生物信息學專業看過來了,目前專注於 NGS 在腫瘤基因檢測中的應用,就我的理解,講一下 R 語言的學習順序:
先學習基礎 R;
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然後學習 tidyverse;
最後學習業務知識。
那麼我推薦書也按照這個學習順序來。
1. 基礎 R 語言
《An Introduction to R》(作者:Venables & Smith)
這本書是 R 語言官方文檔的一部分,適合初學者入門,包括 R 語言的基本語法、數據類型、函數等內容。
《R 語言初學者指南》(作者:Phil Spector)
這本書從 R 語言的安裝和基本操作開始講起,逐步介紹了數據類型、控制結構和函數等內容,適合初學者入門。
《R 語言實戰》(作者:Hadley Wickham)
這本書介紹了 R 語言的基本語法和數據結構,重點講解了數據清洗、可視化和建模等方面的技巧。
《R 語言編程藝術》(作者:Norman Matloff)
這本書通過實例演示和代碼分析,講解了如何用 R 語言實現各種數據分析和統計算法,適合有一定編程經驗的讀者。
《R Graphics Cookbook》(作者:Winston Chang)
這本書介紹了 R 語言中各種圖表的繪製方法,包括散點圖、折線圖、柱狀圖、箱線圖等,適合需要進行數據可視化的讀者。
2. tidyverse 系列
這裡介紹兩本有中文版的 tidyverse 系列書籍,當然中文版有些舊了,可以結合最新的在線版學習。需要說明的是,如果你認同 tidyverse 的理念,那麼其官方網站的所有文檔,都值得花時間認真學習。
《R 數據科學》(作者:Hadley Wickham)
這本書介紹了 tidyverse 系列包的基本使用方法,包括 ggplot2、dplyr、tidyr 等,適合進行數據分析和可視化的讀者。
《ggplot2 數據分析與圖形藝術》(作者:Hadley Wickham)
這本書介紹了 ggplot2 圖形庫的基本概念和使用方法,包括數據分組、座標系、主題設置等。書中通過豐富的圖例和實例,講解了各種常見的圖表類型,包括散點圖、折線圖、柱狀圖、箱線圖、熱力圖等。同時,書中還介紹瞭如何進行圖表的美化和定製,以及如何利用 ggplot2 進行交互式可視化。
3. 生物信息學領域
《Bioinformatics Data Skills》(作者:Vince Buffalo)
這本書介紹了生物信息學中的數據處理和分析技巧,包括 Linux 命令行、Python 和 R 語言等,適合進行生物信息學研究的讀者。
生信方面為什麼要推這本舊書呢?因為雖然年代久遠,書中的一些通用的數據處理方法確沒有過時。
《Bioconductor Case Studies》(作者:Hervé Pagès)
這本書介紹了生物信息學中的常見分析方法和工具,包括 RNA-seq 分析、ChIP-seq 分析等,通過實例演示和代碼解析,適合進行生物信息學研究的讀者。
R 語言數據分析,“包”治百病,而 bioconductor 收集了大量生物信息學領域的包,工作中很多問題都可以在上面找到相應的包來解決。
《Applied Bioinformatics》(作者:Paul M. Selzer)
這本書介紹了生物信息學中的基本概念和技術,包括序列比對、基因註釋、蛋白質結構預測等,適合初學者入門。
《Bioinformatics and Functional Genomics》(作者:Jonathan Pevsner)
這本書介紹了生物信息學中的基本概念和技術,包括序列比對、基因表達分析、蛋白質結構預測等,適合進行生物信息學研究的讀者。
《R 語言在生物信息學中的應用》(作者:許道溥)
這本書介紹瞭如何用 R 語言進行生物信息學分析和可視化,包括序列比對、基因表達分析等,適合進行生物信息學研究的讀者。
4. 其他資源
此外,我還想推薦一些學習 R 語言的學習資源,以幫助大家更好地學習和掌握這門語言。
RStudio:R 語言學習標配,不多解釋。
R 語言官方文檔:R 語言官方文檔提供了詳細的 R 語言教程、函數說明和示例等內容,是學習 R 語言的重要參考資料。
DataCamp:DataCamp 是一家在線數據科學學習平臺,提供了各種數據科學和 R 語言的課程和實踐項目,並且有一部分內容是免費的。
Coursera:Coursera 是一家在線教育平臺,提供了許多數據科學和 R 語言的課程,包括由 Johns Hopkins 大學開設的 Data Science Specialization 系列課程。
Stack Overflow:Stack Overflow 是一個面向程序員的問答社區,提供了大量關於 R 語言的問題和解答,是學習 R 語言過程中的重要參考資源。
最後,羅馬不是一天建成的,實踐才能出真知。學習 R 語言同樣需要耐心和毅力,只有不斷地實踐和探索,才能真正掌握這門語言,並且在實際應用中發揮出更大的作用。