《薩爾達傳說 王國之淚》的主線長度近乎達到了前作的兩倍，多條主線交織，導致玩家的攻克路線可能不盡相同，但目標是一致的，就是找到塞爾達，擊敗加儂多夫，本文將給出一條貫穿遊戲主線直至通關的主線攻略，但其中會包含一部分支線內容，因為這些支線任務關係著主線的推進。
注：本文會給出主線必經謎題（包括各種大型神殿）的解決方法，但不會提到如何前往任務點之類的內容。
注 2：主線圖文攻略將不斷更新，歡迎收藏。
遊戲開場，跟隨塞爾達一路深入海拉魯城堡，途中的戰鬥就是砍掉三隻蝙蝠，直到最後觸發劇情，來到空島。
劇情過後，拔出「腐蝕的大師之劍」，砍斷洞口的樹枝，觸碰前方的裝置後，先不要管左側的齒輪，從洞口一路跳水，第三次跳水後，前方左側有一個寶箱，可以獲得「殘舊的鞋子」，離開山洞，高臺跳水到下方區域。
爬上岸，往前走的途中幹掉一個魔像，可以撿到樹枝、木棒之類的武器，然後和裝置前的魔像對話，獲得「普爾亞平板」，接著與一旁的裝置互動，接著就要前往遠處的「時之神殿」。
時之神殿的大門暫時無法打開，過場動畫過後，主線任務「禁閉之門」開始，林克需要前往勞魯提到的「烏可烏侯神廟」，解鎖「究極手」。
「烏可烏侯神廟」的謎題很簡單，將石板拼接作橋即可通過，最後的謎題需要仿造頭頂演示的纜車，將左側兩個掛鉤粘到木板後掛到纜繩上，然後跳到木板滑到另一邊。
從神廟出來，勞魯提到再去挑戰兩個神廟，可以按 RS 打開望遠鏡，看向遠處的兩個神廟按 A，即可在地圖上標註。
前往兩座神廟的方式是自由的，可以先去西南邊的「伊恩伊薩神廟」，因為另一個「古塔恩巴奇神廟」在雪山上，需要做點防寒的料理再去更安全。
沿著西邊的路往「伊恩伊薩神廟」走，中途需要製造類似在前一個神廟裡學會的纜車，一旁的呀哈哈則要用究極手抓住其書包粘到纜車上一同帶過去和同伴會合。然後在岸邊用樹幹和帆布造一個簡易的小船即可來到「伊恩伊薩神廟」下。
進入「伊恩伊薩神廟」，解鎖「餘料製造」，將石頭粘到武器上，即可攻擊砸開前方的裂石，下一個區域有一個寶箱在裂石柱上，記得打碎石柱開寶箱，另一邊需要用弓箭結合火焰果燒掉高處平臺附近的植物，讓寶箱掉下來拿到小鑰匙，開門再進行一場戰鬥就可以結束探索。
從神廟離開自動觸發劇情，從魔像那裡獲得「電池」。
魔像會指明「池邊的洞窟」，用望遠鏡標記就能跑過去，洞窟內可以開寶箱獲得「殘舊的外衣」，記得多撿「光亮花的種子」。
除了洞窟繼續朝著雪山的「古塔恩巴奇神廟」前進，記得在路上會遇到的鍋那裡點火（把打火石放到地上敲一下）做點暖暖料理（用暖暖草果），應付嚴寒。
將礦車和風扇機結合進入「採礦的洞窟」，扔或者射出「光亮花的種子」來照亮環境，最後在出口可以找到左納烏煉製裝置，在洞口的魔像那裡拿到三個風扇機，繼續用一個和礦車結合沿著軌道盤旋上升。
來到下圖位置，拉動前方的浮塊，可以跳到對面的平臺，挑戰 Boss「方塊魔像」，對付他的方法很簡單，除了用箭射弱點方塊之外，也可以用究極手使勁拽弱點方塊來把它拽到地上進行輸出。當然此 Boss 可以在獲得下一個特殊能力後再來對付，有更簡單的應付方式。
左納烏裝置製造機（扭蛋機）附近有一個揹包呀哈哈，運送方式為將兩個木板拼成 T 型插到軌道里，配上風扇黏住揹包運到對面。
上層斷裂的軌道有兩個方法，三個礦車兩個風扇連接，可以正好卡過去；或者風扇、掛鉤、木板（礦車）各一個，掛鉤掛在沒斷的軌道，直接吹過去。
下礦車後，從右邊的「豎穴的洞窟」前進來到上方的雪山，然後進入「無盡的洞窟」，離開洞窟後繞著山走就能來到「古塔恩巴奇神廟」下方，砍四棵樹拼車橋樑斜搭在下圖位置即可爬到神廟旁邊。
進入「古塔恩巴奇神廟」，解鎖「通天術」，記得一長一短兩個平臺，短的平臺鑽上去有寶箱，之後一個高處的寶箱需要打碎地面的木箱進去使用通天術，最後用刀砍斷兩根繩子放下平臺，鑽上去完成挑戰。
從神廟出來，向右邊的樹根用通天術鑽上去，樹根中的寶箱可以拿到「殘舊的防寒服」，將滑翔翼放到軌道上，一起飛到時之神殿，打開門完成「禁閉之門」，調查勾玉獲得能力「倒轉乾坤」。
用倒轉乾坤倒轉右前方的齒輪跟著來到中間，再倒轉面前的滾輪來到盡頭，發現大門推不開，勞魯標記林克醒來的覺醒室。
傳送到覺醒室後從齒輪右邊的位置用通天術鑽上去，再到轉齒輪來到上層，發現「納裘亞哈神廟」。
「納裘亞哈神廟」的思路就是倒轉木筏，然後倒轉齒輪上去開寶箱，最後的解謎是通過倒轉一個指針來讓兩個指針重疊旋轉打開門。
離開神廟，一旁有可以幫忙製造電池的魔像，現在也用不到（資源根本不夠……），離開洞窟用滑翔翼飛到時之神殿，直接跳到湖裡，重新進入神殿。和之前打不開的門前方的女神像互動，提升一顆心心，成功開門，連續用幾次通天術來到盡頭，觸發劇情。
（未完待續，詳見 Part. 2「監視堡壘」）