《幽靈列車》是 一部1991年2月8日發行在紅白機上的遊戲，由赤川次郎的同名小說改編，因為當年柯南的名氣更大，遊戲被某些中國廠商翻譯成“神探柯南”蹭熱度。不過，遊戲本身的質量也是不錯的，唯一的問題是玩法上容錯率很低，很多劇情和選項的觸發條件非常苛刻。
遊戲開始於風景秀美的溫泉小鎮巖湯谷。近日，這裡發生了一起奇怪的案件，8名共同出行的乘客，在一趟行駛的列車上，憑空消失了。
站長向警方證實，他確實看到8名乘客上了列車。
除了站長，列車長和乘務員也目擊了8位乘客確實登上了這趟列車，而且後來的現場照片也證明了這8人活動的痕跡。
當地警方的調查很快陷入僵局，各大報紙亦對案件進行了大量捕風捉影的報道，將其渲染成“幽靈列車”。於是，我們的主角，警視廳搜查一課的宇野喬一臨危受命，閃亮登場。
抵達湯巖谷已是下午，宇野便先行前往兒島開設的溫泉旅館安頓，次日再展開調查。兒島的旅館“湯巖莊”在當地小有名氣，也是那8位客人先前入住的旅館，宇野在這兒既是住宿，也方便工作。
所以，雖然正式的調查明天才開始，宇野已經四處留心了。在澡堂裡，他發現了一張落下的發票，數額不太小，而且沒有姓名和日期，實在讓人在意。
但當天最重要的“發現”當然還是女大學生夕子，夕子得知宇野是來調查“幽靈列車”案的，便不由分說地與宇野結成了Team，宇野嘴上雖然說著“搞什麼”，心裡還是覺得，讓一個既聰明又可愛地女孩子加入查案，也沒什麼不好的。
次日，宇野和夕子一起造訪了警察局，對方果然知之甚少，只掌握到一位目擊證人，他說自己在隧道旁的山崖上，遠遠看見了列車上的8名乘客，但因為目擊者是個小孩，警方不是很相信他的證言。
探查現場往往是探案最好的開始，可目前已知的第一現場已經不復存在，宇野只好詢問是否留下了當時的照片，幸好，這間警局專業性雖不多，但有。
從照片裡，宇野推測，消失的8人中應該有一個左撇子，警長表示這一點他們當時也注意到了，但調查結果是：他們當中沒有左撇子。事出反常，宇野認為在毫無頭緒的狀況下，這可以作為一個突破口調查一下。
另一個突破口是那張發票，宇野四處詢問，終於從湯巖莊的服務員上村那裡得知，發票有可能是他家老闆的。之前宇野問兒島，兒島卻表示沒見過這發票，現在原因也找到了：前田雜貨店在偷偷向外租賃羞羞的錄像帶，兒島花大價錢去租的，就是這種東西，所以他羞於承認。
看來，前田雜貨店所在的那條商店街，真是臥虎藏龍，宇野和夕子決定前去一探究竟，果然，在那裡問到了關鍵信息。
一條在酒吧獲得，那裡的酒保揭開了兒島和鎮長這對酒友的真正關係，他們並非表面看起來那麼和睦，兒島似乎知道鎮長過去某些不為人知的秘密，加上醉酒的兒島會變得大嘴巴，他一定讓鎮長覺得很頭痛。
另一條信息依然跟鎮長有關，不過這條是正面的，電影院的售票員透露，鎮長很喜歡俳句，甚至還成立了一個協會，目前有8名會員，常在鎮上的公民館舉辦聚會。聽說他已經推薦了大湯谷站的站長作為他的繼任，也許他也想告別政治生涯，全心投入到文藝創作中吧。
說起來，在自己管理的鎮上發生了這種事，鎮長的意見也是很重要的呢。聽說他常在公民館，但去了之後看到那裡房門緊鎖，還沒到開門時間。宇野跟夕子決定在等待時間沿著鐵路漫步，期待發現些蛛絲馬跡，卻毫無收穫，這樣竟一路又走到了車站，乾脆再進去看看。
此時尚沒有火車進站，站臺上空空蕩蕩，這讓宇野注意到了一點先前難以看到的東西。
在站臺地上發現的四角形蓋子下面，居然有一條通道，不知通向何處，既然有人自列車失蹤，宇野和夕子自然不會放過這個疑點，他們進入通道，最後從一片廢棄採石場走了出來。
採石場山腳下的採石區早已廢棄多年，洞口被大塊的碎石堵住，透過石頭間的小縫隙往裡看，只能看到黑漆漆的一片，總覺得，如果石頭能搬開的話，那裡面不失為一個藏身的好地方。洞口的木樑全都搖搖欲墜，非常危險。
手上沒有撬棍之類的工具，暫時也無法深入調查。看時間，公民館應該已經開門，宇野決定先去拜訪鎮長。
公民館果然開門了，裡面的陳設很有書香氣，牆上的掛畫都是俳句，書架上也多是俳句相關的書，不過也夾雜了幾本藥草類的書籍。館裡不光有鎮長，還有一個叫佐佐原的男人，他是俳句會成員，更是鎮長多年的老友，是鎮長20多年前在東京求學時認識的。
向鎮長打聽失蹤8人的信息依然毫無所獲，雖然他很關注此事，卻不曾見過8人，事發當天，俳句會有活動，活動後，愛喝酒的鎮長又跟會員喝了頓大酒，喝醉後就直接住在佐佐原家了。直到第二天接到站長的電話，才知道鎮上發生了這麼嚴重的事。
