游戏中玩家将扮演藏身于地心深处的末世幸存者，为了重新回到地表世界而踏上冒险旅途的故事。
在《地心归途》的世界背景下，人类因末世灾祸而被迫转入地下，在各种变异生物的威胁下，逐渐深入直至地心。故事的主角威尔作为地心幸存者后代之一，从小便梦想着有一天能够重回地表世界，他在地心深处结识了魔物娘“莉莉丝”，从此以后二人共同踏上找寻回归地表的冒险旅途。
在地底2万米之下，没有任何阳光进入的可能，仅有一些发光的地底动植物为地底世界提供着微弱的光照。深处其中的幸存者们只能够凭借文明遗留的科学知识点燃篝火或创造照明设备，为地底世界带来些许光明。
地心之中的幸存者时刻面临着饥饿与毒虫蛇蚁的威胁，要想在这样恶劣的环境中生存下去，只有搭设一个能够免受外界侵扰的营地，升起营火以免受毒虫的侵扰，同时还能够烹饪一些美味的食物用于饱腹。
随着探索的不断深入，你将会逐渐发现前人曾在这里遗留下了大量的科学技艺，通过挖掘、战斗、交易等等方式来获取科技蓝图，让你一步步地打造出各式各样功能强大的工作台，用于制作武器、装备、机械零部件甚至各种家具装饰。
同时你也将在冒险的过程中邂逅有着各种各样性格的魔物娘，她们曾被科学家植入了大量科学知识，结交各位魔物娘，向她们学习更多的科学知识，让你能够建造出更加强大高效的机械装置，让回归地表之路更加轻松。
随着科学知识的不断积累，你手头的装置设备也逐渐增加，也就能够制作出更加高级精密的器械。但资源的采集、以及食物的供给无疑还是会拖累你探索的脚步。不妨制作一些自动化的机械，让无人机来协助你挖掘矿石、并为农田配置上自动灌溉系统，彻底解放你的劳动力，让你得以专注于制造出能够回归地表的大型机械。
随着建造规模的不断扩大，你甚至能够打造出一条集合了挖掘矿石、运输、加工为一体的现代化工业流水线，你只需要将矿场与你的生产设备连通，即可源源不断地生产出你需要的零部件，最终成功修复钻头，助你重回地面。