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游戏开始展示主角怎样被引诱加入神秘的Murkoff公司。在他们的许多海报中，该组织向陷入困境的参与者承诺，他们可以作为一个崭新的人重新进入新生活。然而，这个承诺只是一个幌子，因为一旦他们让参与者进入他们的设施，他们就会被转换为测试对象进行洗脑试验。所有这些试验都是为了使这些人承受不堪承受的压力，并从精神上击垮他们，使他们更容易处于精神控制之下
所有这些事件都发生在20世纪50年代冷战巅峰期，这也表明，这些试验背后的动机是想出可用于对抗这场战争敌人的生物武器
被称为实验品的测试对象的任务是在为复制某些区域（如警察局、游乐园和孤儿院）而建造的地下室中完成几次试验。这些地点还分布着电子人体模型，使布景看起来生动活泼。
然而，其他敌对实体在这些地点巡逻。这些人被称为残次污料，他们曾经是试验品，在试验中失败，变成了怪物。其中一些人，如Mother Gooseberry和Leland Coyle，表现出更强的能力，变得比其他残次遗料更致命。正因为如此，该组织决定让他们在地点四处游荡，为他们的试验增加额外的挑战
离开
在经历了数十次试验后，试剂有机会重生并从设施中解放出来，通过接受另一套被称为X计划的试验，并最终根据试剂释放协议进行最后的告别试验。
在告别试验的最后一部分，我们看到试验品找到了一扇仅供员工使用的门。穿过这扇门，他们发现自己身处浩瀚、无限的大海，地平线上有明亮的光。当主角越来越接近这道光时，他们昏过去了。
然后，试验品在古巴国家的一个酒店房间内醒来，正如悬挂在窗外的古巴国旗所暗示的那样。这表明实验品以某种方式走出了设施，并设法回到了文明中。然而，这个房间里的几条线索似乎在暗示我们一些别的事情
过了一会儿，电话响了，可以听到另一端的声音说“蜘蛛，眼睛，羔羊”。然后，试验品的视野变得充血和黑暗，然后他看到了博士的脸。Easterman在游戏结束的字幕之前亮相
持久审判的结束
结尾场景中显示的这种“自由”可以用两种方式解释，第一种解释是与现实生活历史更相关的解释，而第二种解释则深入到故事中更科幻的一面。
解释1：试验品变成特务
回顾Murkoff公司试验的动机，他们旨在深入研究人类心理，将他们的试剂变成“完美的测试对象”，基本上将他们置于他们的控制之下，以执行他们的命令。试剂穿过门进入无限海洋的部分可能只是幻觉，因为他们的意识进入了深度睡眠，这表明他们已经成功地被置于精神控制之下。
事件的背景也为这种解释提供了更多的细微差别。20世纪50年代是冷战爆发的时候。此时，间谍和潜伏特工被交战国派往敌人一方，以渗透、破坏或获取机密信息，从而使他们在战争中占据优势。这场战争期间发生的主要事件之一是古巴导弹危机，这解释了为什么试验品发现自己在古巴。
这可能是自部署以来第一次允许试验品恢复意识，这表明他们可能已经完成了部分任务。地板上的鞋子污渍、流血的手和床单上的污渍也可以看出试验品刚从任务中回来。此时此刻只是短暂的，因为他们在通过电话听到激活码后又睡着了。
至于试验品如何设法回到设施，游戏确实提到，当一个试验品从设施中解脱出来时，另一个测试对象将取代它们。这就是为什么玩家每次在完成试剂释放协议后返回设施时都必须创建一个新角色。玩家每次跑步都能保持进步的原因可以作为游戏机制的一部分。
解释2：“这是梦想”（试验品仍然是测试对象）
在这种解释中，试验品可以被认为是被置于反复出现的幻觉之下，这种幻觉足够沉重，以至于扭曲了他们对现实的感知。试验品仍然在设施的控制下，可能刚刚被置于某种停滞状态，并保持这种梦幻般的状态，直到需要再次进行更多试验。
这种解释依赖于在一定数量的重生后出现的信息。“这是梦”、“你还在里面”和“跳，不要让他们赢”等信息将开始出现在酒店房间的某些地方，试验品会醒来。
目前还不清楚是谁留下了这些信息——是试验品本身在他们清醒的时刻，还是可能是其他人。如果是另一个人，他们可能是同一个人，可能是设施工人，他们把鞋渍留在了房间里——这个房间可能只是试验品一直呆在设施内的同一个睡眠区，只是处于严重的幻觉。
如前所述，这种解释倾向于更科幻的一面，对于游戏所处的时代来说，能够做到这一点的技术会让人感觉不合时宜。
尽管如此，房间里的信息也可以被解释为试验品仍在组织的控制下运行，这又回到了解释1。