發售日期：2006.12.2（Wii/NGC）/2016.3.10（Wii U）
本作原定於2005年11月上市，後因Wii的推出等原因，一直推遲到2006年12月，這也是NGC上最有一款《薩爾達傳說》系列作品，於2017年將NGC版本的遊戲登陸至英偉達Shield TV平臺，並且有了簡中和高清。
《黃昏公主》的時間設定於《時之笛》與《姆吉拉的假面》結束後的幾百年。遊戲的主角林克在奧登村中過著負責管理羊群的生活。某天，布布林族突然攻擊村莊並綁架了許多小孩。林克前去追趕卻碰上了黃昏領域的外牆，而後被暗影怪物給拖進了黃昏領域。林克進入黃昏領域後變成了一隻狼並遇到了形似精靈的影之族人米多娜。米多娜強迫林克服從他並帶著他去找塞爾達公主。塞爾達表示黃昏之王贊特入侵了海拉魯城並四處破壞，把整個海拉魯城給囚禁在黃昏領域之中。為了拯救海拉魯，林克必須四處蒐集光之靈魂並逐個解放海拉魯的不同區域。
在他的冒險途中，林克造訪了三個不同的神殿（森林神殿、哥隆礦坑、湖底神殿）並取得了米多娜的影之結晶，也拯救了森林中猴子族、山上的哥隆族與湖中的佐拉族。回到海拉魯城，米多娜使用影之結晶的力量攻擊贊特，但因贊特的力量太強大而失敗。為了拯救垂死的米多娜，塞爾達犧牲了自己的力量後消失。塞爾達在消失前告訴林克他必須取得大師之劍才能夠與贊特抗衡。米多娜復活後決心幫助林克拯救海拉魯的未來。
在取得了大師之劍後，兩人來到了格魯德沙漠裡的沙漠處刑場，並找到了黃昏之鏡，一個用來鏈接現實世界與黃昏國度的傳送門。但到達後才發現鏡子已破裂。這時賢者突然出現，並解釋鏡子遭到贊特的破壞，但因為其力量不足所以並沒有完全將鏡子給摧毀。他們也解釋道在時之勇者（真身為《時之笛》中7年後的林克）擊敗蓋儂多夫（Ganondorf，同時也是《時之笛》中的主要反派）後，被7年後的塞爾達公主送回了林克的孩童時代，林克警告當時的海拉魯王蓋儂多夫的危險性，蓋儂多夫而後在試圖推翻海拉魯王的行動中被賢者逮捕，賢者們試圖處決蓋儂多夫卻失敗，只好使用鏡子將蓋儂多夫放逐到黃昏國度。林克與米多娜只好啟程尋找破碎的鏡子碎片。
在得到了雪山廢墟、時光神殿與天空之城裡的鏡子碎片後，兩人回到了沙漠處刑場並修復了黃昏之鏡。賢者告訴林克米多娜才是黃昏國度的真正統治者，只是遭到贊特叛變並限制成了精靈的大小。兩人後進入黃昏國度並在黃昏宮殿裡找到了贊特。這時贊特告訴他們他和蓋儂多夫聯手並得到了力量才得以成功叛變米多娜，林克與贊特便開始戰鬥。在打倒贊特後米多娜得知必須消滅蓋儂多夫才有機會解除她的詛咒並回復真正的力量。
兩人回到了海拉魯後發現蓋儂多夫佔領了海拉魯城並控制了塞爾達。林克後擊敗了蓋儂多夫並復活了塞爾達。米多娜將林克與塞爾達兩人傳送到城堡外面後與蓋儂多夫一戰，卻被蓋儂多夫強大的力量擊敗。蓋儂多夫追趕了出來，但林克與塞爾達聯手擊敗了他。蓋儂多夫死後米多娜終於回覆了力量，海拉魯的詛咒也終於結束，米多娜摧毀了黃昏之鏡後告別兩人。林克則踏上了未知的旅程。
