戰國末期，日本本土戰火不斷，內府大軍一路征服大大小小的領土大名，幾乎統一整個日本。然而，某個山林小國卻爆發了叛亂。該地的眾位武士、忍者以及其他人物，在領袖劍聖-葦名一心的領導下，對內府統治者發起進攻。隨著葦名一心擊殺內府大將田村主膳，戰爭也由葦名眾的勝利而暫時告一段落。葦名一心從內府的手中，搶回了他們曾經被佔領的家園。從此，葦名國在葦名一心的庇護下獨自發展。而內府也因為忌憚葦名一心的實力，遲遲沒有機會“收復”葦名。這場戰役，被世人稱為“盜國之戰”。
葦名一心擊殺內府大將田村主膳
在“盜國之戰”的戰後廢墟上，一名失魂落魄的男孩，獨自收集著戰場上的武器，遇到了被稱為“巨型忍者·梟”的葦名忍者，梟將男孩收為義子，取名“狼”，意為“飢餓之狼”。在義父的培養下，狼歷經修行，逐漸成為了一名出類拔萃的忍者。梟替狼找到了一位主人——平田九郎，並立下忍者的戒律——“你要切記我告訴你的戒律，僅次於父母的重要之人，你要銘記在心，從今天起，那位就是你的主人。要賭上性命去保護，被奪走了也要務必救回。 ”從此，狼便成為了九郎的忍者。
“巨型忍者”梟與年幼的狼
長大成人後的狼
九郎是平田家的庶子，因為其擁有“龍胤”的力量，也被稱為“神子”。龍胤之力源自日本西方的某處，即龍的能力。它會使龍胤的持有者擁有不死的能力，並且無法受到普通的傷害。他還能夠與他人締結契約，使受到契約之人也能擁有起死回生的能力。但同時，龍胤的每一次使用，都會給持有者身邊的人帶來副作用，那便是龍咳。患上龍咳之人，如不使用龍胤露滴治療，便會經常性的咳血，直至心力憔悴而亡。也就是說，龍胤的力量是靠吸收他人的性命而延續的。因此，九郎十分抗拒使用龍胤的力量，也一直沒有與人締結契約。在別人看來，龍胤是恩賜，是難得的力量。可在九郎眼裡，龍胤是不該存在於世的詛咒。
“神子”平田九郎
作為九郎的忍者，狼的義務便是遵從義父的戒律，守護主人。然而，一場變故，讓狼失去了一切——主人、義父以及自己的部分記憶。
三年後的某一天，一名女子來的一口枯井邊，向井底投下一封信件，並喚醒了井底之人，告訴他，他的主人還活著。那人緩緩睜開眼睛，正是失憶的狼。他拾起信件，得知主人九郎的位置後便爬出枯井，向主人所在的望月樓而去。女子名叫永真，受自己主人之命前來營救狼。
“柔劍”永真
當狼在望月樓找到主人後，便準備帶起從暗道逃離。然而此時，有人已經在暗道另一頭的蘆葦地等著他們，那便是葦名弦一郎——葦名國領袖葦名一心的義孫。此時的葦名一心已經病重，而內府大軍也在得知消息後，開始滲透葦名，企圖重新收復該地。葦名弦一郎為了守護這個國家，希望藉助龍胤的力量。所以，他才會出現在此地，想要綁架神子。為了保護主人，狼與弦一郎展開對決，卻最終被弦一郎斬下左臂，昏迷過去，神子也被弦一郎帶回天守閣。
弦一郎斬斷狼的手臂
當狼再次醒來時，已經身處一座破舊寺院，斬斷的左臂也被安裝上了忍義手。原來，狼是被寺院的佛雕師所救。佛雕師曾經也是葦名的忍者，同時是葦名一心的摯友，人稱“飛天猿猴”、“猩猩”。而狼手上的忍義手，正是曾經永真已故的養父——道順為猿猴所打造的“忍者獠牙”。原來，猿猴曾經在盜國之戰中，因為殺人過多，險些墮入修羅，化為怨鬼。就在其即將喪失心智之際，葦名一心斬斷了其左臂，使其恢復理智。但之後的猿猴並未過多使用忍義手，而是在破舊寺院中，不斷的雕刻著佛像，以此壓制內心的嗟怨之火。
