兄弟会的发展
训练刚一结束，坏消息就传来，圣殿骑士正在对两处刺客据点发动攻击，艾吉奥立刻和尤瑟夫一起前去支援。途中，尤瑟夫还教会了艾吉奥如何利用城中架设的滑索实现快速移动和暗杀。
在艾吉奥的指挥下，刺客们成功守住了据点。但这还不够，他还得赶去另一片区域协助尤瑟夫。由于苏丹仍在外作战，城内的圣殿骑士得不到有效管控，他们在自己控制的区域耀武扬威。对抗圣殿骑士的过程中，艾吉奥又见识了许多新道具 ，比如学自中国人的各类炸弹，这些小玩意儿让艾吉奥很感兴趣。很快，艾吉奥就帮助尤瑟夫夺回了被骑士占据的刺客据点。
艾吉奥原本的计划是找到尼科洛·波罗当年留下的贸易站点，希望以此发现钥匙的线索，但这些圣殿骑士拖慢了他的脚步。为了方便自己的行动，艾吉奥不得不开始协助建设当地的刺客组织。
一名刺客告诉艾吉奥，最近有多名学徒失踪。艾吉奥按照对方的建议来到一处广场，解决完附近的圣殿骑士后，他要求那个刺客原地监视，因为他感受到了未知的危险。一番搜索后艾吉奥辨识出了威胁来源：一个背叛组织的刺客瓦里·赛尔·塔达特。就在这时塔达特突然现身，艾吉奥连忙招呼同伴追赶，两人好不容易追到，但塔达特却在士兵和烟雾弹的掩护下离去。
为了刺客们的安全，瓦里必须被除掉，但艾吉奥得先教导一下这些学徒，确保他们能够自保。在他的指导下，学徒们逐渐有了独立执行任务的能力。
第一把钥匙
之后在尤瑟夫的引荐下，艾吉奥结识了炸弹专家皮里·雷耶斯。巧的是皮里还是当初那个海盗阿尔的朋友，于是他很愉快地成为了艾吉奥的盟友。
在尤瑟夫和皮里的帮助下，艾吉奥对于尼科洛所撰写的那本《秘密圣战》的研究终于能够更进一步，他们帮助艾吉奥找到了尼科洛的旧商栈，但那里已经有了新主人。
商栈已经变成了一间书店，老板不是别人，就是艾吉奥当初在船上看到的女子——索菲亚·萨尔托。套过近乎之后，艾吉奥开始参观书店，一边寒暄一边寻找线索。功夫不负有心人，他成功找到了一处隐蔽的地下室。
地下室联通着一个老旧的蓄水池，那里已经有了几名圣殿骑士的身影，他们也在城中苦寻剩余的钥匙。等骑士们离开后，艾吉奥深入地下排水系统，绕过转悠的守卫，抵达了一个小小的圆形房间。房间中央拜访着一张君士坦丁堡地图，上面标记了几处地标以及十二本书，其中有四本书分别打上了不同的颜色。
在地图旁边摆放着一个精巧的石盘，上面雕刻着古怪的花纹，艾吉奥小心翼翼将其拿到手中，忽然石盘放射出夺目的光辉。在幻象中，艾吉奥再次看到那个年轻的白衣刺客，看到他和同伴阿巴斯并肩战斗，看到他如何解救阿尔莫林。是了，这就是阿泰尔留下的一把钥匙。
见到艾吉奥平安归来，索菲亚很高兴，但她拒绝了艾吉奥的拥抱。艾吉奥将地图交给索菲亚，由她来研究其中的奥秘，从而找到那些被尼科洛藏起的书籍。
合作
离开书店后，等待多时的尤瑟夫立刻迎了上来，艾吉奥向他分享了自己的收获。尤瑟夫告诉艾吉奥，今天是他和刺客的盟友们见面的日子，见尤瑟夫有些紧张，艾吉奥便提出替他去接触吉普赛人们。解决了吉普赛人的麻烦之后，他们和刺客组织正式成为盟友。
之后艾吉奥从学徒们口中得到了瓦里的下落，这个家伙挟持了两名刺客以换取地盘。解救出人质后，艾吉奥协助年轻的刺客杀死了前往刺客总部的瓦里，笼罩在刺客们头上的一抹阴云终于消散。
第二天，艾吉奥和尤瑟夫在大剧场碰面，一上来就是个坏消息：年轻的苏莱曼王子朝圣归来，将于当天夜里举办宴会，而拜占庭方面要借此机会袭击托普卡帕宫。
