。获得刺杀许可后，阿泰尔来到那间仓库，门立刻关闭，他落入了塔拉尔的圈套。击败伏兵后阿泰尔一路追击，最终结束了塔米尔的性命。塔米尔告诉阿泰尔，神遗弃了信徒，他也只是在拯救那些可怜人，但他们的行动被奉命行事的阿泰尔打断。他嘲讽了阿泰尔的无知，并表明阿尔莫林不是唯一想掌控圣地之人。马利克对阿泰尔张扬的表现表示了不满，不愿争辩的他将阿泰尔赶回马斯亚夫。
这次阿尔莫林向阿泰尔介绍了十字军同萨拉森人的战况，刺客的任务才刚刚开始。他打消了阿泰尔复仇的想法，让他把注意力放在那些城市管理者身上。接下来的目标是阿布尔·努库德，大马士革最富有的人。马吉德·阿丁，耶路撒冷的统治者。还有威廉·德·蒙特费拉特，阿卡的摄政王。每解决一位，阿泰尔都需要回来报告。同时，阿泰尔的行动已经引起了各地守卫的关注。
又一次来到阿卡，杰贝尔说明了所有有关威廉的情报，包括其住所以及威廉的质子身份——英王理查德利用其牵制威廉之子康拉德，阿泰尔开始了调查。得知威廉正为理查德的到访忧心时，阿泰尔意识到这便是机会。当他赶到堡垒附近时，正好赶上威廉和理查德的争吵，接着理查德愤然离去，威廉则回到堡垒当中。趁此机会阿泰尔登上城墙，在威廉对手下训话时，阿泰尔一跃而下。和先前的目标们一样，血泊中的威廉也有自己的说辞，他所做的一切——为夺取阿卡所做的努力，都是为了让阿卡的百姓做好进入新世界的准备。但阿泰尔坚持认为对方的手段过于残酷，必须停止。威廉对阿泰尔的想法不屑一顾，“等着瞧，你并没有解救这座城市，而是毁了它。”
那些遗言令阿泰尔的内心开始动摇，他希望阿尔莫林实话实说，可对方依旧含糊其辞，没有办法的阿泰尔只能赶赴自己的下一个目标。
为了刺杀阿布尔，阿泰尔回到了大马士革。阿布尔喜欢榨取人民的财富满足自己，最近他将举办一场盛大的宴会，这也就是刺杀之时。夜幕降临，阿泰尔潜入宴会，阿布尔开始致辞，但阿泰尔注意到周围不知何时站满了弓箭手。台上的阿布尔突然变脸，开始指责台下的宾客，他说是这些人的恐惧与仇恨才造成现在的战争，而他要将所有人带入和平的新世界，不过台下的客人没有这个机会，因为他们已经饮下了他提前下毒的酒水。宾客们或倒下，或尖叫，或奔逃，弓箭手在阿布尔的命令下开始射击。混乱当中，阿泰尔杀死护卫，一剑刺入阿布尔的脖子。趁着阿布尔还有气，阿泰尔询问了那些被掠夺的财富的去向，他想知道是否是为了萨拉丁发起的这场战争，但回答是否定的。至于那些邪恶的行径，都是为了伟大的事业，这点他和阿泰尔并无不同，而且新世界的到来不可阻止。
争吵再次爆发，迫不得已之下，阿尔莫林透露了目标们的身份——圣殿骑士，也就是罗伯特的党羽。而他们的所作所为都是为了替他们自己征服圣地。理查德和萨拉丁都是阻拦他们事业的人，所以也会被骑士消灭。至于为什么隐瞒这些事，他只是希望阿泰尔能自己找到真相，关于那件从神庙带出的宝物，他告诉阿泰尔那就是所谓的伊甸碎片。
第六名目标，耶路撒冷的马吉德，在萨拉丁离开后，这家伙将自己任命为此地的统治者，让耶路撒冷笼罩在他的阴影之中。这次阿泰尔表现出了对马利克的尊重，这让马利克意外，也使他欣然提供了情报，但马利克依旧不认为阿泰尔足够专业。这次的刺杀将在一处处刑现场进行，阿泰尔必须保证马吉德无法杀死囚犯当中的刺客同袍。可惜阿泰尔再次无视了马利克的提醒，他直接登上处刑台，在众目睽睽之下杀死了目标。马吉德倒在地上，他没有辩解，他所做的一切只是为了使用自己的权利，而且在他眼中，那些持不同信仰的人也并非无辜。钟声响起，马吉德断气，阿泰尔被守卫围在了处刑台之上。混战中，阿泰尔注意到那名刺客已被救走，这使他放下心来，逃离现场，但刺杀的消息已经传遍了全城。