獨臂的佛雕師“猿猴”
佛雕師告訴狼，他的主人九郎還活著，被弦一郎囚禁於葦名城中。狼必須深入葦名，才能救出主人。在此之前，狼通過在佛像處供奉少主人的守護鈴，找回了部分三年前的回憶。
三年前的某個夜晚，平田宅邸遭遇盜賊入侵，燃起大火。狼衝入宅邸內，見到了奄奄一息的義父梟，梟在臨死之前，指引狼前往佛堂營救主人。當狼來到佛堂後，主人九郎果然在此，但身中幻術。狼為其解除幻術之後，他的另一位老師——幻影之蝶（蝴蝶夫人）出現，並與之戰鬥。（關於蝶與狼的戰鬥，有人說是蝶受梟指使，前來帶走九郎。也有人認為蝶同樣是想保護九郎，誤以為狼是受梟之命來綁架九郎的，遂想阻止狼。）在擊敗了蝶之後，佛堂中的巨大佛像轟然倒塌。揚起的煙塵之中，一把巨大的長刃突然從身後刺穿了狼的胸膛。狼應聲倒地，逐漸失去意識。在彌留之際，九郎從廢墟中爬起，使用龍胤之力與狼締結契約，使其擁有了起死回生的能力。
三年前的平田宅邸
“狼啊，和我的血一起活下去吧！”
從回憶中醒來後的狼，開始踏上奪回神子的道路。他一路過關戰將，從破舊寺院殺到葦名的天守閣。在此期間，狼擊殺了弦一郎的老師鬼刑部，進入葦名城。而後，狼遇上了清理滲透進葦名探子的“天狗”，後者為狼傳授“葦名流”技藝。在城內，狼還結識了脫離內府，想要前往仙峰寺的亂波眾“黑笠之狸”。最終，在天守閣的頂層，狼與綁架神子的弦一郎再次相遇。這一次，縱使弦一郎使出了巴之雷，卻還是敗給了擁有忍義手和葦名流加持，並掌握了返雷能力的狼。但因為弦一郎飲下了變若之澱，受到了致命傷的他並未死去，而是縱身一躍跳下天守閣，暫時逃離了。
巴流 葦名弦一郎
擊敗了弦一郎後，神子也重回狼身邊，受其保護。之前幫助過狼的藥師永真再次出現，並向狼引薦了自己的主人——葦名一心。原來，一心大人一直都知道狼在葦名的行為，包括其擊敗了鬼刑部、弦一郎等葦名眾。而一心大人之所以默許狼在葦名的“清理”，也是因為知道自己大限將至，內府將會收復他們曾經“盜走”的葦名。與其雙方慘烈的對戰，不如讓狼來收拾這個殘局。偶爾，一心大人也會化身為“天狗”，親自去清理那些混入葦名刺探情報的亂波眾和孤影眾。
“天狗”葦名一心
視龍胤為詛咒的九郎，在重回自己的忍者身邊後，給狼下達的第一個任務，就是讓其尋找斷絕不死的方法。狼領命向葦名一心尋求指點與幫助，一心大人告訴狼，想要斷絕不死，首先需要尋找到傳說中能斬斷不死的武器——不死斬。不死斬有兩把，紅色不死斬名為“拜淚”，可以用其獲得神龍的眼淚，位於金剛山的仙峰寺內。另一把黑色不死斬名為“開門”，持有者能通過獻祭自身，召喚已故之人重返世間，目前下落不明。
不死斬
狼聞言後便動身前往仙峰寺，開始找尋不死斬“拜淚”。仙峰寺本是一座神聖的寺廟，葦名的佛教聖地。其地理位置靠近仙鄉源之宮，宮內那具有回生能力的源之水，正是提煉變若水的原料。源之水內，含有那些啃食了本該長生不老的魚王屍體的寄生蟲。飲下源之水的人，雖會擁有長生不老的能力，但也會被體內的蟲啃食軀體與心智，最終成為一具被蟲操縱的軀殼，名為“附蟲者”。仙峰寺的僧侶們為了追求不死之力，便開始研究源之水，甚至拿孩童做試驗，其中就包括“黑笠之狸”的孩子，還有羅伯特——守橋人“鎧甲武士”之子。在眾多孩子中，只有一人在試驗中得以成活，便是變若卿子。在無數僧侶化為附蟲者後，仙峰寺淪為一座黑暗的神廟。