先前圣殿骑士就是在托普卡帕宫找到了一把钥匙，因此艾吉奥主动提出加入行动，尤瑟夫的计划是伪装成音乐家以混入宫殿。黄昏时分，“音乐家”艾吉奥大摇大摆地进入托普卡帕宫，由于长相问题，他不得不和尤瑟夫等人分开，转而加入了一支意大利乐队。
进入宫殿后，艾吉奥本想和那支乐队汇合，可是却迷了路，因此引起了守卫的注意。幸运的是，一队身着华服之人叫住了艾吉奥，演奏一番后总算是自证清白。就这样，艾吉奥成功找到尤瑟夫等人。
尤瑟夫将苏莱曼王子指给艾吉奥，艾吉奥意外地发现那竟是在下船时和他交谈过的年轻人。此时，王子正在和他叔叔艾哈迈德同行，这位艾哈迈德是苏丹最喜欢的儿子，正在为接替王位做着准备。
宴会照常进行，刺客们从人群中悄悄揪出了潜伏的圣殿骑士杀手，艾吉奥注意到有几个卫兵始终寸步不离地保护着苏莱曼。突然，一个瘦弱男子抽出了一把锋利的匕首，猛地刺向苏莱曼的胸膛，艾吉奥等人是鞭长莫及，离王子最近的一名守卫替他挡下了这致命一击。
场间乱作一团，四处都在搏杀，艾哈迈德不知去向，艾吉奥干掉了一个冲向王子的刺客，苏莱曼也认出他来。人群渐渐平静，他们将苏莱曼和艾吉奥围在中间，王子主动自我介绍，聊了几句后，一名卫兵请苏莱曼去见艾哈迈德。但苏莱曼愤怒的指责了这些守卫不利的士兵，哪怕是个壮汉也被他的威严吓得喘不过气。等到这群苏丹亲军在苏莱曼的要求下散去，他提出要和艾吉奥谈一些事情。
收拾停当后，艾吉奥来到书房和苏莱曼见面，王子希望其帮助调查刺杀一事，而他怀疑的对象是卫队长塔里克·巴莱蒂。此时塔里克正在苏莱曼的安排下和艾哈迈德会面，卫队不认可艾哈迈德的继位，认为下一任苏丹应该是苏莱曼的父亲。艾吉奥则想知道拜占庭人为什么参与其中，于是他答应帮忙。
苏莱曼向艾吉奥指明一间密室，他可以在那里偷听即将进行的三人会谈。艾哈迈德先是指责了塔里克的渎职，认为卫队的表现甚至不如一个意大利小丑。塔里克当即表示会全面调查，但苏莱曼抢过了这项事务。在苏莱曼和艾哈迈德互相宽心后，艾哈迈德要求塔里克单独留下，因为他认为卫队和袭击相关。艾哈迈德警告塔里克不要再对苏丹继位问题抱有想法，不过塔里克否认了他的指控，并对艾哈迈德好一番嘲讽批评。
艾吉奥对艾哈迈德的软弱有些担忧，而卫队的漏洞也引起了他的怀疑，苏莱曼建议他从监视塔里克及其手下开始调查。之后艾吉奥顺手帮索菲亚解决了一些小麻烦——比如来自杜丘的骚扰，并顺利拿到了几本书籍以及第二把钥匙，艾吉奥也一点点了解了阿泰尔的故事。和索菲亚的合作令艾吉奥对她有了些许好感，但他依旧不敢向对方透露自己的真实身份。
塔里克和他的卫队在大巴扎附近巡逻，为了调查，艾吉奥进入大巴扎打听消息。在此过程中，艾吉奥注意到市场内有些戴面具的人影，而塔里克正在和他们接触。就这样顺藤摸瓜，艾吉奥最终发现了塔里克和圣殿骑士曼纽尔正在进行武器交易。通过煽动被欺压的平民发起暴乱，艾吉奥得以进入军械库一探究竟。
曼纽尔正在策划一场复辟，原来他还是已覆灭的拜占庭王室成员，谈听到其阴谋的艾吉奥匆匆逃离军械库，室外则已是遍地尸体，这惨痛的代价令艾吉奥无比内疚。
