古老的Nibel森林生活著很多棲息於黑暗的動物，毛絨絨的Naru和她的爸爸、四肢長長善於建造的Gumon一族、巨大的貓頭鷹Kuro，以及許多未知的危險的生物。不知何時起，一棵靈樹（Spirit Tree）在這片森林生根發芽，靈樹給森林帶來了光，並孕育出眾多的精靈（Spirits），Nibel一時充滿生機。
在一個風雨交加的夜晚，一片散發著光芒的葉子被從靈樹吹落，葉子落到地上化作一隻精靈，被路過的Naru抱起取名Ori。Ori和Naru度過了很多快樂的時光，他們建起長長的橋，餓了就摘果子充飢。
一天，靈樹突然迸發耀眼的光芒後急劇黯下，自此森林凋敝，Naru將最後一顆果實讓與Ori後衰亡，傷心的Ori獨自探索森林體力不支倒下。這時，靈樹再次亮起微弱的光芒，光芒恢復了Ori的體力。Ori繼續前進，在森林深處發現了一顆光球，它是靈樹光的核心Sein。
當初，在Ori被吹落後，靈樹一直呼喚著它，那天耀眼的光芒也是為了尋回Ori，可這光卻引來了貓頭鷹Kuro，她憤怒地抓起Sein丟進峽谷，造成了靈樹的枯竭和森林的枯萎。如今，靈樹耗盡最後的光復活Ori，Ori背上使命，需要恢復三元素，並重新點亮靈樹，繼而拯救森林。
Ori首先前往銀之樹（Ginso Tree）恢復水元素，但銀之樹的鑰匙被一隻名為Gumo的Gumon拿走。Gumo在逃跑途中被落石砸中，Ori救了他，拿回鑰匙後進入銀之樹成功恢復水元素。
接著，Ori前往荒蕪廢墟（Forlorn Ruins）恢復風元素，這裡曾是Gumon一族的棲息地，靈樹出事風元素受損後，這裡卻成為他們的冰棺。將風元素恢復後，Ori乘風而上，來到了Kuro的巢穴，一切因果解開，Kuro之所以攻擊靈樹，是因為靈樹那日耀眼的光誤殺了她的三個孩子。
在躲過Kuro的襲擊後，Ori來到掘之山（Mount Horu）恢復了最後的暖元素，不料引發森林大火，並再次遭遇Kuro，千鈞一髮之際Naru奇蹟般地出現護住Ori。原來在之前恢復風元素時，Gumo也跟著進入了荒蕪廢墟，並利用族人儲存起來的光復活了Naru。
望著守護Ori的Naru，Kuro想起自己倖存的尚未孵化的孩子，她抓起Sein將它放回靈樹。靈樹再次迸發光芒，召下雨水熄滅了火焰，重新恢復了森林的生機。可惜作為黑暗生物的Kuro承受不住近距離的強光犧牲，Ori他們將Kuro的蛋帶回燕子窩照料，故事暫時告一段落。
#奧日與黑暗森林# #Ori and the Blind Forest#