金剛山仙峰寺
當狼擊敗“屏風四猴”之後，終於在仙峰寺內殿見到了變若卿子，以及其保管的不死斬“拜淚”。憑藉著龍胤的力量，狼成功的收下了這把武器，並將其帶回天守閣。九郎讓狼繼續保管不死斬，並開始尋找前往源之宮，獲取櫻龍之淚的方式。
想要前往源之宮，除了不死斬之外，還需要兩樣物品——馨香水蓮與棲宿之石。馨香水蓮需要狼前往墜落之谷，擊敗被不死蟲附體的巨大猛獸獅子猿，在其所處位置後面的山洞裡獲取。而棲宿之石則需要狼擊敗水生村的幻影破戒僧後，打開石門，在前往源之宮的石轎前得到。
獅子猿
在收集完所有物品後，狼再一次返回天守閣。此時，內府已經開始攻打葦名，而在天守閣的頂層，出現了一位讓狼意想不到之人——梟。他那本該在三年前平田宅邸的入侵中已經犧牲的義父。原來，梟那時是製造了假死的情景，他的真實目的，同樣是為了九郎的龍胤之力。這一次的出現，梟也卸下了偽裝，讓狼遵從他作為忍者的第一條戒律——父母至高無上，違逆絕不可饒恕。梟命令狼替其奪取龍胤之力，這勢必就要傷害自己的主人神子九郎。此時的狼將面臨選擇，是遵從戒律，捨棄神子，還是違背戒律，保護神子。
狼與義父“梟”
修羅結局：
如果玩家選擇幫助梟，捨棄神子，那麼便會進入修羅結局。永真聽聞狼將要背叛主人，從未使劍的她為了保護九郎，同時也為了防止狼墮入修羅，便會使出柔劍與狼交戰，但最終不敵，被狼所殺。當狼殺死曾經幫助自己的永真後，嘴角會露出一絲不易察覺的微笑。原來，經歷瞭如此多的殺戮，此時的狼已經沉溺於殺人的快感，即將墮入修羅。永真死後，年邁的葦名一心登上天守閣頂層，懷抱著永真的屍體，然後慢慢拾起劍指向狼。
老年葦名一心
“沒想到還要再一次……斬殺修羅啊!”
葦名一心曾揮劍斬下猿猴的手臂，讓他在墮入修羅之前恢復了理智，成為了如今的佛雕師。而這一次，他將再次阻止修羅，那人便是他親自傳授葦名流，並默許其在葦名屠戮的狼。但一心大人畢竟已經年邁，疾病纏身，面對擁有各項技藝，並持有不死斬的狼，最終還是敗下陣來，沒能將狼斬殺。
在殺死葦名一心後，梟也會提著弦一郎的腦袋回來，手中還握著另一把不死斬“開門”。梟在狼的耳邊讚許一番後，便走到圍欄處，看著腳下的葦名，開始想象獲取了龍胤之力後，征服這個國家乃至整個日本的場景。可就在此時，一把利刃從他的身後刺向胸前，就如同三年前，在平田宅邸的佛堂處，他對狼所做的那般。是的，三年前，正是梟從背後刺殺了自己的義子。狼只是他計劃的一部分，是他的棋子，可如今，卻成為了終結他生命的夢魘。
墮入修羅的狼
此時的狼已經徹底墮入修羅，淪為惡鬼。葦名化為戰國時期最為慘烈的殺戮舞臺，數千士兵與平民死亡，而修羅一直存在於此地。
斷絕不死結局：
如果玩家選擇違背戒律，繼續保護神子，那麼梟會想三年前一樣，想要繼續偷襲狼取他性命，而這一次，狼沒有讓其得逞，父子之間展開決鬥。狼與梟正面對決，梟展現了他“巨型忍者”的本領，各種忍具使用行雲流水。作為狼的義父，狼的一招一式他都瞭如指掌，突刺更是能輕鬆化解。但狼終究還是戰勝了自己的義父，報了三年前的一劍之仇。
梟VS狼
“落影，物歸原主......”