準備告辭時，夕子拿出在採石場拍攝的照片，她覺得這麼老舊的場所，問問老資格的鎮長準沒錯，沒想到，鎮長和佐佐原看到照片後，態度變得很不友好，尤其是佐佐原，他對這兩人無視“危險禁入”的警告牌闖入禁地，十分反感。
“雖然我們私自闖入不是很好，但也是為了查案，他們也不必用那種態度吧。”夕子深感委屈，所以愈發對採石場懷疑起來，兩人去商店街繼續調查時，夕子都會讓他們看看採石場的照片。
大多數人都懷念昔日採石場的熱鬧，那是很多人的童年。電影院售票員說，即便進不去，從鎮上海拔最高的後山，也可以很清楚地看到那裡。
說走就走，宇野和夕子爬上後山，不成想看到正在哭泣的上村，從站臺偷偷溜進了採石場。按理說，除非特殊情況，鎮上的人應該不會隨便踏足那裡，宇野和夕子趕緊下山跟了過去。
可是兩人還是晚到了一步，趕到採石場時，上村已經被人用一塊碎石砸死。
上村的屍體旁邊遺落了一張4月1日的大湯谷入場券，是幾個月前的票，如果早就掉在這裡，肯定會落滿灰塵，但票很乾淨，兩人剛才來時，也沒有看到這張票，想必是剛剛掉在這裡的，如果不是上村的，那有一定概率是兇手的。
很快，對這張票的調查便有了頭緒，商店街的酒保想起曾在4月1日，看見佐佐原在大湯谷車站。
時間上頗為巧合，而且佐佐原怎麼會有一個兒子出現在大湯谷，而且這架勢，怎麼有一種父子無法相認的悲情感呢？
原來，這全是佐佐原年輕時犯下的錯誤。
也許，是時候去那8個人的目的地大湯谷去看看了。可是在這時，又一起兇案打亂了宇野他們的節奏。
湯巖莊的員工，暗戀著上村的小健在跟兒島大吵一架後，在記事本上留下這樣一句話後，突然離開了湯巖谷。他說：“我知道事情真相的全部，因此我要離開這個鎮。”
小健似乎是前往了大湯谷，正好跟宇野要去的方向一致，但同時不見了身影的兒島，卻死在了旅館的溫泉裡。從現場看，兒島死前應該是一邊喝酒一邊泡溫泉，這會是導致他死亡的原因嗎？但是，在他死亡現場不起眼的角落，又找到了一些不應該出現的植物，而這植物，跟之前見過的佐佐原自制書籤上的植物，好像是同一種。
之前的案件還沒破，又接連死亡兩人，死者均跟湯巖谷有關，不排除殺人滅口的可能，果真如此，那就必須趕快找到小健。宇野和夕子立刻啟程，前往大湯谷。
兩人去拜訪了佐佐原姐姐的那家溫泉旅館。姐姐無意間透露了兩點她覺得不重要，但正好解答了宇野的幾個疑點的信息：
1. 佐佐原是左撇子；
2. 不久前，佐佐原曾幫兒島出主意，往溫泉里加入“強身健體”的藥草，增加旅館的賣點，他建議添加的藥草，正是在兒島死亡現場發現的那種，它的名字叫做：夾竹桃。（安陵容直呼內行）
在姐姐的旅館外，正好遇到小健，好一番軟磨硬泡，他才放下戒心。
原來，之前湯巖莊不僅往溫泉里加入了夾竹桃，還製作了夾竹桃飲品，正好剛剛在溫泉外的售賣機上架，那8位客人泡溫泉之前，先飲用了這種飲品。出事之後，兒島他們意識到問題可能出在這種“保健藥草”上，趕緊撤掉了販賣機裡的商品和機身上的廣告，也不再往溫泉裡添加夾竹桃。
接下來，湯巖谷便上演了“自成一體的小鎮核心成員們，為了捍衛所謂的集體榮譽，不惜泯滅人性，罔顧法律，集體掩蓋罪行”的戲碼。8位俳句會社員，在鎮長授意下，穿上8位死者的衣服，登上了那天早上開往大湯谷的列車，受到鎮長推薦的站長、世代在鎮上開火車的列車長、絕對服從上級的乘務員，都配合了這場行動，而湯巖谷“非核心”居民看到的，正是“核心”們想讓他們看到的假象。
8位死者被藏在了採石場，8名假冒者則通過採石場的推車“消失”。
佐佐原攬下了主要罪行，但他表示自己並非故意殺人，一切都源於他半瓶醋的草藥學知識，他只知道夾竹桃入藥可以治病的知識，卻不知道夾竹桃有毒的知識。
遊戲到這裡差不多接近尾聲，但我覺得將佐佐原的問題歸於學藝不精，還有漏洞。他常將一本草藥書籍帶在身上，那樣的書不可能不寫夾竹桃有毒的事實，佐佐原在萬千藥草中，選擇夾竹桃，怎麼想都太過巧合。而且他也有作案動機，他的兒子未來將繼承他姐姐的溫泉旅館，也就是說，兒島是他兒子未來的競爭對手，這種前提下，他反而“好心”地幫起兒島，只不過“好心”辦了壞事？
此外，遊戲雖然只透露了兒島很瞭解鎮長的過去，那麼兒島是否也瞭解跟鎮長相熟的佐佐原的過去。鎮長似乎有些不光彩的過去，佐佐原也曾拋妻棄子，兒島是否知道的更多。即便兒島不瞭解佐佐原，但作為鎮長的利益共同體，他是否想讓兒島也有些把柄在自己手上？
當然這只是我個人的一點懷疑，這懷疑也有漏洞，因為如果佐佐原想借此搞垮兒島，也用不著去掩蓋8人之死。在這個故事裡，最陰暗的並不是佐佐原，而是那種小團體集體掩蓋罪行的惡。