在舊人類滅絕後新的人類以部落文化重新開始繁衍生存,在一個諾拉族的部落中人們信奉著山洞中的女神(厄勒梯亞),某日山洞中突然送出一個女嬰,由諾拉族人中的流放者【羅斯特】將其撫養長大,這名女嬰正是遊戲的主人公埃洛伊。
童年時埃洛伊不慎失足掉入一箇舊時代的遺蹟中,並獲得了一個【全息眼鏡】,從此以後埃洛伊就能夠通過這個眼鏡看到各種舊時代遺留下的信息。
沉睡中的哈迪斯被一條【神秘信號】喚醒,直接越過蓋亞開始對生態圈進行滅絕。而為了毀滅世界即存在機器殘骸中的哈迪斯需要人類的幫助,恰巧此時一名叫做【塞倫斯】的人來到遺蹟中見到了哈迪斯,哈迪斯以人類知識為籌碼說服了塞倫斯和它合作。隨後塞倫斯將哈迪斯包裝成為黑暗之神,並吸引大量信徒為其服務。
埃洛伊的全息眼鏡信號將她暴露在了哈迪斯的視線當中,為了不讓可能的“艾麗莎貝特“妨礙自己的計劃,哈迪斯命令塞倫斯派出教徒嘗試殺死埃洛伊。而邪教徒在邪教徒襲擊埃洛伊時,羅斯特犧牲了自己將埃洛伊救下。
在尋找殺父仇人的途中埃洛伊的全息眼鏡被塞倫斯入侵,塞倫斯告訴埃洛伊哈迪斯的陰謀,於是二人為了阻止哈迪斯暫時達成了合作。
在冒險過程中我們看到了蓋亞在休眠之前留下的信息,得知必須先消滅哈迪斯才能夠將蓋亞重啟拯救地球。同事埃洛伊在遺蹟中拿到了關閉哈迪斯的程序,一切準備就緒隨後與哈迪斯和它的機械群決戰。
獲得了關閉哈迪斯的程序後,我們將其安裝在塞倫斯送給我們的長矛中,並在決戰中將長矛插入哈迪斯的核心。當埃洛伊以為徹底擊敗了哈迪斯並離開了子午線城後,哈迪斯的數據卻通過長矛傳送到了塞倫斯為其準備的容器當中,至此零之曙光的劇情結束。激活哈迪斯的神秘信號和塞倫斯的陰謀將在西域禁地中展開。