忍殺了梟之後，狼便再次回到神子身邊，聽從神子的指示，此時，他將前往仙鄉——源之宮。當狼點燃香爐，攜帶著仙鄉的氣息乘上石轎後，巨大的藤條會將狼送往天上的仙鄉。在進入源之宮前，狼將面對被附蟲的“八百比丘尼”——破戒僧，這也是水生村石門前的幻影破戒僧本體。只有將其擊敗，才能獲得進入源之宮的資格。在利用不死斬徹底殺死破戒僧後，狼來到了源之宮內。
“破戒僧”八百比丘尼
作為“仙鄉”，源之宮確實如同仙境一般——宮殿依山而建，莊嚴肅穆，殿前一片巨大的湖泊被櫻樹環繞，湖水清澈見底。縱然有部分宮殿已沉入湖底，但整個仙鄉依然壯觀無比。可是，不要被美麗的外表所迷惑，源之宮可謂是危機四伏。這裡生活著飲下源之水後產生變異，能吸食生命精華的魚人；如同跳舞一般戰鬥的淤加美一族；頭頂櫻花樹枝與靈火的櫻牛；長生不老的巨大魚王；還有無首、七面武士等怨靈存在。甚至，源之宮裡的狗都擁有著駕馭雷電的力量。
“仙鄉”源之宮
將他們逐一擊敗後，狼登上山頂，來到神龕前閉上雙眼拜謁祈福。當狼再次睜開雙眼，已經身處於一片雲霧之中，這便是一切的源頭——櫻龍的所在之處。狼利用返雷的能力可以比較輕鬆的將其擊敗，並用不死斬刺向龍眼部位，獲得櫻龍的眼淚，完成拜淚。龍是龍胤之力的源頭，擁有龍胤體質的神子服下龍淚之後，便會失去不死之力，被不死斬所殺。
櫻龍
獲取龍淚後的狼再次返回葦名。此時，葦名一心已經病逝，而神子九郎也被弦一郎再次擄走。沒有一心大人的威懾，內府修復了葦名城邑的斷橋，開始大局進攻葦名。在葦名的正門，有一個巨大的嗟怨之鬼正在無差別的屠戮著所有生靈。這個鬼怪外形可憎，全身都散發著嗟怨之火，滿眼的殺戮慾望，卻會在狼忍義手中的指哨“愛哭鬼”吹響時，暫時恢復部分心智。原來，它便是破舊寺院裡的佛雕師“猿猴”，為了守護葦名，他在曾經鬼刑部守護的正門前抵擋內府大軍，最終因為殺人太多，無法遏制體內的嗟怨之火，化為怨鬼。而“愛哭鬼”，正是他當年在菩薩谷修行時，他一生的羈絆——女忍者“川嬋”的遺物。當狼最終不得不將其斬殺後，猿猴會恢復理智，輕聲對狼道謝。
化為怨鬼的佛雕師
“謝謝你......”
