在經歷了前作黑暗森林事件後，Ori、Naru和Gumo成為家人，並收養了Kuro的遺孤。本作一開始，Kuro的蛋孵出一隻小貓頭鷹，大家給她取名Ku。受之前的強光影響，Ku的右翼有缺陷導致無法正常飛行。Ori找來Kuro的羽毛修補了Ku的翅膀，不料二人在試飛途中遭遇暴風雨，墜落到一片陌生的森林。
這是一片叫作Niwen的森林，這片森林的靈樹（Spirit Willow）已經枯萎，光的核心Seir碎裂成螢火（wisp）散落各地。失去了光的平衡，Niwen被黑暗吞噬，樹木和動物腐朽石化，倖存的生物或逃離或變的狂暴，少數存有理智的生物艱難維生。
Ori和Ku在墜落後不幸分散，在一種叫作Moki的小動物的指引下，Ori找到沼澤區的守護者蟾蜍Kwolok。Kwolok告訴Ori，Ku墜落到腐化嚴重的靜寂樹林（Slient Woods），但前往該區的水路被沼氣侵襲，需先轉動水車換水，並將一顆叫作森林之聲的螢火託付給Ori。
在解決卡住水車的腫瘤後，Ori得以前往靜寂樹林和Ku匯合，此時突然殺出一隻名叫Shriek的腐化貓頭鷹，重傷了Ku使其陷入昏迷。Kwolok指引Ori靈樹也許能救Ku，Ori需要集齊聲/力/憶/眼/心五顆螢火，合成核心Seir，重新點亮靈樹。
最脆弱的森林之心被工匠一族Gorlek保護了起來，需要其餘四顆螢火作為鑰匙。在水之區，Ori遭遇被觸手怪控制的Kwolok，擊敗Kwolok使其恢復理智後，他用盡最後的力量消滅了觸手怪。在將找到森林之力交給Ori後，Kwolok傷重犧牲。
進入冰雪區域，找到森之記憶後，春天迴歸森林，大熊Baur在甦醒後吐露了Shriek的身世。Shriek出生於腐化後的靜寂樹林，父母為保護她石化，Shriek雖然活了下來但還是受到腐化影響變的畸形，並因此遭到同伴排擠，在貓頭鷹群遷徙時被獨自留在了靜寂樹林。
在暗黑地下，Ori擊敗因腐化發狂的蛛母Mora，拿到森林之眼，開啟沙之區的大門。通過Gorlek的壁畫，Ori瞭解到靈樹和光的關係，樹和光相互依存，光雖永恆，樹有枯時。找到森林之心後，五顆螢火合成光的核心Seir，Ori將它帶回靈樹，此時靈樹卻已無力託舉光。靈樹欲將光傳給Ori，Shriek襲來截取了Seir。
Ori奮力擊敗Shriek，自己也受了很重的傷。想起Ku和家人，想起一路走來的夥伴，Ori選擇擁抱光，釋放出強大的能量，復活了Ku甚至修復了她的翅膀，治癒了腐化使Niwen回到光和暗的平衡。故事結尾，靈樹曾經的位置誕生出一棵新的名叫Ori的靈樹，四季更迭，經年流轉，樹再次孕育出一片發光的特別的葉子，這是否意味一次新的輪迴即將開始？
#奧日與精靈螢火# #Ori and the Will of the Wisps#