随后艾吉奥赶回索菲亚的书店，这里有好消息，那就是又有新的秘密地点被发现。为了回报索菲亚，他替对方拿回了一副被盗的画像，那是索菲亚的生日礼物。两人的关系不断拉进，索菲亚也开始疑惑艾吉奥的研究这些书籍的目的，但她无法得到准确的回复。拿到准确地点后，艾吉奥得到了第三把钥匙，这次他看到的是阿泰尔得知小儿子被杀后的事情，也见证了玛利亚之死。
将钥匙妥善保存后，艾吉奥准备将自己在军械库发现的一切报告给苏莱曼，当他来到约定的地点，看到的是正在苏莱曼和艾哈迈德正在对弈。两人借棋问心，再次对继位问题展开了一番讨论，最后艾哈迈德借故离去。艾吉奥抓住机会，和苏莱曼见了面。
听到那些消息之后，苏莱曼陷入沉思，他决定让艾吉奥去审问塔里克，然后杀了这个叛国者。为了接近塔里克，艾吉奥只好又表演了他的拿手好戏换装，他伪装成卫队士兵，一路上看到了许多人对苏丹亲军是多么敢怒不敢言。
很快那个被扒光的倒霉鬼的尸体就被发现了，一个官员站在街头号召所有人寻找刺客，这使得军营内人心惶惶。在军营内寻找目标的过程中，艾吉奥了解到了士兵们对苏丹传位一事的态度，大部分人还是认可苏莱曼的父亲以及他本人，而艾哈迈德在他们眼中不过是个笑话。
塔里克待在营区中央的帐篷里，当艾吉奥赶到时，他正在查看手下送来的信件，原来是枪支已经被送达对方手中。还没等到塔里克落单，艾吉奥就被警觉的士兵发现了，他只好一边逃窜一边留意塔里克的位置。好在最后，他还是成功重创了塔里克。
令艾吉奥没想到的是，塔里克放弃了抵抗，他不敢相信苏莱曼最终怀疑到自己头上。这态度使得艾吉奥迟疑了，随后塔里克的话更是令他意外。原来塔里克有着更深一层的谋划，他是想逐步骗取圣殿骑士的信任，等到对方放松警惕再一举将其击溃，为了证明自己所言非虚，他还把拜占庭人的位置告诉了艾吉奥。可惜先前受的伤还是太重了，这个被误解的好领袖用尽最后的力气，倒在艾吉奥怀中。
前往卡帕多西亚
怀着沉痛的心情，艾吉奥来到托普卡帕宫，将真相告知苏莱曼，苏莱曼也为此自责不已，尽管能力出众，但他毕竟还是个急于下决定的年轻人。艾吉奥宽慰了对方，得到其将安排船只送自己去卡帕多西亚的承诺后，艾吉奥躲进角落，因为艾哈迈德赶了过来。
一进屋，这个未来的苏丹就开始抱怨，他觉得所有人都会把塔里克之死怪罪在自己身上。苏莱曼听闻有些紧张，下意识的一瞥却暴露了艾吉奥的存在，王子只好为此打圆场。好不容易瞒过艾哈迈德后，艾吉奥赶紧离开，留叔侄二人对话。可是偷听到的内容却令艾吉奥心生警惕，因为苏莱曼向艾哈迈德承诺会抓住杀死塔里克的真凶。
心乱如麻的艾吉奥来到书店寻求一时平静，阅读、闲聊使他渐渐放松。索菲亚提出自己需要一个能陪她前往阿德里安堡的护卫，可艾吉奥有任务在身无法同行，索菲亚对此深表遗憾，手足无措的刺客导师意识到两人甚至还有着二十岁的年龄差异。
一天之后，索菲亚带来了最新解读的信息，她的回报是一捧新鲜的花束。两人在公园野餐后，艾吉奥得到了第四把钥匙的位置。这把钥匙中记录的，是垂垂老矣的阿泰尔和几个年轻刺客的对话，以及他如何从阿巴斯手中夺回马斯亚夫。
幻象之旅令艾吉奥有些疲惫，他本能般走入了索菲亚的书店，却没注意到对方并不是很欣喜的神情。短暂的休息过后，艾吉奥找到了尤瑟夫，对方早已得知他要离开的消息。又是简短的告别，尤瑟夫向艾吉奥透露，他将要搭乘的船只，正是由皮里担任船长。新的旅程即将开始，艾吉奥明白，这并非一次容易的航行。
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