回到圣地，这次阿泰尔准备问个清楚，他想知道为什么这些城市的管理者都背叛了各自的领袖。阿尔莫林告诉他，那些圣殿骑士想以骑士之名统治那些土地，进而控制整个圣地，但由于碎片还在马斯亚夫，所以骑士们的目标永远无法实现。阿泰尔终于看到了那碎片的样子——一个发着光的金球。但恍惚间，金球又成了一件普通的装饰品。阿尔莫林向阿泰尔讲述了这件神器的力量：控制他人的内心与灵魂。那些骑士想要利用它将民众全部掌控，从而建成完美的世界，他们不会停止夺取碎片的行动，因此罗伯特和他的同党们都必须死。现在还有两名骑士，阿卡的西布兰特，大马士革的朱巴尔。此时，他们应该预料到了阿泰尔的到来，但阿泰尔对自己充满信心。
大马士革的朱巴尔是萨拉丁的首席学者，近些日子他一直在发动人上街布道，宣扬新世界的到来。阿泰尔发现这个丧心病狂的家伙正在焚书，想要清除这座城中的知识，他决定在朱巴尔召开的会议上刺杀他。为了安全，朱巴尔将自己和手下扮成同样模样，但这瞒不过阿泰尔的眼睛，这个疯狂的人烧死了反对他的学者，阿泰尔飞身扑上，袖剑的光芒一闪而过。阿泰尔认为朱巴尔作为学者，却忽略了教育的力量，但朱巴尔觉得那些人已经病入膏肓，只有武力才能挽救。
几经波折，层层提升，阿泰尔终于恢复了刺客大师的身份。可阿尔莫林还需要进行确认。
“何为真实？”
“坚守信仰。我们看到世界的真实，期望着全人类都能得见。”
“何为世界？”
“一种幻觉，大部分人选择顺从，而我们可以将它超越。
“如何超越？”
“认识到戒律源自理性。信条并非指引我们追求自由，而是引导我们走向智慧。”
现在，阿泰尔已经理解了信条的真谛，下一步是解决西布兰德。
阿卡，这座饱经战火的城市弥漫着死亡的气息。西布兰德最近被提拔为条顿骑士团的首领，其驻地是阿卡的港口。伙伴一个个倒下，恐惧折磨着他，他将港口封锁，等待着接应的船到来。临行前，杰贝尔为过去的不信任向阿泰尔道歉，阿泰尔则承认了自己过去的狂妄。现在，阿泰尔走在前往港口的路上，封锁线对他而言就像不存在一般，他看到疯狂的西布兰德出于猜忌对手下痛下杀手，看到他警惕的四处张望，看到他登上甲板。这个蠢货保护不了自己，阿泰尔轻松杀死了他。临死呓语中，阿泰尔惊讶地得知西布兰德没有信仰，而他所做的一切在他看来是为了将这片土地的人民从信仰的独裁中解放。
现在，拦在阿泰尔与胜利前的仅有罗伯特一人。不过阿泰尔仍对伊甸碎片的能效心存疑虑，阿尔莫林解释说，伊甸碎片即是具象化的诱惑，在罗伯特看来这是能实现他追求的工具。阿尔莫林进一步告诉阿泰尔，他发现罗伯特在追求的也是和平，是一个所有人团结在一起的世界，正是阿泰尔让他认识到了这一点，但罗伯特的手段是错误的，那是武力，是对自由意志的剥夺，因此罗伯特需要被阻止，而方法只有一个，杀死他。去耶路撒冷，阿泰尔得结束这一切。在动身前，阿泰尔发现了阿巴斯的视线，不过现在不是重提旧恨的时候。
马利克证实了罗伯特出现在耶路撒冷的消息，但他希望阿泰尔不要被复仇所蒙蔽，而阿泰尔的回应令马利克意识到这个男人发生了改变。阿泰尔意识到圣殿骑士潜藏在十字军中，他们误导了理查德大帝，实际上追随着罗伯特的指示想要结束战争。现在罗伯特来到耶路撒冷，为了参加马吉德的葬礼，并展现十字军和萨拉森人已经建立友谊，阿泰尔也将前往葬礼的现场。当然，阿泰尔也想先向马利克表达自己的歉意，不过在马利克看来，阿泰尔已经实现了蜕变，因此这份道歉也无从谈起，现在他们是一个整体，共同分享喜悦承担痛苦的整体。
马吉德的葬礼现场十分朴素，阿泰尔潜藏在人群当中，却早已被有所准备的圣殿骑士伏击。打倒伏兵后，阿泰尔突然意识到那个发号施令的“罗伯特”，发出的是一个女人的声音！他打倒这名替身，摘下对方的头盔，想在杀死其之前看看她的长相。那个女人承认了自己只是诱饵，虽然阿泰尔确实阻碍了他们都计划，使圣殿骑士失去了对圣地的控制，但此刻罗伯特早已前往阿尔苏夫，他将联合十字军和萨拉森人一起对抗刺客，至于理由就用阿泰尔这段时间杀死的那些目标。了解当前情况后，因为这个女人并非罗伯特，所以阿泰尔放走了她。