“永別了，佛雕師閣下。”
而在遊戲開始的蘆葦地裡，弦一郎利用尋找到的不死斬“開門”刺傷了九郎，準備讓其強行與他締結契約。當狼趕來時，為了保護主人，再一次與弦一郎交手。兩把不死斬的交鋒，最終以狼的勝利而告終。但所有人都忽略了弦一郎想要守護葦名的決心，他利用“開門”的能力自刎，召喚出了已故的爺爺——全盛時期的“劍聖”葦名一心。
“劍聖”葦名一心
“到頭來，我還是無能為力，龍胤能讓這個國家生存。如此一來，葦名的長夜即將破曉。”
“這是可憐孫兒最後的願望，我要把葦名從黃泉拉回來。所以，只狼，我要殺了你！”
這場戰鬥，是狼的最後一戰，也是整部遊戲的終極之戰。全盛時期的葦名一心技藝超群，不死斬、長槍以及火槍等武器盡用，同時也能駕馭雷電之力。但為了達成主人的任務，狼拼盡全力，最終還是戰勝了葦名一心，並利用不死斬徹底將其擊敗。
最終，狼扶起受損的主人神子，並讓其服下了櫻龍之淚。此刻，神子九郎給自己的忍者狼下達了最後一個命令——利用不死斬殺死自己，徹底斷絕不死。縱然狼百般不願，但依然不能違抗主人之命。隨著不死斬穿過主人的身體，龍胤之力就此消逝，九郎作為凡人死去，狼也作為凡人繼續存活於世間。
狼與神子
多年後，在破舊寺院內，一位失去手臂的男子正在不停雕刻著佛像，在他的身邊，存放著永真為其帶來，他曾經使用的“忍者獠牙”——忍義手。一切就和過去一樣，只不過佛雕師不再是過去的猿猴，而是現在的狼。
成為佛雕師的狼
復歸常人結局：
與復歸常人結局不同，狼在拒絕並擊敗義父之後，可以偷聽九郎的自語，九郎表示，自己還有“尚未完成之事”。狼向永真求教其含義，永真回憶，在過去，上一位龍胤持有者——仙鄉的丈大人曾經提到過“介錯”一詞。如果想要斷絕不死，那麼需要用不死斬殺死服下櫻龍之淚的龍胤之子，也就是九郎。雖然知道斷絕不死是九郎的心願，而九郎也做好了犧牲的準備，但永真和狼都不希望年幼的九郎就此離世，於是約定，共同尋找能夠斷絕不死，但同時可以保全神子性命的方式。
狼與永真都想保全神子九郎
通過翻閱巴大人的手札，永真尋找到了讓神子復歸常人的辦法，那便是犧牲與龍胤持有者締結契約之人，使得龍胤之力就此消失，實為“介錯”。也就是說，想要保全神子，狼就需要犧牲自己的性命。當狼向其詢問時，永真不忍道出真相，只是說尚未找到方法，要前往破舊寺院，與佛雕師進行交談。但狼卻偷聽到了他倆之間的對話，永真見無法隱瞞，便說出了曾經的見到的景象——在過去，作為與龍胤持有者丈締結了契約的巴大人，為了讓丈復歸常人，而在常櫻之樹下自刎，完成“介錯”。因此，想要保全九郎，狼除了獲取櫻龍之淚，還需要得到常櫻之花，並犧牲自己。
常櫻之花
為了能夠讓自己的主人活下去，狼毫不猶豫的選擇犧牲自己。當從永真那裡拿到義父的守護鈴後，狼再次回到了三年前的平田宅邸。這一次，已經知曉梟的陰謀後，狼將會面對全盛時期的義父，並與之交戰。在將其戰勝後，會獲得曾經被梟拿走的常櫻之花，帶回現有的時間線中。
此後，與斷絕不死的結局一樣，狼將前往仙鄉，擊敗破戒僧進入源之宮，獲取櫻龍之淚後，返回已經被內府入侵的葦名城，戰勝正門的嗟怨之鬼，然後前往蘆葦地，打敗巴流葦名弦一郎以及被其召喚的全盛時期葦名一心。最後，讓神子服下櫻龍之淚與常櫻之花。而這一次，狼將選擇犧牲自己，保全自己的主人九郎。
為完成“介錯”而自刎的狼
“由我來斬斷，最後的不死。”
“請作為人...活下去...”
