在经历了前作黑暗森林事件后，Ori、Naru和Gumo成为家人，并收养了Kuro的遗孤。本作一开始，Kuro的蛋孵出一只小猫头鹰，大家给她取名Ku。受之前的强光影响，Ku的右翼有缺陷导致无法正常飞行。Ori找来Kuro的羽毛修补了Ku的翅膀，不料二人在试飞途中遭遇暴风雨，坠落到一片陌生的森林。
这是一片叫作Niwen的森林，这片森林的灵树（Spirit Willow）已经枯萎，光的核心Seir碎裂成萤火（wisp）散落各地。失去了光的平衡，Niwen被黑暗吞噬，树木和动物腐朽石化，幸存的生物或逃离或变的狂暴，少数存有理智的生物艰难维生。
Ori和Ku在坠落后不幸分散，在一种叫作Moki的小动物的指引下，Ori找到沼泽区的守护者蟾蜍Kwolok。Kwolok告诉Ori，Ku坠落到腐化严重的静寂树林（Slient Woods），但前往该区的水路被沼气侵袭，需先转动水车换水，并将一颗叫作森林之声的萤火托付给Ori。
在解决卡住水车的肿瘤后，Ori得以前往静寂树林和Ku汇合，此时突然杀出一只名叫Shriek的腐化猫头鹰，重伤了Ku使其陷入昏迷。Kwolok指引Ori灵树也许能救Ku，Ori需要集齐声/力/忆/眼/心五颗萤火，合成核心Seir，重新点亮灵树。
最脆弱的森林之心被工匠一族Gorlek保护了起来，需要其余四颗萤火作为钥匙。在水之区，Ori遭遇被触手怪控制的Kwolok，击败Kwolok使其恢复理智后，他用尽最后的力量消灭了触手怪。在将找到森林之力交给Ori后，Kwolok伤重牺牲。
进入冰雪区域，找到森之记忆后，春天回归森林，大熊Baur在苏醒后吐露了Shriek的身世。Shriek出生于腐化后的静寂树林，父母为保护她石化，Shriek虽然活了下来但还是受到腐化影响变的畸形，并因此遭到同伴排挤，在猫头鹰群迁徙时被独自留在了静寂树林。
在暗黑地下，Ori击败因腐化发狂的蛛母Mora，拿到森林之眼，开启沙之区的大门。通过Gorlek的壁画，Ori了解到灵树和光的关系，树和光相互依存，光虽永恒，树有枯时。找到森林之心后，五颗萤火合成光的核心Seir，Ori将它带回灵树，此时灵树却已无力托举光。灵树欲将光传给Ori，Shriek袭来截取了Seir。
Ori奋力击败Shriek，自己也受了很重的伤。想起Ku和家人，想起一路走来的伙伴，Ori选择拥抱光，释放出强大的能量，复活了Ku甚至修复了她的翅膀，治愈了腐化使Niwen回到光和暗的平衡。故事结尾，灵树曾经的位置诞生出一棵新的名叫Ori的灵树，四季更迭，经年流转，树再次孕育出一片发光的特别的叶子，这是否意味一次新的轮回即将开始？
#奥日与精灵萤火# #Ori and the Will of the Wisps#