該獎項的主辦方“萌系遊戲大賞實行委員會，是由有意願參加的經銷商、製造商、雜誌社、製造公司、展覽公司所組成。在2006年以“美少女遊戲大賞”為獎項名稱，並於同年12月發表第1回得獎名單，之後每年舉辦一次。在2009年時，更名為“萌系遊戲大賞”。
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2019年度 大賞
住在下體升級島上的貧乳該如何是好？2
開發公司：Qruppo
發售時間：2019年12月6日
《拔作島2》延續前作世界觀，描述各女主與淳之介的相處。包括日常互動、全新路線及後日談內容，如美岬線製作成人遊戲、雛見線日常曬黑生活、文乃線撿貓回家、奈奈瀨線照顧淳之介同時有人復活某條例等。
2019年度 準大賞
玉響未來
開發公司：Azurite
發售時間：2019年6月28日
深野市是不少妖異的棲息之地，身為魔法師的夜羽睦季則身負與妖異溝通的責任。某天，擁有強大靈力的少女神掛由岐奈來到了深野市，面對能夠看見妖異的由岐奈，睦季需要盡全力幫助由岐奈適應深野市
2019年度 準大賞
初音島4
開發公司：CIRCUS
發售時間：2019年8月30日
香香見島在鷺澤財團的大力開發下成為了觀光勝地，而在聖誕節前，島內最大的樂園“香香見奇幻樂園”將要開幕。此時，香香見學園瀰漫著一股戀愛的氛圍，男主角常坂一登在同班同學白河日和及鷺澤有裡棲的邀請下，加入了戀愛諮詢的行列
2019年度 準大賞
異想魅惑
開發公司：Silky's Plus
發售時間：2019年10月25日
公寓房東太田壽子因雙親去世和精神失常，要求住客成為“家人”，強迫他們製作教典、施打甲基苯丙胺並自殺。住客綾瀨沙也香、楠木米莉亞、霧生晶和野野宮花音因此遭遇不幸，怨念催生詛咒和化身“安妮麗絲”。陰陽師悠久被派來調查，與安妮麗絲和住客交流後逐漸逼近真相。根據玩家選擇，劇情會有不同結局，包括悠久被困公寓、淨化綾瀨回家、淨化所有人離開公寓等。最終，“約定線”中悠久殺死安妮麗絲，解放住民，並以美好記憶創造出新的安妮麗絲。多數結局中，安妮麗絲被消滅。
2020年度 大賞
愛上火車 Last Run!!
開發公司：Lose
發售時間：2020年2月28日
右田雙鐵因幼時火車事故失去親人，後被收養。他回到御一夜市阻止工廠建設，與繼姐真暗、繼妹日日姬重逢，並喚醒了鐵路人偶八六。雙鐵與八六尋找蒸汽機車8620，結識了波萊特、玲奈、早瀨深美、蓑笠凪和寶生稀咲等人，共同為復興御一夜市努力。完成各角色路線後，雙鐵在“總集”路線中深入交流，整合資源，開發旅遊項目，成立鐵路集團，開設“九星”列車併成功。雙鐵走出陰影，計劃開發新高速鐵路。
2020年度 準大賞
常軌脫離Creative
開發公司：MADOSOFT
發售時間：2020年9月25日
6月底，千玉學園的隱士和泉智宏被抽籤選為學生會會長。他依靠秘書召集同伴，但候選人華乃、明日海、妃愛似乎都沒來過學校。此時，前任會長鎌倉詩櫻現身。智宏開始了前所未有的學生會長之戰。
2020年度 準大賞
閃耀★青春追逐記！
開發公司：SAGA PLANETS
發售時間：2020年5月29日
主人公遠野遊是風見學園的二年級學生，他把青春獻給打工，學業優異。青梅竹馬響和同班同學理理為讓他重新享受青春，分別推薦他加入“行動部”（Active部）和“志願者部”（Negative部）。遊本無意加入，但每天都被兩位女生拉扯。
2020年度 準大賞
多娜多娜 一起幹壞事吧
開發公司：Alicesoft
發售時間：2020年12月18日
故事發生在由寡頭企業控制的都市亞總義。主人公指揮幫派那由多成員與敵對勢力戰鬥，收容新人賺錢，同時揭開城市背後的真相。
2021年度 大賞
創作彼女的戀愛公式
開發公司：Aino+Links
發售時間：2021年6月25日
主人公鏡壽季搬去東京表妹家寄宿，目的是找回失去的創作力量。他曾與青梅竹馬彩瀨逢櫻在創作上競爭，但逢櫻搬家後失去聯繫。壽季堅持創作，實現了商業出道，但半年前遭遇低谷。為激發靈感，他決定入讀聚集創作者的私立才華學園。春天，他順利入學並在東京偶然重逢逢櫻。
2021年度 提名
初音島4 Plus Harmony
開發公司：CIRCUS
發售時間：2021年4月23日
初音島4的*18版本
2021年度 提名
冬旅，方冥冥。
開發公司：Silky's Plus
發售時間：2021年11月26日
故事發生在一所全寄宿制學園，少女們不死且會循環成長與還童，畢業條件是成為外界認定的天才。某日，しほん的無頭屍體出現在冥想室，學園裡實則有一名殺人鬼，但頭顱必須在48小時內找回才能復活死者，否則將真正死亡。主角發誓要當名偵探，找出しほん的腦袋。同時，學園裡不死的少女們的生活因這起殺人事件而脫軌，她們開始探尋不死、成長後幼化、被關在學園等謎團，以及事件的關鍵——各種針。受針的指引，少女們逐漸走向死亡。
2021年度 提名
Monkeys!¡
開發公司：HARUKAZE
發售時間：2021年3月26日
猿吉是男校學生，為救即將廢校的母校，化名潛入女子學校“硝子之宮女子”。該校為名門閨秀學府。在貴族千金月島的幫助下，猿吉提升男生形象，利用不良少年的優勢解決女生問題，贏得她們的愛慕。同時，猿吉也散發出大小姐氣質，讓男生們心動。這是一個以男女相互理解為目標的愛情喜劇。
2022年度 大賞
變態監獄
開發公司：Qruppo
發售時間：2022年10月28日
男主因為在公眾面前多次露體而被捕的露出狂，結果因此被判10年監禁，於鬱金香監獄的猥褻房服刑。然而在這個監獄裡全是和他一樣的變態......
2023年度 大賞
櫻之刻 －在櫻花之森下漫步-
開發公司：枕
發售時間：2023年4月21日
2015年度萌系遊戲大賞大獎作品《櫻之詩》的續作，Getchu2023年2月最佳的美少女遊戲
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最後