他將不死斬架在自己的肩上靠近脖子的地方，看著眼前的神子，然後揮刀自刎。鮮血與櫻花一同噴湧，這一次，狼永遠的離開了人世，九郎也復歸常人，失去了龍胤之力。
鏡頭一轉，在狼的墓前，永真與九郎在此雙手合十祈禱。隨後，九郎向永真告別，準備離開葦名，作為一名常人生活，然後死去，就像狼曾經為他所做的那樣。
與永真告別，離開葦名的九郎
龍之還鄉結局：
區別於斷絕不死和復歸常人，龍之還鄉可謂是較為完美的一個結局了。該結局的主題並非斬斷龍胤，而是將其歸還。而想要達成該結局，狼將要多次面對一位重要人物，那便是仙峰寺內殿裡的變若卿子。當狼在拿到不死斬後拜訪變若卿子，便會得到米。米是一種恢復道具，也可以提供給老婆婆換取線索。但米是由卿子的氣血來製作的，當收穫三次米後，卿子會變得虛弱，需要狼為其提供柿子補充生命精華。狼將卿子的米帶回天守閣，給了神子九郎，九郎用其製作了牡丹餅，並讓狼送還給卿子，卿子也開始慢慢了解九郎的故事和經歷，為其尋找歸還龍胤的辦法。
變若卿子
在仙峰寺的湖底，狼拾取到了一本永旅經·蟲之恩賜，永旅經是記載著龍胤和不死的經書，共有兩本——蟲之恩賜與龍之還鄉。而經過卿子的指點，狼在仙峰上人處拾取另一本永旅經——龍之還鄉。當狼將兩本經書交給變若卿子後，後者便會找到歸還龍胤的方法，那便是讓自己成為九郎的棲身容器，讓九郎和卿子合為一體。為此，必須讓九郎服下櫻龍之淚以及卿子的冰淚。
冰淚
為了能讓卿子落下冰冷的眼淚，狼必須為其奉上“蛇柿”——也就是蛇神的心臟。在葦名，有兩條巨大的白蛇神（也可能是一條，擁有雙頭但無尾的蛇），也是葦名當地最為強大的土地神明。一條位於橋下山谷，狼曾在進入葦名之前刺瞎了其一隻眼睛，而後從墜落之谷洞窟下落將其忍殺，即可獲得“新鮮蛇柿”。另一條位於菩薩谷毒沼旁的洞穴深處，盤踞在供奉蛇神的破廟。當狼轉移蛇神的注意力後，便可以進入破廟內，在祭壇處拾取“幹蛇柿”。狼將兩顆蛇柿獻給變若卿子，後者便開始進行儀式。待狼從仙鄉歸來，卿子的儀式也已經完成，交付給狼“細雪”以及能讓九郎棲身於自己的重要道具“冰淚”。
白蛇神
當狼完成了在蘆葦地對巴流葦名弦一郎，以及全盛葦名一心的最終決戰之後，便會讓九郎服下櫻龍之淚與冰淚，然後將其帶回仙峰寺內殿，變若卿子的面前。此時，九郎便會棲身於卿子體內，二者合而為一。卿子成為了龍胤之力的搖籃，龍胤並未被斬斷，而是被封印於卿子體內。
卿子決定離開自己所成長的仙峰寺，前往西方——神龍的故鄉歸還龍胤。在與其他常人看不見的變若之子告別後，便準備開始屬於自己的旅程。而狼則決定伴其左右，為了保護卿子，同時也是為了繼續守護主人九郎，為其達成歸還龍胤的願望，與卿子一同踏上西行之路。
踏上西行之路的狼與卿子
《只狼》的故事劇情部分延續了宮崎英高“魂類”遊戲的風格，採取的碎片化敘述。其中確實有很多存在爭議，或者尚未理清的細節，但並不影響該作的成功。作為2019年TGA年度遊戲，《只狼：影逝二度》可謂當之無愧。縱然遊戲發售已四年有餘，但熱度依然不減，不少玩家在閒暇之餘，都會抽空打幾把Boss連戰，體驗“打鐵”快樂。
葦名一心、葦名弦一郎、狼與永真
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